ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB SCALEPACKデータスケーリング Show REFMAC精密化 Show PDB_EXTRACT3.11 データ抽出 Show
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 1.94→34.41 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.966 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.952 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 1 / SU B : 9.113 / SU ML : 0.2 / SU R Cruickshank DPI : 0.3415 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.344 / ESU R Free : 0.226 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.25351 188 4.9 % RANDOM Rwork 0.22611 - - - obs 0.22763 3654 72.45 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 38.682 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 2.33 Å2 0 Å2 -0 Å2 2- - -0.98 Å2 0 Å2 3- - - -1.35 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.94→34.41 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 496 33 80 609
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.023 0.011 583 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.035 0.02 292 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg2.168 1.27 894 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg4.873 3 685 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_degX-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.109 0.2 74 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.019 0.02 318 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.031 0.02 134 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION r_scbond_it4.181 3 589 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it5.74 4.5 894 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restrX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_freeX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル 解像度 : 1.94→1.991 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.557 2 - Rwork 0.514 79 - obs - - 21.37 %