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- PDB-4iw4: Crystal structure of the serine protease domain of MASP-3 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iw4
タイトルCrystal structure of the serine protease domain of MASP-3 in complex with ecotin
要素
  • Ecotin
  • Mannan-binding lectin serine protease 3
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / trypsin-like fold / protease / inhibitor / extracellular / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / negative regulation of complement activation / complement activation, lectin pathway / zymogen activation / Scavenging by Class A Receptors / Initial triggering of complement / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase inhibitor activity / calcium-dependent protein binding ...Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / negative regulation of complement activation / complement activation, lectin pathway / zymogen activation / Scavenging by Class A Receptors / Initial triggering of complement / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase inhibitor activity / calcium-dependent protein binding / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ecotin / Ecotin, C-terminal / Proteinase inhibitor I11, ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin, gammaproteobacteria / Ecotin superfamily / Ecotin / Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain ...Ecotin / Ecotin, C-terminal / Proteinase inhibitor I11, ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin, gammaproteobacteria / Ecotin superfamily / Ecotin / Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ecotin / Mannan-binding lectin serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gaboriaud, C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: The Serine Protease Domain of MASP-3: Enzymatic Properties and Crystal Structure in Complex with Ecotin.
著者: Gaboriaud, C. / Gupta, R.K. / Martin, L. / Lacroix, M. / Serre, L. / Teillet, F. / Arlaud, G.J. / Rossi, V. / Thielens, N.M.
履歴
登録2013年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Ecotin
D: Ecotin
E: Mannan-binding lectin serine protease 3
F: Mannan-binding lectin serine protease 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4104
ポリマ－93,4104
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10630 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area30760 Å2
手法PISA
2
C: Ecotin
D: Ecotin
E: Mannan-binding lectin serine protease 3
F: Mannan-binding lectin serine protease 3

C: Ecotin
D: Ecotin
E: Mannan-binding lectin serine protease 3
F: Mannan-binding lectin serine protease 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,8208
ポリマ－186,8208
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area24100 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area58680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.720, 164.620, 90.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.998784, 0.008141, -0.048623), (0.008287, -0.944513, -0.32837), (-0.048598, -0.328374, 0.943297)-12.35678, 80.81499, 13.25709

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要素

#1: タンパク質 Ecotin


分子量: 16120.507 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23827
#2: タンパク質 Mannan-binding lectin serine protease 3


分子量: 30584.471 Da / 分子数: 2 / Fragment: serine protease domain (UNP residues 450-728) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Hi-5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P48740
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE DEPOSITED SEQUENCE CORRESPONDS TO ISOFORM 2 OF UNP ENTRY P48740

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 20% PEG2000MME, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-110.9334
シンクロトロンESRF ID14-220.933
シンクロトロンESRF ID2930.97618
シンクロトロンESRF BM1440.97624
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2009年10月4日
ADSC QUANTUM 42CCD2009年7月2日
ADSC QUANTUM 3153CCD2009年3月12日
MARMOSAIC 225 mm CCD4CCD2009年4月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray4
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.93341
20.9331
30.976181
40.976241
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. all: 17133 / Num. obs: 16636 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
3.2-3.251,2,3,490.4
10-201,2,3,498.4
6-101,2,3,499.5
4-61,2,3,499.2
3.5-41,2,3,496.5
3.25-3.31,2,3,492.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 54.361 / SU ML: 0.414 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.522 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26908 852 5 %RANDOM
Rwork0.20778 ---
obs0.21094 16187 99.45 %-
all-16276 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.19 Å20 Å20 Å2
2---2.49 Å20 Å2
3---6.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5731 0 0 4 5735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0195880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1281.9548034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7493.00212516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.675742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.55524.383235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.99115873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.61521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0120.2905
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021307
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.281 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 60 -
Rwork0.259 1152 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.85091.0610.45394.99130.16420.84940.13210.1291-0.40270.41420.0153-0.78330.19380.0512-0.14730.37070.0387-0.0750.28080.12690.24464.58838.186-15.846
20.41610.901-0.13175.61250.91620.81520.0618-0.19710.12820.2642-0.27790.98860.1134-0.15090.21620.2998-0.05770.15060.32050.0210.3075-15.58950.462-14.441
32.9086-0.365-0.10444.24420.14022.66010.0709-0.0263-0.18330.11160.0384-0.61910.19640.1141-0.10930.11610.0102-0.02780.11650.04780.166111.91469.469-19.934
43.2334-0.09380.25793.95270.52363.29130.1765-0.015-0.16310.029-0.15150.88880.0794-0.2174-0.02510.3872-0.1095-0.03420.15940.01550.4432-23.44822.348-28.598
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C5 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2D6 - 142
3X-RAY DIFFRACTION3E431 - 704
4X-RAY DIFFRACTION4F431 - 697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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