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- PDB-4ix5: Crystal structure of a Stt7 homolog from Micromonas algae in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ix5
タイトルCrystal structure of a Stt7 homolog from Micromonas algae in complex with AMP-PNP
要素MsStt7d protein
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / canonical protein kinase fold / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PDZ superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...PDZ superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Protein kinase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonas (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / Difference Fourier / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Guo, J. / Wei, X. / Li, M. / Pan, X. / Chang, W. / Liu, Z.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Structure of the catalytic domain of a state transition kinase homolog from Micromonas algae
著者: Guo, J. / Wei, X. / Li, M. / Pan, X. / Chang, W. / Liu, Z.
履歴
登録2013年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MsStt7d protein
B: MsStt7d protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5517
ポリマ－75,4662
非ポリマー1,0855
水11,259625
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.860, 132.610, 55.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MsStt7d protein


分子量: 37732.906 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 151-489 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Micromonas (植物) / 株: RCC299 / 遺伝子: STT7 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: C1EBN1
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES, 200mM MgCl2, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97854 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月29日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97854 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→33.15 Å / Num. all: 76423 / Num. obs: 75812 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 11076 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: Difference Fourier / 解像度: 1.7→28.628 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2013 3735 5.04 %RANDOM
Rwork0.1725 ---
all0.1779 75801 --
obs0.1739 74080 97.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.726 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.5682 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2773 Å20 Å2-5.4573 Å2
2---3.0134 Å2-0 Å2
3---1.7361 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.628 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5246 0 65 625 5936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9997318
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067792
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004974
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6731984
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.76080.27443360.2076703703993
1.7608-1.83120.2353630.19396787715095
1.8312-1.91460.2323700.18386901727196
1.9146-2.01550.22663650.17847034739998
2.0155-2.14170.20433780.1687084746299
2.1417-2.3070.20523460.17077134748099
2.307-2.53910.2114290.17247067749699
2.5391-2.90620.22773720.18717180755299
2.9062-3.66020.19033970.17671987595100
3.6602-28.63160.16313790.153172577636100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.001-0.0004-0.00310.00050.00340.0224-0.0109-0.0047-0.0015-0.0221-0.00140.0005-0.0305-0.02760.00930.44330.09210.01650.12910.00760.096164.378516.966235.0914
20.02990.0156-0.00650.0283-0.00780.00320.0161-0.0475-0.0009-0.0196-0.0382-0.00760.05790.03370.02460.16130.0683-0.04670.17070.00480.0651.812535.983233.2665
30.2990.09160.03830.0766-0.03290.0441-0.0290.0373-0.04870.0343-0.0059-0.01150.0020.02030.03110.1527-0.1022-0.01390.23110.04480.139136.085636.055430.1739
40.14710.00340.00910.4026-0.22460.12530.07330.0343-0.044-0.11530.09580.02460.0301-0.0855-0.09050.0267-0.01810.05440.13510.0020.019736.967640.075425.3655
50.19160.01080.17850.00050.01090.16680.0935-0.0001-0.106-0.03220.02750.03290.0717-0.0023-0.10470.1417-0.0246-0.01480.04210.00110.08743.277132.033718.0906
60.00450.0057-0.02350.10520.05410.1988-0.0234-0.0061-0.08690.0012-0.0015-0.0738-0.00770.05730.01950.0399-0.0074-0.00830.04350.00850.104551.504135.248416.8238
70.00910.03240.04610.16710.23530.33-0.0013-0.0992-0.05910.1237-0.0166-0.03220.0895-0.0317-0.0231-0.00570.0146-0.09770.03510.121-0.348.337346.380624.9412
80.0624-0.00160.01650.0126-0.00320.00930.00830.0015-0.0040.01290.0085-0.0050.0074-0.0099-0.0090.6855-0.0846-0.08520.67930.09040.718938.980625.498530.3566
90.0007-0.00180.00260.0065-0.00630.0043-0.0129-0.0083-0.01770.02820.01320.01830.0544-0.0140.00130.18830.00380.05460.05980.06010.048341.45330.772228.1806
100.0030.0088-0.00220.0396-0.0009-0.0007-0.03410.0860.0353-0.0023-0.01770.02940.0427-0.06180.0162-0.0607-0.05370.1140.05520.0896-0.102836.817646.106923.4111
110.012-0.02560.04010.082-0.0940.1758-0.0212-0.05380.10480.00430.06190.0608-0.0055-0.1542-0.02660.04120.00830.01490.13730.0040.137626.445656.560410.9661
120.38320.1306-0.1220.1750.04110.28010.0301-0.040.0708-0.0198-0.00060.047-0.11780.0116-0.00920.0177-0.0058-0.01060.0050.00190.021140.996161.338311.5096
130.04610.03740.03580.03790.03080.04040.0022-0.1048-0.04250.0184-0.0661-0.0018-0.01910.00940.06170.0258-0.01740.01120.09660.00050.047640.427251.840414.878
140.08590.0267-0.02690.0085-0.00810.0052-0.0113-0.040.0123-0.0165-0.0158-0.08840.03270.24390.0154-0.22890.00250.09770.10260.00180.030757.292646.250911.3178
150.05620.046-0.09720.0348-0.08560.17-0.0603-0.0519-0.0444-0.0908-0.018-0.07320.12520.19450.0722-0.13290.05940.12780.1362-0.0439-0.03354.805346.89882.1542
160.0150.00660.00140.0115-0.02350.0620.01520.00670.0199-0.0112-0.0146-0.0354-0.010.0108-0.0043-0.0571-0.06080.08420.14660.1110.006760.704655.46634.0062
170.15710.18130.17080.64420.43160.3207-0.11790.1520.0314-0.31480.0350.0695-0.15250.04640.06740.0655-0.0357-0.0374-0.02070.175-0.313337.698254.9152-4.0522
180.40690.30730.15520.4758-0.0610.2668-0.12050.13010.1362-0.22360.02520.0954-0.03250.06080.06940.0929-0.0215-0.04360.07170.04080.075434.654662.0075-6.0436
190.33640.3458-0.01110.3577-0.01530.5298-0.0363-0.02150.1030.0151-0.06970.0533-0.11850.11020.07090.0648-0.02090.00240.07580.0330.065645.708365.15173.2762
200.027-0.00440.00210.0181-0.00840.0039-0.0179-0.0129-0.00460.00050.0045-0.0025-0.0084-0.00610.010.4130.11020.0390.42390.07170.323928.653982.406311.5351
210.1150.00810.08480.19130.04570.06760.05160.0644-0.04210.11180.0161-0.00130.09410.0103-0.08050.1474-0.0293-0.06360.07980.03140.092426.119938.956-16.4703
220.0021-0.00490.00030.01470.0050.008-0.0096-0.0035-0.0277-0.01550.01940.0349-0.0039-0.0106-0.00950.13990.0113-0.0760.17080.070.250116.366528.925-2.6382
230.01510.0349-0.00520.11280.02940.05540.0316-0.01150.0167-0.00190.0026-0.0015-0.03550.0259-0.02490.31760.00670.03530.2034-0.06130.207226.182129.923510.2236
240.0567-0.0083-0.03390.12330.1120.24310.0046-0.0319-0.02970.02630.12290.10340.0014-0.04-0.1202-0.0161-0.0455-0.02340.04060.06290.130724.710725.15344.2229
250.13740.11840.06410.32720.02460.1670.0549-0.00890.0225-0.04760.0265-0.1112-0.0401-0.0005-0.07250.016-0.02020.03750.0273-0.00270.093236.039834.77932.2056
260.2435-0.19950.0160.2783-0.17330.22510.08950.03910.0469-0.134-0.033-0.0199-0.0194-0.0115-0.04530.13520.03660.02660.05560.01310.073938.233529.0051-5.2572
270.01410.01070.00080.4495-0.44720.43590.01540.0541-0.048-0.2540.0570.15370.1879-0.119-0.07980.08140.0156-0.0326-0.01390.01990.039127.492725.8889-2.3355
280.0805-0.00060.02870.0616-0.02380.02-0.0267-0.02340.01070.06630.0778-0.0288-0.0179-0.0014-0.03230.10450.0676-0.01030.1265-0.04610.072132.693915.109217.8256
290.04030.01270.0740.3915-0.24680.3174-0.0302-0.0417-0.0153-0.04160.0819-0.00860.0489-0.0892-0.0340.07290.00720.02270.08340.02220.060933.79973.203418.7747
300.14630.04370.09150.03660.040.06320.10950.0295-0.0092-0.1875-0.0582-0.07620.1344-0.0047-0.06050.16750.03450.0595-0.05110.03910.049841.09346.54252.4276
310.17720.13520.06230.2372-0.09470.18020.00470.00320.1207-0.0687-0.0868-0.0944-0.0044-0.02610.06680.0353-0.0011-0.00040.01970.00520.104738.319615.8697.6662
320.2089-0.12980.150.2291-0.05030.12220.01490.0330.1528-0.0983-0.1257-0.05290.0551-0.03420.05730.0786-0.0117-0.0111-0.0090.00390.074535.821914.61312.5585
330.0420.0131-0.020.0066-0.00780.0097-0.01550.0008-0.00210.0281-0.0842-0.06990.00770.05640.07220.28680.00540.08150.20890.13010.299548.31621.4772-9.6148
340.01350.02640.02380.1122-0.04090.1464-0.09080.03610.07680.0069-0.0949-0.1056-0.05190.07640.15670.0484-0.0329-0.10310.05890.10660.437752.815121.34237.4576
350.1061-0.14860.09290.4967-0.17270.2804-0.02270.08090.3819-0.0329-0.2148-0.53330.07680.14930.21120.03890.05590.09620.06790.20890.290452.553114.5480.8484
360.04670.0440.00620.0565-0.08390.4561-0.0974-0.02710.03730.1557-0.17-0.1753-0.2110.09030.22780.1388-0.0088-0.1690.08070.03340.28854.510211.477921.1262
370.00250.0050.0050.02410.01350.0108-0.01770.00770.0347-0.0016-0.02510.0068-0.00980.02350.03190.42830.063-0.23970.4639-0.03220.542557.23178.248928.5411
380.1705-0.2549-0.05790.41820.01420.3274-0.02410.01980.14890.0555-0.1446-0.28080.08770.13170.14590.10720.03980.0050.11010.06330.171551.15492.764818.0722
390.1382-0.06250.01750.07590.06970.1195-0.05650.03020.05820.0614-0.0519-0.06970.18020.07090.06870.17270.11820.0896-0.02870.07460.177850.3341.84056.0091
400.04090.0375-0.00480.0368-0.00120.0201-0.03780.01520.06160.0213-0.042-0.1035-0.035-0.00580.06150.31220.0583-0.18030.1394-0.00510.358532.251-16.074114.3677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 151:157)A151 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 158:166)A158 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 167:179)A167 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 180:198)A180 - 198
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 199:206)A199 - 206
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 207:216)A207 - 216
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 217:242)A217 - 242
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 243:249)A243 - 249
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 250:258)A250 - 258
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 259:267)A259 - 267
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 268:291)A268 - 291
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 292:311)A292 - 311
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN A AND RESID 312:338)A312 - 338
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN A AND RESID 339:359)A339 - 359
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN A AND RESID 360:386)A360 - 386
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN A AND RESID 387:395)A387 - 395
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN A AND RESID 396:440)A396 - 440
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN A AND RESID 441:471)A441 - 471
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN A AND RESID 472:491)A472 - 491
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN A AND RESID 492:496)A492 - 496
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN B AND RESID 151:166)B151 - 166
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN B AND RESID 167:172)B167 - 172
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN B AND RESID 173:180)B173 - 180
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN B AND RESID 181:198)B181 - 198
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN B AND RESID 199:208)B199 - 208
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN B AND RESID 209:218)B209 - 218
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN B AND RESID 219:265)B219 - 265
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN B AND RESID 266:275)B266 - 275
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN B AND RESID 276:295)B276 - 295
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN B AND RESID 296:314)B296 - 314
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN B AND RESID 315:328)B315 - 328
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN B AND RESID 329:345)B329 - 345
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN B AND RESID 346:356)B346 - 356
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN B AND RESID 357:374)B357 - 374
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN B AND RESID 375:413)B375 - 413
36X-RAY DIFFRACTION36(CHAIN B AND RESID 414:440)B414 - 440
37X-RAY DIFFRACTION37(CHAIN B AND RESID 441:446)B441 - 446
38X-RAY DIFFRACTION38(CHAIN B AND RESID 447:471)B447 - 471
39X-RAY DIFFRACTION39(CHAIN B AND RESID 472:491)B472 - 491
40X-RAY DIFFRACTION40(CHAIN B AND RESID 492:500)B492 - 500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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