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- PDB-4ith: Crystal structure of RIP1 kinase in complex with necrostatin-1 analog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ith
タイトルCrystal structure of RIP1 kinase in complex with necrostatin-1 analog
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / alpha/beta / RIP1 kinase / necroptosis / necrostatins / KINASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ripoptosome assembly / positive regulation of miRNA processing / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis ...: / ripoptosome assembly / positive regulation of miRNA processing / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / TNF signaling / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / programmed necrotic cell death / positive regulation of macrophage differentiation / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / T cell apoptotic process / necroptotic signaling pathway / peptidyl-serine autophosphorylation / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / death-inducing signaling complex / positive regulation of necroptotic process / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / negative regulation of necroptotic process / JUN kinase kinase kinase activity / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / death receptor binding / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of programmed necrotic cell death / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRP channels / necroptotic process / positive regulation of execution phase of apoptosis / response to tumor necrosis factor / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / signaling adaptor activity / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / Regulation of TNFR1 signaling / protein catabolic process / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to growth factor stimulus / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of protein phosphorylation / protein autophosphorylation / response to oxidative stress / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / receptor complex / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
RIP1, Death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...RIP1, Death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Chem-RCM / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Xie, T. / Peng, W. / Liu, Y. / Yan, C. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Basis of RIP1 Inhibition by Necrostatins.
著者: Xie, T. / Peng, W. / Liu, Y. / Yan, C. / Maki, J. / Degterev, A. / Yuan, J. / Shi, Y.
履歴
登録2013年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,80816
ポリマ－66,9372
非ポリマー1,87014
水2,378132
1
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4048
ポリマ－33,4691
非ポリマー9357
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4048
ポリマ－33,4691
非ポリマー9357
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.128, 93.605, 129.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1 / Cell death protein RIP / Receptor-interacting protein 1 / RIP-1 / Serine/threonine-protein kinase RIP


分子量: 33468.730 Da / 分子数: 2 / 変異: C34A, C127A, C233A, C240A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RIPK1, RIP, RIP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13546, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-RCM / (5R)-5-[(7-chloro-1H-indol-3-yl)methyl]-3-methylimidazolidine-2,4-dione


分子量: 277.706 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12ClN3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.25 M NH4I, 20% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.03 M glycyl-glycyl-glycine, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→40 Å / Num. all: 27731 / Num. obs: 27706 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3C4C

3c4c


解像度: 2.25→37.888 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2475 1395 5.04 %Random
Rwork0.2208 ---
obs0.2222 27706 99.6 %-
all-27731 --
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.716 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1891 Å20 Å2-0 Å2
2--8.807 Å2-0 Å2
3----5.9427 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→37.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4038 0 50 132 4220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3375644
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1251538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.191641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006708
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.33180.34211400.29012547X-RAY DIFFRACTION99
2.3318-2.42520.28731260.25792583X-RAY DIFFRACTION99
2.4252-2.53550.28251240.252607X-RAY DIFFRACTION100
2.5355-2.66920.33871530.2552580X-RAY DIFFRACTION100
2.6692-2.83640.30151330.24742614X-RAY DIFFRACTION100
2.8364-3.05530.22881160.23982638X-RAY DIFFRACTION100
3.0553-3.36260.24961430.23082653X-RAY DIFFRACTION100
3.3626-3.84870.21771580.20942623X-RAY DIFFRACTION100
3.8487-4.84740.21381490.17942685X-RAY DIFFRACTION100
4.8474-37.89310.24051530.2142781X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.44160.2733-0.33745.4977-0.2331.4064-0.27760.16280.5928-0.6714-0.08830.5017-0.9544-0.80180.14840.70880.1715-0.16980.2092-0.04970.4135-27.627913.017411.3756
22.4002-1.5871-0.45874.32331.33122.5319-0.0979-0.2009-0.32330.1150.3606-0.33950.53950.6383-0.23590.36520.0962-0.08590.411-0.00410.3614-4.1704-69.770528.1698
32.5735-0.37750.67873.06691.6654.50720.06240.0048-0.1385-0.03380.0773-0.14220.16520.1777-0.07810.16060.0222-0.01540.1264-0.00770.1873-20.6207-12.280910.6497
41.45720.1256-0.29772.8673-1.28592.70120.1166-0.17540.10490.002-0.0759-0.1414-0.23390.2835-0.05110.1981-0.03410.00390.2934-0.05510.1566-11.1518-45.502122.3624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 10:93
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESID 10:93
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 112:293
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESID 112:293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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