PDB-4ix6: Crystal structure of a Stt7 homolog from Micromonas algae soaked ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ix6

タイトル

Crystal structure of a Stt7 homolog from Micromonas algae soaked with ATP

要素

MsStt7d protein

キーワード

TRANSFERASE / protein kinase / canonical protein kinase fold / ATP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

protein kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonas (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Difference Fourier / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Guo, J. / Wei, X. / Li, M. / Pan, X. / Chang, W. / Liu, Z.

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Structure of the catalytic domain of a state transition kinase homolog from Micromonas algae
著者: Guo, J. / Wei, X. / Li, M. / Pan, X. / Chang, W. / Liu, Z.

履歴

登録	2013年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ix6.cif.gz	286.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ix6.ent.gz	232.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ix6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ix6_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ix6_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4ix6_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	4ix6_validation.cif.gz	48.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ix6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ix6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ix3C 4ix4C 4ix5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ix3-d 4ix5-d 4ix4-d 2q76-d 2eho-2 1o2b-d 3ge8-3 1rba-d 2rus-d 4npj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MsStt7d protein

B: MsStt7d protein

ヘテロ分子

76.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.670, 132.640, 55.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	MsStt7d protein 分子量: 37732.906 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 151-489 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Micromonas (植物) / 株: RCC299 / 遺伝子: STT7 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: C1EBN1
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	THE CRYSTAL WAS SOAKED IN THE PRESENCE OF ATP BUT THE ELECTRON DENSITY FITS BEST WITH ADP ...THE CRYSTAL WAS SOAKED IN THE PRESENCE OF ATP BUT THE ELECTRON DENSITY FITS BEST WITH ADP PRESUMABLY DUE TO HYDROLYSIS OF ATP BY THE KINASE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM HEPES, 200mM MgCl2, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97854 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月29日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97854 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→33.16 Å / Num. all: 91081 / Num. obs: 90626 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 13219 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: Difference Fourier / 解像度: 1.6→33.16 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1929	4409	5 %	RANDOM
R_work	0.1677	-	-	-
all	0.1738	90603	-	-
obs	0.169	88102	97.24 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 30.506 Å² / k_sol: 0.352 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.5983 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.0792 Å²	-0 Å²	-4.3933 Å²
2-	-	-2.5388 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.4596 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5246	0	56	572	5874

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5469
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.076	7427
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	800
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	980
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.119	2015

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6572	0.2413	451	0.2065	7821	8272	92
1.6572-1.7236	0.242	409	0.1922	8097	8506	94
1.7236-1.802	0.2153	409	0.1736	8147	8556	95
1.802-1.897	0.2055	424	0.1685	8262	8686	96
1.897-2.0158	0.1869	481	0.1593	8379	8860	98
2.0158-2.1714	0.2049	415	0.1608	8543	8958	99
2.1714-2.3899	0.1946	476	0.1622	8553	9029	99
2.3899-2.7356	0.2063	448	0.1762	8598	9046	100
2.7356-3.446	0.2037	450	0.1848	8602	9052	100
3.446-33.1671	0.1549	446	0.1487	8691	9137	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9716	-0.5976	-0.1581	0.3027	0.1411	1.2847	-0.0775	0.0262	-0.1606	-0.0608	-0.055	0.0681	0.3082	-0.0133	0.1315	0.3142	0.0867	0.0414	0.0963	-0.0021	0.0809	64.5276	17.2441	35.1882
2	0.2354	-0.1112	-0.0195	0.4435	-0.2145	0.1297	0.0087	-0.1124	-0.034	-0.1646	-0.0015	0.0501	0.0982	0.136	-0.0104	0.0857	0.0352	-0.0278	0.0865	0.0106	0.0149	51.5427	36.3307	33.397
3	0.984	-0.3387	0.1892	0.1525	-0.1787	0.395	-0.0387	0.1155	-0.2748	0.0058	0.0311	-0.0183	0.012	-0.0151	0.0044	0.1382	-0.0896	-0.0112	0.2233	0.0213	0.1471	36.1028	36.163	30.3645
4	0.5656	-0.0337	0.0018	0.6117	-0.4097	0.2745	0.1127	-0.0212	0.0156	-0.063	-0.0059	0.0041	-0.0089	-0.2198	-0.0938	0.0323	-0.0109	0.0377	0.0913	0.0038	0.0115	36.9956	40.2364	25.4507
5	0.5784	-0.218	-0.4994	0.1741	0.4731	1.3121	-0.014	0.0583	-0.2056	0.072	-0.0962	0.096	0.1101	-0.0892	0.1105	0.0853	-0.0135	0.0061	0.0424	-0.0184	0.0838	43.2562	32.1191	18.2376
6	2.2907	-0.4319	-0.7542	2.3275	-0.6949	1.001	-0.0325	-0.1622	-0.3093	-0.2297	-0.0719	-0.2756	0.137	0.1435	0.1041	0.0567	0.0147	0.0137	0.0489	0.0186	0.1107	51.3947	35.3529	17.0372
7	0.2025	0.1005	-0.172	0.1898	0.0453	0.2702	-0.0008	-0.0941	-0.0174	0.0802	-0.0134	-0.0359	0.02	0.0201	-0.0017	-0.0309	0.0223	-0.0954	0.0175	0.0603	-0.1107	48.2903	46.2839	25.1518
8	0.0419	0.0567	-0.0723	0.2321	0.048	0.262	0.038	-0.0487	-0.0667	-0.0498	0.0453	0.0372	0.0922	-0.0782	-0.0805	0.7929	-0.2082	-0.1982	0.4538	0.1024	0.4468	39.0809	25.5417	30.4184
9	3.6134	-0.0805	-1.3008	0.0018	0.0273	1.1832	-0.3309	-0.151	-0.6063	0.1581	0.0609	0.0579	0.4288	0.0176	0.2712	0.1689	-0.0037	0.0794	0.0295	0.0417	0.1276	41.4669	30.9004	28.2746
10	0.7511	1.042	0.3979	1.7454	0.5065	0.2173	-0.0016	-0.1181	0.2006	-0.0359	0.021	0.2192	0.1287	-0.0773	-0.0174	0.0043	0.0016	0.0055	0.0501	0.0481	0.0172	35.9585	46.5902	22.8645
11	0.0286	-0.0116	0.0584	0.0938	-0.019	0.1174	-0.0011	0.01	0.0267	0.0153	0.0314	0.0555	-0.0095	-0.1362	-0.0265	-0.0487	0.0069	0.03	0.0755	-0.0029	0.0318	26.4129	56.7139	10.9899
12	1.7886	-0.2175	0.5923	0.0348	-0.1267	0.5462	-0.0306	-0.0305	0.169	0.0253	0.0042	-0.0376	-0.0881	-0.02	0.0402	0.0042	-0.0019	-0.0129	0.0112	-0.003	0.0155	40.9859	61.4413	11.5598
13	0.7133	0.0747	0.4016	0.8676	0.0521	0.2277	-0.0262	-0.0628	-0.0143	0.048	-0.0487	-0.0274	0.0086	-0.0262	0.0709	0.0391	-0.0064	-0.0033	0.0813	0.0022	0.0444	40.418	51.9077	14.8784
14	0.0726	-0.111	-0.1568	0.5497	-0.1945	0.8342	0.0258	-0.0362	0.1286	0.002	-0.0531	-0.2538	0.0343	0.3708	0.0229	0.0448	0.0076	0.0107	0.1674	0.0072	0.1311	57.1991	46.2716	11.406
15	0.1372	-0.0531	-0.2933	0.7136	-0.2368	0.8052	0.0111	-0.0182	0.0309	-0.0982	-0.0817	-0.1762	0.1283	0.2972	0.0712	0.061	0.0374	0.0425	0.17	0.0116	0.0921	54.6776	46.8232	2.2094
16	0.0905	-0.0046	0.4317	1.8306	-0.1143	2.0635	0.1039	0.1295	0.0702	-0.0651	-0.2206	-0.3625	-0.1022	0.5407	0.1175	0.0153	0.0015	0.0212	0.1597	0.0825	0.0926	60.604	55.3948	4.0422
17	0.5956	0.1114	0.1868	0.9765	-0.1687	0.1025	-0.0679	0.1856	0.0329	-0.2424	0.0092	-0.0054	0.0194	0.0894	0.0536	0.0939	-0.0101	-0.0175	0.0961	0.0215	0.036	37.6018	54.9698	-3.9752
18	1.0321	0.2544	0.3149	0.7489	-0.3047	0.3085	-0.0942	0.1651	0.1274	-0.1521	0.0609	0.066	0.025	0.0485	0.0355	0.0623	-0.0166	-0.0205	0.0577	0.022	0.0442	34.5569	62.0742	-6.0014
19	0.5361	0.4003	0.1249	0.32	-0.0524	1.0363	-0.0271	-0.038	0.1043	-0.0152	-0.0794	-0.0303	-0.1105	0.1051	0.0944	0.0203	-0.0063	0.005	0.0248	0.0296	0.0519	45.6489	65.2226	3.3343
20	0.2709	-0.1263	0.131	0.1547	-0.0074	0.0935	-0.0689	-0.0506	-0.0188	0.0503	0.0348	-0.009	-0.0661	-0.1008	0.0336	0.3479	0.0709	-0.0252	0.3036	0.0318	0.2525	28.3912	82.4404	11.4994
21	0.1884	0.1212	0.1828	2.0336	-0.9464	0.8191	0.0614	0.0336	0.0152	-0.0177	-0.0146	0.1893	0.0701	0.0803	-0.0539	0.1107	-0.0131	-0.0586	0.0563	0.0209	0.0714	26.0045	39.0189	-16.4144
22	0.0061	-0.0529	0.1071	0.6659	-0.8312	1.9538	0.069	-0.0396	-0.1621	-0.061	0.2207	0.3842	0.0029	-0.4483	-0.2888	0.0887	0.012	-0.0538	0.1481	0.0367	0.2644	16.317	28.9405	-2.6168
23	0.2505	0.2571	-0.5622	1.213	-0.3673	1.3081	0.0246	-0.076	0.0102	0.0545	-0.1029	0.0976	-0.0018	0.1624	0.0779	0.1829	0.0057	0.0146	0.1811	-0.0194	0.1521	26.0821	29.959	10.1679
24	0.1311	-0.2723	0.0841	0.6366	0.0156	0.5602	-0.0578	-0.0193	-0.0958	-0.0005	0.0845	0.0622	0.0124	-0.0994	-0.0289	0.0087	-0.0304	-0.0202	0.0405	0.0312	0.1083	24.6274	25.2857	4.2228
25	1.2121	1.314	0.0146	1.5799	0.0837	0.0296	0.008	0.0034	-0.4541	-0.0562	0.0264	-0.4723	-0.0361	0.0203	-0.032	0.0149	-0.026	0.0049	0.0066	-0.0087	0.0801	35.9734	34.8523	2.329
26	1.324	-1.1868	-0.1619	2.2844	1.1384	1.312	0.2388	0.0642	0.171	-0.4292	-0.1607	-0.2719	-0.2126	-0.0774	-0.0725	0.1078	0.0218	0.0334	0.0398	0.028	0.0841	38.1662	29.1286	-5.1457
27	0.3182	-0.1832	0.0992	0.4525	-0.5772	0.8028	0.0125	0.0066	-0.0236	-0.1076	0.0422	0.0872	0.0377	-0.0481	-0.0521	0.0069	0.0245	-0.0393	-0.0817	0.0523	-0.0036	27.4377	25.9715	-2.2968
28	1.8126	-0.6977	0.88	0.3961	-0.3003	0.4389	-0.2917	-0.3254	0.1021	0.2101	0.1496	-0.0054	-0.1062	-0.2132	0.1481	0.106	0.0415	-0.0055	0.1247	-0.0498	0.0707	32.6207	15.0934	17.9042
29	0.5175	-0.069	0.2295	0.3543	-0.1611	0.1508	-0.0315	-0.2078	-0.0583	0.0377	0.0567	0.0223	-0.0005	-0.1061	-0.027	0.0952	-0.0078	0.031	0.0926	0.023	0.0462	33.7599	3.1446	18.7401
30	0.5691	0.0447	-0.3051	0.1454	0.0728	0.4957	0.0312	0.0278	-0.0527	-0.1113	-0.0037	-0.0533	0.2235	-0.0483	-0.0274	0.092	-0.0041	0.0116	0.0076	0.0198	0.0313	41.0258	6.7255	2.1395
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32	0.3312	-0.0695	0.0104	0.1202	-0.0574	0.2795	0.0216	0.0129	0.0921	0.0047	-0.0649	-0.0075	-0.0247	-0.0046	0.0332	0.0508	-0.0122	-0.0088	0.0244	0.0043	0.0614	35.7417	14.6869	2.6198
33	1.4589	0.1423	-0.6533	1.6144	-0.7341	0.5732	-0.0314	0.0874	0.0395	-0.0853	-0.2347	-0.3085	0.0259	0.0973	0.2627	0.1627	-0.0161	0.0394	0.1441	0.0685	0.1801	48.1508	21.7226	-9.4833
34	0.6024	0.1919	0.2909	1.0348	-0.4052	0.3947	-0.0328	0.1143	0.4217	0.1216	-0.0281	-0.2758	-0.0715	0.0593	0.0581	0.0399	-0.0287	-0.0693	0.0363	0.0473	0.2853	52.6785	21.4465	7.7
35	0.2858	-0.4929	-0.0006	1.0118	-0.4711	1.3796	0.0128	0.0708	0.2081	-0.0165	-0.1786	-0.3894	0.029	0.2089	0.1713	0.0029	0.0088	0.0251	0.0262	0.1056	0.1377	52.4383	14.6588	1.0047
36	0.5049	-0.375	0.4128	0.4361	-0.1905	0.423	-0.1784	0.0223	0.2474	0.2017	0.049	-0.2117	-0.0793	0.0437	0.1271	0.1336	0.0152	-0.1268	0.0817	-0.021	0.1637	54.4751	11.4839	21.1747
37	0.2009	0.0186	0.0327	0.1122	0.0956	0.211	-0.0169	-0.0274	0.056	-0.0463	-0.0003	0.0541	0.0179	0.014	0.0162	0.2693	0.058	-0.1022	0.2355	-0.0562	0.2767	57.2468	8.2706	28.6049
38	0.4063	0.0005	0.1278	0.6184	0.1791	0.0922	-0.019	-0.0547	0.0118	0.1935	-0.0114	-0.1426	0.0574	0.0185	0.0308	0.113	0.037	-0.0087	0.0553	0.0319	0.0573	51.14	2.7278	18.1641
39	0.8986	-0.1597	-0.2992	0.9578	0.1222	0.6333	-0.0809	0.0005	-0.1795	0.0691	-0.0636	-0.211	0.1734	0.0653	0.1406	0.0917	0.0444	0.0432	0.0386	0.0371	0.1094	50.2598	1.8937	6.0535
40	1.1393	0.1901	0.3837	0.1066	-0.1708	0.8679	-0.1041	0.0963	0.459	0.3513	-0.169	-0.7954	-0.3692	-0.0182	0.2739	0.234	0.018	-0.1238	0.0539	0.0184	0.264	32.2238	-16.0365	14.3019

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 151:157)	A	151 - 157
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 158:166)	A	158 - 166
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 167:179)	A	167 - 179
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 180:198)	A	180 - 198
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 199:206)	A	199 - 206
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 207:216)	A	207 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 217:242)	A	217 - 242
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 243:249)	A	243 - 249
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 250:258)	A	250 - 258
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 259:267)	A	259 - 267
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 268:291)	A	268 - 291
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 292:311)	A	292 - 311
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 312:338)	A	312 - 338
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 339:359)	A	339 - 359
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 360:386)	A	360 - 386
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 387:395)	A	387 - 395
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 396:440)	A	396 - 440
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 441:471)	A	441 - 471
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 472:491)	A	472 - 491
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 492:496)	A	492 - 496
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN B AND RESID 151:166)	B	151 - 166
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN B AND RESID 167:172)	B	167 - 172
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN B AND RESID 173:180)	B	173 - 180
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN B AND RESID 181:198)	B	181 - 198
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN B AND RESID 199:208)	B	199 - 208
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN B AND RESID 209:218)	B	209 - 218
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN B AND RESID 219:265)	B	219 - 265
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN B AND RESID 266:275)	B	266 - 275
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(CHAIN B AND RESID 276:295)	B	276 - 295
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN B AND RESID 296:314)	B	296 - 314
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(CHAIN B AND RESID 315:328)	B	315 - 328
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(CHAIN B AND RESID 329:345)	B	329 - 345
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(CHAIN B AND RESID 346:356)	B	346 - 356
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(CHAIN B AND RESID 357:374)	B	357 - 374
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(CHAIN B AND RESID 375:413)	B	375 - 413
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(CHAIN B AND RESID 414:440)	B	414 - 440
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(CHAIN B AND RESID 441:446)	B	441 - 446
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(CHAIN B AND RESID 447:471)	B	447 - 471
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(CHAIN B AND RESID 472:491)	B	472 - 491
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(CHAIN B AND RESID 492:500)	B	492 - 500

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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