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- PDB-4ix7: Crystal Structure of the insv-BEN domain complexed to its DNA tar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ix7
タイトルCrystal Structure of the insv-BEN domain complexed to its DNA target site
要素
  • 5'-D(*GP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*A)-3'
  • RE55538p
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / BEN domain / transcriptional repressor / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin insulator sequence binding / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / transcription corepressor activity / sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能
BEN domain-containing protein 6 / BEN domain / BEN domain / BEN domain / BEN domain profile. / BEN / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein insensitive
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.581 Å
データ登録者Ren, A. / Serganov, A. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2013
タイトル: The BEN domain is a novel sequence-specific DNA-binding domain conserved in neural transcriptional repressors.
著者: Dai, Q. / Ren, A. / Westholm, J.O. / Serganov, A.A. / Patel, D.J. / Lai, E.C.
履歴
登録2013年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*A)-3'
D: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*A)-3'
A: RE55538p
B: RE55538p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0904
ポリマ－34,0904
非ポリマー00
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.382, 75.464, 89.809
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*A)-3'


分子量: 3990.622 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 RE55538p


分子量: 13054.505 Da / 分子数: 2 / Fragment: Insv-BEN domain (UNP residues 251-365) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG3227, insensitive, insv / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8SYK5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 26% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9789
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月16日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. all: 41090 / Num. obs: 41021 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 59.6
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.712 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.712 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.581→39.063 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2164 2061 5.02 %
Rwork0.1894 --
obs0.1908 41021 99.84 %
all-41090 -
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.434 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0978 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.2616 Å2-0 Å2
3----1.1638 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.581→39.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1769 530 0 280 2579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1273420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.269981
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.581-1.6180.25891510.22062524X-RAY DIFFRACTION100
1.618-1.65850.27371430.20572543X-RAY DIFFRACTION100
1.6585-1.70330.20421150.19312590X-RAY DIFFRACTION100
1.7033-1.75350.21481480.1892567X-RAY DIFFRACTION100
1.7535-1.810.21921460.19132579X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.87470.24181150.19362561X-RAY DIFFRACTION100
1.8747-1.94980.241410.19962581X-RAY DIFFRACTION100
1.9498-2.03850.25061340.20982583X-RAY DIFFRACTION100
2.0385-2.1460.21681430.19632583X-RAY DIFFRACTION100
2.146-2.28040.23231220.18782612X-RAY DIFFRACTION100
2.2804-2.45650.22971390.20242577X-RAY DIFFRACTION100
2.4565-2.70360.23531260.21052650X-RAY DIFFRACTION100
2.7036-3.09470.22651620.20512600X-RAY DIFFRACTION100
3.0947-3.89850.19811390.17332665X-RAY DIFFRACTION100
3.8985-39.07520.18271370.16862745X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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