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- PDB-4iwn: Crystal structure of a putative methyltransferase CmoA in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iwn
タイトルCrystal structure of a putative methyltransferase CmoA in complex with a novel SAM derivative
要素tRNA (cmo5U34)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / putative tRNA modification enzyme / SCM-SAH
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / tRNA wobble uridine modification / S-adenosyl-L-methionine binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carboxy-S-adenosyl-L-methionine synthase / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GEK / Carboxy-S-adenosyl-L-methionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Aller, P. / Lobley, C.M. / Byrne, R.T. / Antson, A.A. / Waterman, D.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: S-Adenosyl-S-carboxymethyl-L-homocysteine: a novel cofactor found in the putative tRNA-modifying enzyme CmoA.
著者: Byrne, R.T. / Whelan, F. / Aller, P. / Bird, L.E. / Dowle, A. / Lobley, C.M. / Reddivari, Y. / Nettleship, J.E. / Owens, R.J. / Antson, A.A. / Waterman, D.G.
履歴
登録2013年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (cmo5U34)-methyltransferase
B: tRNA (cmo5U34)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5866
ポリマ－51,4642
非ポリマー1,1214
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area18400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.120, 91.380, 70.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-548-

HOH

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要素

#1: タンパク質 tRNA (cmo5U34)-methyltransferase / methyltransferase CmoA


分子量: 25732.246 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-247 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cmoA, yecO, b1870, JW1859 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 substr. MG1655
参照: UniProt: P76290, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-GEK / (2S)-4-[{[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl}(carboxylatomethyl)sulfonio] -2-ammoniobutanoate / CARBOXY-S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 442.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H22N6O7S
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Morpheus crystallization screen (Molecular Dimensions) condition E8: 0.3 M diethylene glycol, 0.3 M triethylene glycol, 0.3 M tetraethylene glycol, 0.3 M pentaethylene glycol, 0.1 M ...詳細: Morpheus crystallization screen (Molecular Dimensions) condition E8: 0.3 M diethylene glycol, 0.3 M triethylene glycol, 0.3 M tetraethylene glycol, 0.3 M pentaethylene glycol, 0.1 M MOPS/HEPES sodium, pH 7.5, 12.5% w/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% w/v MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月4日 / 詳細: CRL
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→55.89 Å / Num. all: 52750 / Num. obs: 52750 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.73-1.7850.6481.21927438560.648100
1.78-1.8250.5081.51873037270.50899.9
1.82-1.8850.38621835236620.386100
1.88-1.9350.2972.61787035630.297100
1.93-250.2263.41723834260.22699.9
2-2.0750.1674.71680533470.167100
2.07-2.1550.1395.61620432390.139100
2.15-2.2350.1126.91559531050.112100
2.23-2.3350.0958.11493029750.09599.9
2.33-2.4550.0819.41425328550.081100
2.45-2.584.90.06811.11339327130.068100
2.58-2.744.90.05613.11269825980.05699.9
2.74-2.934.80.04615.11175924300.04699.9
2.93-3.164.90.03916.81113422800.03999.8
3.16-3.464.90.03517.11018120840.03599.9
3.46-3.874.70.03216.5909119260.03299.9
3.87-4.4750.02820.8842116970.02899.9
4.47-5.474.90.02621.2711714590.026100
5.47-7.744.80.02523.4549911530.02599.8
7.74-55.894.40.02125.328916550.02197.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
XSCALEデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IM8

1im8


解像度: 1.73→55.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.096 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2313 2687 5.1 %RANDOM
Rwork0.1957 50019 --
obs0.1975 52706 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.75 Å2 / Biso mean: 31.1035 Å2 / Biso min: 13.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å20 Å2
2---3.76 Å2-0 Å2
3---4.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→55.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3560 0 76 273 3909
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193749
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.71.9725083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87238151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0045464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6424.078179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.75415631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3651525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02892
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 212 -
Rwork0.295 3640 -
all-3852 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

T23: 0.0041 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7881-0.27880.11152.3180.27180.63930.0265-0.0597-0.05650.0857-0.0430.22180.0463-0.00850.01650.0777-0.00580.0140.22470.022720.04392.413533.4807
22.334-0.2445-0.39931.84650.15691.33510.07350.45140.0905-0.47540.01250.35910.1315-0.1938-0.0860.37950.006-0.13860.48390.092520.6938-4.98854.0826
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 247
2X-RAY DIFFRACTION2B20 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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