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万見
- PDB-4isu: Crystal structure of the GluA2 ligand-binding domain (S1S2J) in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4isu
タイトルCrystal structure of the GluA2 ligand-binding domain (S1S2J) in complex with the antagonist (2R)-IKM-159 at 2.3A resolution.
要素Glutamate receptor 2
キーワードmembrane protein/antagonist / AMPA receptor ligand-binding domain / GluR2-S1S2J / antagonist / membrane protein / membrane protein-antagonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of synaptic transmission / glutamate receptor binding / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / establishment of protein localization / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. ...Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IKM / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Juknaite, L. / Frydenvang, K. / Kastrup, J.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Studies on an (S)-2-amino-3-(3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolyl)propionic acid (AMPA) receptor antagonist IKM-159: asymmetric synthesis, neuroactivity, and structural characterization.
著者: Juknaite, L. / Sugamata, Y. / Tokiwa, K. / Ishikawa, Y. / Takamizawa, S. / Eng, A. / Sakai, R. / Pickering, D.S. / Frydenvang, K. / Swanson, G.T. / Kastrup, J.S. / Oikawa, M.
履歴
登録2013年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2
D: Glutamate receptor 2
C: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,31120
ポリマ－116,8874
非ポリマー1,42516
水8,035446
1
A: Glutamate receptor 2
C: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,15610
ポリマ－58,4432
非ポリマー7128
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,15610
ポリマ－58,4432
非ポリマー7128
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6715
ポリマ－29,2221
非ポリマー4494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3894
ポリマ－29,2221
非ポリマー1673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4855
ポリマ－29,2221
非ポリマー2634
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
B: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7676
ポリマ－29,2221
非ポリマー5455
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.514, 88.773, 194.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2


分子量: 29221.682 Da / 分子数: 4 / 断片: Ligand-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Glur2, Gria2 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P19491
#2: 化合物 ChemComp-IKM / (4aS,5aR,6R,8aS,8bS)-5a-(carboxymethyl)-8-oxo-2,4a,5a,6,7,8,8a,8b-octahydro-1H-pyrrolo[3',4':4,5]furo[3,2-b]pyridine-6-carboxylic acid / IKM-159 / IKM-159


分子量: 282.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14N2O6
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% PEG4000, 0.1M Lithium sulfate, 0.1M phosphate-citrate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→97.235 Å / Num. obs: 48097 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.3-2.422.90.1275.41925265420.12793.2
2.42-2.574.10.1096.12704766660.10999.9
2.57-2.754.10.0887.62575562960.08899.8
2.75-2.974.10.07582414258610.07599.6
2.97-3.254.10.0649.32206153570.06499.6
3.25-3.644.10.053122026949080.05399.3
3.64-4.24.10.04713.41781143210.04798.9
4.2-5.144.10.04213.51508936680.04298.6
5.14-7.274.10.03815.11166028710.03897.9
7.27-28.7753.90.02717620516070.02794.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1N0T molA

1n0t


解像度: 2.3→29.15 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / FOM work R set: 0.8194 / SU ML: 0.71 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2579 2410 5.02 %RANDOM
Rwork0.1854 ---
obs0.1891 48021 98.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22.927 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 91.79 Å2 / Biso mean: 22.9895 Å2 / Biso min: 7.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.944 Å2-0 Å20 Å2
2---4.3507 Å20 Å2
3---6.2947 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8093 0 78 446 8617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04411248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041404
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9333132
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.3-2.34690.28221210.170422732394227384
2.3469-2.39790.33011480.193926512799265198
2.3979-2.45370.32481450.2145266928142669100
2.4537-2.5150.31481400.2116270228422702100
2.515-2.5830.30711560.2038268328392683100
2.583-2.65890.3071480.2076267328212674100
2.6589-2.74470.29521460.2034268828342688100
2.7447-2.84270.30141610.2025271328742714100
2.8427-2.95640.28111380.205726932831269399
2.9564-3.09090.30621530.202926832836268399
3.0909-3.25360.26441400.196827052845270599
3.2536-3.45720.23821490.186726962845269699
3.4572-3.72360.25421370.18127222859272299
3.7236-4.09740.21491320.158927362868273699
4.0974-4.68820.16721360.137827242860272498
4.6882-5.89860.23811160.174727872903278998
5.8986-29.1520.2161440.192628132957282996

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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