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- PDB-4ivn: The Vibrio vulnificus NanR protein complexed with ManNAc-6P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ivn
タイトルThe Vibrio vulnificus NanR protein complexed with ManNAc-6P
要素Transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Isomerase fold / nan operon regulator for sialic acid catabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix protein RpiR / : / Helix-turn-helix domain, rpiR family / RpiR-type HTH domain profile. / RpiR-like, SIS domain / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 ...Helix-turn-helix protein RpiR / : / Helix-turn-helix domain, rpiR family / RpiR-type HTH domain profile. / RpiR-like, SIS domain / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BMX / Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hwang, J. / Kim, M.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the regulation of sialic acid catabolism by the Vibrio vulnificus transcriptional repressor NanR
著者: Hwang, J. / Kim, B.S. / Jang, S.Y. / Lim, J.G. / You, D.J. / Jung, H.S. / Oh, T.K. / Lee, J.O. / Choi, S.H. / Kim, M.H.
履歴
登録2013年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2864
ポリマ－60,6832
非ポリマー6022
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area21940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.205, 109.205, 82.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 277 / Label seq-ID: 6 - 277

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator / NanR


分子量: 30341.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: YJ016 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MD38
#2: 糖 ChemComp-BMX / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-6-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-MANNOPYRANOSE / N-acetyl-6-O-phosphono-alpha-D-mannosamine / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 301.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H16NO9P
識別子タイププログラム
a-D-ManpNAc6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 10% PEG 2000 MME, 0.1M ammonium sulfate, 0.3M sodium formate, 3% PGA-LM, 0.1M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2012年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 45033 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.038 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23487 2268 5 %RANDOM
Rwork0.18053 ---
obs0.18321 42737 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.466 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.27 Å2-1.14 Å20 Å2
2---2.27 Å20 Å2
3---3.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4004 0 38 221 4263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0194096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1261.9825548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3875521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4523.576165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.84515716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9691532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212984
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 366 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 162 -
Rwork0.269 2947 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4953-0.5910.75592.20540.55272.11170.22130.2193-0.143-0.1435-0.27250.36250.1735-0.13810.05120.04490.0044-0.05440.1497-0.050.133117.778-5.8428.842
20.6889-0.0380.14530.6680.13810.8170.09580.17330.0946-0.1548-0.0145-0.0391-0.0769-0.1389-0.08120.0570.04140.0370.08520.05370.077845.2918.97613.278
31.72840.2465-1.02011.32740.0722.44590.0630.0848-0.081-0.10230.0872-0.1534-0.04630.4472-0.15020.03620.00380.06940.189-0.08730.222182.6483.2418.321
40.9177-0.0846-0.03810.61470.06050.86480.11260.14-0.1727-0.1213-0.0199-0.14180.11980.0177-0.09270.05550.0218-0.00270.0233-0.03420.12755.31-10.82814.563
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2A91 - 278
3X-RAY DIFFRACTION3B6 - 80
4X-RAY DIFFRACTION4B92 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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