PDB-4it3: Crystal Structure of Iml3 from S. cerevisiae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4it3

タイトル

Crystal Structure of Iml3 from S. cerevisiae

要素

Central kinetochore subunit IML3

キーワード

CELL CYCLE / beta sheet / kinetochore / chl4 / nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic sister chromatid segregation / ascospore formation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / attachment of spindle microtubules to kinetochore / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / kinetochore / cell division / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.495 Å

データ登録者

Hinshaw, S.M. / Harrison, S.C.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2013
タイトル: An iml3-chl4 heterodimer links the core centromere to factors required for accurate chromosome segregation.
著者: Hinshaw, S.M. / Harrison, S.C.

履歴

登録	2013年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月6日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4it3.cif.gz	106.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4it3.ent.gz	83 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4it3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/4it3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/4it3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4je3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ef2-2 3cs9-3 4la9-1 5n7v-d 3rk6-2 4edj-1 5uh0-2 4c4g-d 3rk6-1 3aag-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Central kinetochore subunit IML3

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.135, 73.135, 189.133
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Central kinetochore subunit IML3 / Increased minichromosome loss protein 3 / Minichromosome maintenance protein 19 分子量: 28787.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: IML3, MCM19, YBR107C, YBR0836 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38265
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 3.75 M sodium formate, 4% 2,5-diaminopentane, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月19日

放射

モノクロメーター: Si(220) side bounce / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97919 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.494→37.889 Å / Num. obs: 11048 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Χ²: 2.331 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.494-2.54	13.5	0.876	525	0.924	1	99.4
2.54-2.59	13.8	0.741	532	0.924	1	99.6
2.59-2.64	13.5	0.658	545	0.961	1	99.6
2.64-2.69	13.6	0.589	522	0.977	1	99.8
2.69-2.75	13.8	0.461	543	1.054	1	99.6
2.75-2.82	13.5	0.399	547	1.145	1	100
2.82-2.89	13.7	0.296	529	1.317	1	99.8
2.89-2.96	13.9	0.286	530	1.428	1	100
2.96-3.05	13.4	0.229	553	1.553	1	99.8
3.05-3.15	13.8	0.203	541	1.749	1	100
3.15-3.26	13.5	0.17	537	2.046	1	99.8
3.26-3.39	13.3	0.14	547	2.487	1	100
3.39-3.55	13.2	0.118	540	2.973	1	99.8
3.55-3.73	12.8	0.101	568	3.32	1	100
3.73-3.97	12.7	0.095	548	3.671	1	99.6
3.97-4.27	12	0.082	562	4.183	1	99.3
4.27-4.7	11.4	0.072	564	4.577	1	99.5
4.7-5.38	10.9	0.071	573	4.57	1	99.7
5.38-6.78	10.7	0.074	590	4.061	1	99
6.78-37.889	9.2	0.061	652	4.331	1	96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.495→37.889 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / FOM work R set: 0.8157 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.91 / 位相誤差: 23.92 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2556	1104	9.99 %	10 PERCENT IN EACH SHELL
R_work	0.2237	-	-	-
obs	0.2269	11048	99.14 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 161.7 Å² / B_iso mean: 53.6006 Å² / B_iso min: 20.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.495→37.889 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1778	0	0	32	1810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1824
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.808	2467
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	307
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.092	684

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.495-2.6084	0.3199	128	0.2694	1160	1288	95
2.6084-2.7458	0.2809	135	0.2695	1212	1347	100
2.7458-2.9178	0.2504	134	0.2384	1215	1349	100
2.9178-3.143	0.2996	135	0.2498	1217	1352	100
3.143-3.4591	0.2996	139	0.2261	1239	1378	100
3.4591-3.9592	0.2103	138	0.2115	1249	1387	100
3.9592-4.9864	0.2179	142	0.1693	1277	1419	100
4.9864-37.8938	0.2565	153	0.2369	1375	1528	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2639	-0.7114	0.579	4.4613	0.2785	2.2446	-0.0303	0.355	-0.1682	-0.4277	0.1566	0.0547	0.4821	0.1483	-0.103	0.3474	0.1009	-0.0043	0.516	-0.0275	0.306	20.579	24.6972	60.5074
2	9.4045	-0.8551	2.1009	4.7503	-5.1549	5.8327	0.4177	-0.1272	-1.241	-1.0114	-0.0785	2.3226	0.631	-0.7042	-0.3802	0.4345	-0.0279	-0.028	0.6237	-0.017	0.4843	11.6347	22.7433	56.7618
3	6.7913	0.3785	0.1084	2.4746	-3.3434	4.5739	-0.1569	-0.8237	0.4438	0.3846	-0.0136	0.1141	-0.7151	-0.2562	0.3989	0.245	0.1499	-0.0677	0.3819	0.0674	0.3001	11.0303	45.1305	62.4576
4	3.9277	-0.1627	-0.5519	7.4302	2.2093	3.9233	-0.1099	0.1678	-0.3185	-0.0737	0.1089	0.2216	0.3972	0.3387	0.0101	0.2657	0.1057	-0.0239	0.4904	-0.0687	0.28	22.7728	27.6185	60.3012
5	5.5059	-0.9997	-2.8393	9.0485	-1.5064	3.5447	0.2477	0.0354	0.2251	0.0089	-0.0711	-0.6154	-0.478	1.3659	-0.331	0.2296	-0.0409	-0.0243	0.5638	-0.0151	0.2769	26.3097	40.8325	75.415
6	4.6137	-0.6341	5.0953	1.1005	-2.2489	7.9308	-0.1584	-0.236	0.0479	0.269	0.0724	0.0878	-0.4577	-0.0144	0.0702	0.296	0.0336	0.0427	0.3563	-0.0506	0.2853	15.275	41.3449	83.0196
7	5.2983	3.6271	-2.5878	4.0063	-0.7793	2.6079	0.8684	-0.4489	2.1444	0.6974	0.088	0.261	-0.2988	-0.2353	-1.0416	1.7718	0.4141	0.2388	0.9052	-0.2138	1.0689	10.1935	52.1835	84.0417
8	6.2112	2.7499	3.9493	6.5895	4.499	6.9189	0.105	0.0383	0.051	0.6042	-0.0751	-0.0351	-1.2441	0.4111	-0.0553	0.7786	-0.1003	0.0125	0.4584	-0.036	0.4249	20.0267	50.3796	85.511
9	7.1189	-0.8438	0.0627	3.0755	0.6279	5.2752	0.1013	-0.3478	0.5523	0.1784	0.0386	-0.5666	-0.8314	0.9417	-0.3268	0.3579	-0.1167	-0.0463	0.6124	-0.0108	0.2784	25.8299	40.6845	84.6094
10	6.1919	0.3438	-3.1649	3.0479	-1.0241	3.338	-0.1863	-0.1303	-0.2989	0.0508	0.1411	-0.133	0.3296	0.6152	0.0754	0.2443	0.0317	0.0129	0.394	-0.0583	0.2522	20.4182	34.9314	71.7326

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 0:27	A	0 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 28:37	A	28 - 37
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 38:52	A	38 - 52
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 53:114	A	53 - 114
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 115:125	A	115 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 126:170	A	126 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 171:179	A	171 - 179
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 180:199	A	180 - 199
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and resid 200:212	A	200 - 212
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain A and resid 213:242	A	213 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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