PDB-4itl: Crystal structure of LpxK from Aquifex aeolicus in complex with A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4itl

タイトル

Crystal structure of LpxK from Aquifex aeolicus in complex with AMP-PCP at 2.1 angstrom resolution

要素

Tetraacyldisaccharide 4'-kinase

キーワード

TRANSFERASE / membrane protein / kinase / lipid A / P-loop / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / disaccharide-1-phosphate 4'-kinase / membrane / lipid metabolism / tetraacyldisaccharide 4'-kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

tetraacyldisaccharide 4'-kinase / tetraacyldisaccharide 4'-kinase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Emptage, R.P. / Pemble IV, C.W. / York, J.D. / Raetz, C.R.H. / Zhou, P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Mechanistic Characterization of the Tetraacyldisaccharide-1-phosphate 4'-Kinase LpxK Involved in Lipid A Biosynthesis.
著者: Emptage, R.P. / Pemble, C.W. / York, J.D. / Raetz, C.R. / Zhou, P.

履歴

登録	2013年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4itl.cif.gz	143.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4itl.ent.gz	111.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4itl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4itl_validation.pdf.gz	788.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4itl_full_validation.pdf.gz	791.4 KB	表示
XML形式データ	4itl_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	4itl_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/4itl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/4itl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4itmC 4itnC 4ehyS 4ehw 4ehx S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cps-2 3kcf-5 3kcf-2 3rbv-d 5lpp-d 4k9s-1 1nuz-d 4k7j-2 4mvj-10 3ctb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tetraacyldisaccharide 4'-kinase

ヘテロ分子

37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.086, 75.372, 104.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tetraacyldisaccharide 4'-kinase / Lipid A 4'-kinase 分子量: 36597.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: lpxK, aq_1656 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67572, tetraacyldisaccharide 4'-kinase
#2: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES, MPD, NaCl, DDM, Glycerol, EDTA, AMP-PCP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月23日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.09→50 Å / Num. all: 31533 / Num. obs: 29108 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Χ²: 2.155 / Net I/σ(I): 17.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.09-2.14	3.1	0.391	979	1.117	1	62.8
2.14-2.18	3.5	0.419	1024	1.05	1	67.2
2.18-2.22	3.7	0.351	1142	1.064	1	73.6
2.22-2.26	3.9	0.307	1213	1.105	1	78.5
2.26-2.31	4	0.282	1350	1.161	1	87
2.31-2.37	4.2	0.272	1429	1.123	1	91.7
2.37-2.42	4.4	0.223	1501	1.188	1	96.2
2.42-2.49	4.6	0.205	1536	1.242	1	99.4
2.49-2.56	4.8	0.177	1553	1.277	1	99.9
2.56-2.65	4.9	0.154	1581	1.465	1	100
2.65-2.74	5	0.135	1545	1.556	1	100
2.74-2.85	4.9	0.101	1578	1.64	1	100
2.85-2.98	4.9	0.087	1559	1.948	1	100
2.98-3.14	4.9	0.074	1586	2.217	1	99.9
3.14-3.33	4.8	0.06	1575	2.644	1	99.8
3.33-3.59	4.7	0.057	1581	3.156	1	99.7
3.59-3.95	4.6	0.053	1579	3.71	1	99.6
3.95-4.52	4.5	0.049	1595	3.983	1	99.3
4.52-5.7	4.4	0.048	1607	4.031	1	98.6
5.7-50	4	0.05	1595	4.196	1	91.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8_1066	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EHY

4ehy

解像度: 2.09→35.453 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.2 / 位相誤差: 22.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1901	2000	7.25 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
all	0.1688	27588	-	-
obs	0.1688	27588	87.28 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 174.32 Å² / B_iso mean: 50.2557 Å² / B_iso min: 15.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→35.453 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2527	0	49	55	2631

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2631
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.52	3538
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	382
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	439
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.025	1019

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.09-2.1423	0.2609	82	0.2135	1047	1129	51
2.1423-2.2002	0.2486	97	0.1998	1247	1344	61
2.2002-2.2649	0.2299	113	0.19	1439	1552	70
2.2649-2.338	0.2484	127	0.1876	1627	1754	79
2.338-2.4216	0.2313	140	0.1841	1793	1933	87
2.4216-2.5185	0.2189	151	0.178	1939	2090	93
2.5185-2.6331	0.2111	155	0.1781	1976	2131	95
2.6331-2.7719	0.2152	155	0.1861	1989	2144	97
2.7719-2.9455	0.2319	160	0.1858	2038	2198	98
2.9455-3.1728	0.2493	162	0.1866	2069	2231	99
3.1728-3.4918	0.2015	162	0.1703	2089	2251	99
3.4918-3.9965	0.1876	165	0.1582	2100	2265	99
3.9965-5.0328	0.161	166	0.1343	2122	2288	99
5.0328-35.4586	0.158	165	0.1765	2113	2278	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7787	0.4851	-0.3947	1.3694	-0.2401	1.4184	-0.0173	0.878	0.6297	-0.562	-0.0708	0.2577	-0.6608	-0.1798	-0.1252	0.5113	0.0478	-0.0774	0.3343	0.0741	0.2334	4.6762	1.53	-22.1801
2	6.8445	-1.6238	-1.0612	2.08	-0.4968	6.382	0.1254	-0.4005	-0.2326	-0.0498	0.0592	-0.2883	0.2039	0.5744	-0.1626	0.2513	0.0264	-0.0133	0.2418	0.0045	0.2964	11.9115	-12.5599	-9.6753
3	5.3936	0.1193	0.3747	2.7397	-0.3612	4.7234	0.0371	0.0026	-0.1171	-0.1318	-0.0331	-0.3873	0.2533	0.6938	-0.0288	0.2118	0.0549	0.0041	0.2941	-0.0173	0.2147	16.4814	-11.9562	-12.7462
4	2.457	0.5804	-0.7494	1.3571	0.0434	1.3502	0.0338	-0.0805	0.2851	-0.167	0.1232	0.7029	-0.5036	-0.7669	-0.0668	0.2521	0.1371	-0.0386	0.4859	0.0127	0.393	-4.7845	-0.912	-10.8735
5	2.2096	0.2938	0.9608	1.3947	-0.0434	3.5971	-0.1877	-0.6863	-0.0681	0.2826	0.1424	0.1823	-0.2218	-0.4014	0.0669	0.2149	0.0268	0.0462	0.4501	-0.008	0.2505	6.894	-8.0289	7.1127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 50 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 81 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 82 through 149 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 150 through 199 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 200 through 315 )	A

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関連情報:EMDBヘッダ

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