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- PDB-4iv3: Crystal structure of recombinant foot-and-mouth-disease virus A22... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iv3
タイトルCrystal structure of recombinant foot-and-mouth-disease virus A22-H2093C empty capsid
要素
  • Capsid protein VP1
  • Capsid protein VP2
  • Capsid protein VP3
  • Capsid protein VP4
キーワードVIRUS / ICOSAHEDRAL VIRUS / CAPSIDS / PICORNAVIRUS / APTHOVIRUS / VACCINE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / regulation of translation / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing ...symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / regulation of translation / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein ...Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus - type A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Porta, C. / Kotecha, A. / Burman, A. / Jackson, T. / Ren, J. / Loureiro, S. / Jones, I.M. / Fry, E.E. / Stuart, D.I. / Charleston, B.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Rational engineering of recombinant picornavirus capsids to produce safe, protective vaccine antigen.
著者: Porta, C. / Kotecha, A. / Burman, A. / Jackson, T. / Ren, J. / Loureiro, S. / Jones, I.M. / Fry, E.E. / Stuart, D.I. / Charleston, B.
履歴
登録2013年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7164
ポリマ－80,7164
非ポリマー00
水1,00956
1
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,842,974240
ポリマ－4,842,974240
非ポリマー00
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 404 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,58120
ポリマ－403,58120
非ポリマー00
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 484 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)484,29724
ポリマ－484,29724
非ポリマー00
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.21 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,210,74360
ポリマ－1,210,74360
非ポリマー00
水81145
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)328.020, 341.490, 363.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.809017, 0.309017), (0.809017, 0.309017, -0.5), (0.309017, 0.5, 0.809017)
3generate(-0.309017, -0.5, 0.809017), (0.5, -0.809017, -0.309017), (0.809017, 0.309017, 0.5)
4generate(-0.309017, 0.5, 0.809017), (-0.5, -0.809017, 0.309017), (0.809017, -0.309017, 0.5)
5generate(0.5, 0.809017, 0.309017), (-0.809017, 0.309017, 0.5), (0.309017, -0.5, 0.809017)
6generate(1), (1), (1)
7generate(0.309017, 0.5, 0.809017), (0.5, -0.809017, 0.309017), (0.809017, 0.309017, -0.5)
8generate(0.809017, 0.309017, 0.5), (-0.309017, -0.5, 0.809017), (0.5, -0.809017, -0.309017)
9generate(0.809017, -0.309017, 0.5), (-0.309017, 0.5, 0.809017), (-0.5, -0.809017, 0.309017)
10generate(0.309017, -0.5, 0.809017), (0.5, 0.809017, 0.309017), (-0.809017, 0.309017, 0.5)
11generate(1), (1), (1)
12generate(0.809017, 0.309017, -0.5), (0.309017, 0.5, 0.809017), (0.5, -0.809017, 0.309017)
13generate(0.5, -0.809017, -0.309017), (0.809017, 0.309017, 0.5), (-0.309017, -0.5, 0.809017)
14generate(-0.5, -0.809017, 0.309017), (0.809017, -0.309017, 0.5), (-0.309017, 0.5, 0.809017)
15generate(-0.809017, 0.309017, 0.5), (0.309017, -0.5, 0.809017), (0.5, 0.809017, 0.309017)

-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP1


分子量: 23090.180 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 726-936 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type A (ウイルス)
株: IRAQ / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PN23
#2: タンパク質 Capsid protein VP2


分子量: 24602.797 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 287-504 / Mutation: H93C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type A (ウイルス)
株: IRAQ / プラスミド: pBG200 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PN23
#3: タンパク質 Capsid protein VP3


分子量: 24245.127 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 505-725 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type A (ウイルス)
株: IRAQ / プラスミド: pBG200 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PN23
#4: タンパク質 Capsid protein VP4


分子量: 8778.129 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 201-286 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type A (ウイルス)
株: IRAQ / プラスミド: pBG200 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PN23
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 77

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.72 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4 M ammonium acetate, 100 mM bis-Tris Propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 353968 / % possible obs: 79.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.407 / Net I/σ(I): 2.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique all: 23484 / % possible all: 53.2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
GDAデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4GH4

4gh4


解像度: 2.9→49.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 18170930.85 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 17689 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 352479 79.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.229 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.95 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.39 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4792 0 0 56 4848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it8.628
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it11.3416
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it13.7312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it15.6920
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 1124 5.1 %
Rwork0.346 21117 -
obs--50.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION5ion.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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