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- PDB-4isr: Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with rat syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4isr
タイトルBinding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with rat synaptotagmin II
要素
  • Neurotoxin
  • Synaptotagmin-2
キーワードTOXIN / Membrane binding / Synaptotagmin and Ganglioside binding
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / chromaffin granule membrane / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / exocytic vesicle / positive regulation of dendrite extension / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / dense core granule ...calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / chromaffin granule membrane / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / exocytic vesicle / positive regulation of dendrite extension / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / dense core granule / calcium-dependent phospholipid binding / syntaxin binding / phosphatidylserine binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / protein transmembrane transporter activity / vesicle-mediated transport / SNARE binding / neuromuscular junction / metalloendopeptidase activity / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / toxin activity / cell differentiation / axon / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding ...Synaptotagmin / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / C2 domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptotagmin-2 / Neurotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Berntsson, R.P.-A. / Peng, L. / Svensson, L.M. / Dong, M. / Stenmark, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of Botulinum Neurotoxin DC in Complex with Its Protein Receptors Synaptotagmin I and II.
著者: Berntsson, R.P. / Peng, L. / Svensson, L.M. / Dong, M. / Stenmark, P.
履歴
登録2013年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neurotoxin
B: Neurotoxin
C: Neurotoxin
D: Synaptotagmin-2
E: Synaptotagmin-2
F: Synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,91718
ポリマ－157,7656
非ポリマー1,15312
水7,746430
1
A: Neurotoxin
D: Synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9726
ポリマ－52,5882
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
2
B: Neurotoxin
E: Synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0697
ポリマ－52,5882
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area19680 Å2
手法PISA
3
C: Neurotoxin
F: Synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8765
ポリマ－52,5882
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area19870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.244, 57.781, 169.555
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C
14D
24E
15D
25F
16E
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERSERSERAA863 - 128410 - 431
21SERSERSERSERBB863 - 128410 - 431
12ILEILEALAALAAA864 - 128311 - 430
22ILEILEALAALACC864 - 128311 - 430
13ILEILESERSERBB864 - 128411 - 431
23ILEILESERSERCC864 - 128411 - 431
14SERSERGLUGLUDD42 - 573 - 18
24SERSERGLUGLUEE42 - 573 - 18
15SERSERGLUGLUDD42 - 573 - 18
25SERSERGLUGLUFF42 - 573 - 18
16SERSERGLUGLUEE42 - 573 - 18
26SERSERGLUGLUFF42 - 573 - 18

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 Neurotoxin


分子量: 50065.379 Da / 分子数: 3 / 断片: Hc domain (unp residues 864-1285) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LBR1
#2: タンパク質・ペプチド Synaptotagmin-2 / Synaptotagmin II / SytII


分子量: 2522.826 Da / 分子数: 3 / 断片: toxin binding site (unp residues 40-60) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P29101
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→47.733 Å / Num. all: 88992 / Num. obs: 88514 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 36.489 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.59-2.740.6312.32556761406298.5
2.74-2.930.4053.62532781329699.8
2.93-3.170.2376.02498851246199.8
3.17-3.470.13310.35458811146799.8
3.47-3.880.08715.3417521045699.8
3.88-4.470.05721.7836747923999.8
4.47-5.460.04924.5230932782199.7
5.46-7.680.05820.8424080614999.6
7.680.02834.9413181356397.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.54 Å47.73 Å
Translation2.54 Å47.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→47.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / WRfactor Rfree: 0.2052 / WRfactor Rwork: 0.1933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.49 / FOM work R set: 0.8668 / SU B: 13.772 / SU ML: 0.149 / SU R Cruickshank DPI: 0.3047 / SU Rfree: 0.2243 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2347 4426 5 %RANDOM
Rwork0.2196 ---
obs0.2204 88514 99.61 %-
all-88992 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 147.75 Å2 / Biso mean: 40.9719 Å2 / Biso min: 3.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å21.53 Å2
2---3.45 Å2-0 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→47.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10554 0 60 430 11044
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0210847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8981.93814668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3151281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18125.027557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.521151904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0841542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.028235
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A5040.04
12B5040.04
21A5210.09
22C5210.09
31B5120.07
32C5120.07
41D170.14
42E170.14
51D140.15
52F140.15
61E140.15
62F140.15
LS精密化 シェル解像度: 2.588→2.655 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 316 -
Rwork0.297 6001 -
all-6317 -
obs--96.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.05141.07172.06884.5475-0.33042.9815-0.01350.1710.65630.13130.10090.2793-0.46460.0434-0.08740.09730.01770.01680.0496-0.03740.30361.613710.088173.5355
23.70652.5993-0.28713.33071.41913.57550.19330.49570.497-0.091-0.09010.54780.19-0.7391-0.10320.16350.0046-0.08090.30850.07020.3447-3.583-1.181968.1187
34.01471.0520.82580.971-0.16280.55620.2042-0.3304-0.26630.1349-0.1481-0.11670.0539-0.0158-0.05610.0772-0.0247-0.04570.21010.0150.24526.394-8.491479.0553
43.80770.6273-0.96921.96930.00252.07510.00530.0496-0.15440.105-0.02840.010.1822-0.03640.02310.0238-0.0044-0.01660.1335-0.00010.2332.2874-6.217172.8723
52.3564-0.00810.03440.3511-0.16950.249-0.03520.10670.0391-0.03110.0086-0.03220.0117-0.03780.02670.097-0.0051-0.04020.1668-0.01110.2132.92344.554268.7464
62.1342-0.2743-0.10661.772-0.45970.5477-0.03660.1649-0.1539-0.18250.0187-0.0236-0.0159-0.03850.0180.0845-0.0089-0.01640.1771-0.03920.174341.59871.053863.9079
712.1438-5.6347-0.80239.9327-0.70312.6855-0.1680.04630.6215-0.28630.4764-0.6392-0.57790.0421-0.30840.3958-0.1990.1270.2445-0.01770.1132-16.2553-11.609436.6616
87.4143.4283-1.49642.489-0.37195.7973-0.52280.52660.4591-0.46950.25410.454-0.0711-0.63540.26870.27620.0156-0.03390.24030.09870.1699-26.694-13.50936.6101
93.65830.7477-1.22632.15050.7573.6306-0.28630.3263-0.0463-0.58640.28890.0494-0.0806-0.2941-0.00260.2345-0.08330.03370.25090.01320.0352-25.8984-25.592139.7146
102.7190.5706-1.34312.2467-0.43772.4918-0.49340.3789-0.3334-0.40910.2081-0.06120.4465-0.1820.28530.2688-0.14430.13380.2476-0.11710.0963-23.1495-32.381139.3124
110.65470.1219-1.31912.04871.81044.7924-0.12710.09520.0396-0.29740.1993-0.0327-0.0702-0.0123-0.07210.1763-0.04960.03510.23620.01370.1357-23.4045-19.252448.768
120.91510.3942-0.58761.1195-0.37580.96750.0526-0.03820.03420.0267-0.03650.0457-0.0359-0.0611-0.01610.09520.0019-0.00250.1688-0.00010.1729-35.5437-16.004875.0438
130.92160.85-0.69231.6719-0.36691.4766-0.0631-0.028-0.06150.00520.0085-0.17350.10950.06790.05460.0830.0209-0.00250.18040.00550.1876-30.3424-23.206477.469
144.4202-1.78050.31356.3905-2.33174.1318-0.3519-0.86060.83770.7340.3813-0.7026-0.99310.0835-0.02940.5701-0.0449-0.18210.4343-0.2170.271817.976525.620239.2762
152.8351-1.26671.22812.11860.086.23310.0225-0.1812-0.0230.09970.0583-0.19460.66850.502-0.08070.2730.092-0.07340.34230.02590.048818.92059.876330.365
162.0355-0.32641.52791.35790.78165.5127-0.0646-0.491-0.03080.36950.1867-0.26310.50430.0608-0.12210.3520.0675-0.1310.3780.02520.081916.576411.219436.6991
171.4349-0.00340.52180.3409-0.04060.7658-0.0328-0.2623-0.08340.0340.0391-0.0020.0519-0.0118-0.00630.28620.020.03180.2380.02310.03561.808118.793417.3875
182.1482-0.5733-1.14864.56091.20093.38920.0661-0.3160.32830.14780.131-0.2456-0.34820.2729-0.19710.2555-0.0388-0.02820.1908-0.02350.06451.045426.431111.1446
191.093-0.51660.55592.24660.20341.72640.0569-0.02720.00160.1004-0.00330.21080.0742-0.1107-0.05370.1694-0.010.03150.17770.00920.0813-8.942119.46473.3374
2017.970.274911.94899.46731.386418.69290.23151.63650.2808-0.7226-0.2477-0.51790.92991.10010.01620.1859-0.02030.10430.2594-0.01820.141253.6094.191753.1786
2116.44042.3975-5.07078.72920.616111.87760.2837-1.2301-0.52060.6712-0.1201-0.296-0.1160.4593-0.16360.13680.0255-0.09580.1778-0.01970.1009-25.7957-18.089693.7753
226.6543-2.8253-3.56485.08142.644721.5806-0.24560.5751-0.0984-0.2182-0.21510.79240.0266-1.25570.46070.05680.0062-0.02630.21550.05120.2961-24.309321.3249-0.5635
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A863 - 920
2X-RAY DIFFRACTION2A921 - 943
3X-RAY DIFFRACTION3A944 - 1003
4X-RAY DIFFRACTION4A1004 - 1072
5X-RAY DIFFRACTION5A1073 - 1196
6X-RAY DIFFRACTION6A1197 - 1284
7X-RAY DIFFRACTION7B863 - 892
8X-RAY DIFFRACTION8B893 - 927
9X-RAY DIFFRACTION9B928 - 958
10X-RAY DIFFRACTION10B959 - 1040
11X-RAY DIFFRACTION11B1041 - 1107
12X-RAY DIFFRACTION12B1108 - 1206
13X-RAY DIFFRACTION13B1207 - 1284
14X-RAY DIFFRACTION14C864 - 932
15X-RAY DIFFRACTION15C933 - 1003
16X-RAY DIFFRACTION16C1004 - 1072
17X-RAY DIFFRACTION17C1073 - 1131
18X-RAY DIFFRACTION18C1132 - 1163
19X-RAY DIFFRACTION19C1164 - 1284
20X-RAY DIFFRACTION20D42 - 57
21X-RAY DIFFRACTION21E42 - 57
22X-RAY DIFFRACTION22F42 - 57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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