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- PDB-4isq: Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with human s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4isq
タイトルBinding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with human synaptotagmin I
要素
  • Neurotoxin
  • Synaptotagmin-1
キーワードTOXIN / Membrane binding / Synaptotagmin and Ganglioside binding
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / regulation of regulated secretory pathway / spontaneous neurotransmitter secretion / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) ...clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / regulation of regulated secretory pathway / spontaneous neurotransmitter secretion / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / chromaffin granule membrane / dense core granule / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / vesicle docking / exocytic vesicle / regulation of exocytosis / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / vesicle organization / protein heterooligomerization / vesicle fusion / positive regulation of dopamine secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / membraneless organelle assembly / syntaxin-1 binding / Neurexins and neuroligins / clathrin binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / phosphatidylserine binding / presynaptic active zone / postsynaptic cytosol / excitatory synapse / protein transmembrane transporter activity / detection of calcium ion / positive regulation of synaptic transmission / presynaptic cytosol / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to calcium ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / SNARE binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / molecular condensate scaffold activity / metalloendopeptidase activity / synaptic vesicle membrane / calcium-dependent protein binding / synaptic vesicle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / toxin activity / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / protein heterodimerization activity / axon / lipid binding / calcium ion binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding ...Synaptotagmin / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / C2 domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptotagmin-1 / Neurotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Berntsson, R.P.-A. / Peng, L. / Svensson, L.M. / Dong, M. / Stenmark, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of Botulinum Neurotoxin DC in Complex with Its Protein Receptors Synaptotagmin I and II.
著者: Berntsson, R.P. / Peng, L. / Svensson, L.M. / Dong, M. / Stenmark, P.
履歴
登録2013年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurotoxin
B: Neurotoxin
C: Neurotoxin
D: Synaptotagmin-1
E: Synaptotagmin-1
F: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,27034
ポリマ－157,6126
非ポリマー2,65828
水4,738263
1
A: Neurotoxin
F: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,48212
ポリマ－52,5372
非ポリマー94510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
2
B: Neurotoxin
E: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2069
ポリマ－52,5372
非ポリマー6687
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
3
C: Neurotoxin
D: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,58213
ポリマ－52,5372
非ポリマー1,04511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.227, 57.550, 165.274
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Neurotoxin


分子量: 50065.379 Da / 分子数: 3 / 断片: Hc domain (unp residues 864-1285) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LBR1
#2: タンパク質・ペプチド Synaptotagmin-1 / Synaptotagmin I / SytI / p65


分子量: 2471.825 Da / 分子数: 3 / 断片: toxin binding site (unp residues 33-53) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21579
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→48.5 Å / Num. all: 80170 / Num. obs: 80166 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.65-2.793.70.6581.142411115550.658100
2.79-2.963.60.4781.639195109800.47899.9
2.96-3.173.40.32.435437103490.399.9
3.17-3.423.70.1933.73569296530.193100
3.42-3.753.60.1235.73207788660.123100
3.75-4.193.40.0798.82760180910.079100
4.19-4.843.70.06111.52641271600.061100
4.84-5.933.50.06211.22091560440.062100
5.93-8.383.60.06511.11694547640.065100
8.38-48.5953.30.03419.1889227040.03499.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation9.47 Å48.59 Å
Translation9.47 Å48.59 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→48.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.1996 / WRfactor Rwork: 0.1816 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8645 / SU B: 16.041 / SU ML: 0.171 / SU R Cruickshank DPI: 0.3221 / SU Rfree: 0.2259 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2201 4003 5 %RANDOM
Rwork0.2036 ---
obs0.2045 80151 99.8 %-
all-80166 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.14 Å2 / Biso mean: 46.6984 Å2 / Biso min: 9.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20.47 Å2
2---4.26 Å2-0 Å2
3---2.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10534 0 148 263 10945
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0210960
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210127
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7861.9514818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.616323251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.95951283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19525.099557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.568151917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0781542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0212366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022678
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 285 -
Rwork0.317 5596 -
all-5881 -
obs--99.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.43880.9389-1.28434.08920.14463.8250.1356-0.0137-0.39920.19890.027-0.34530.33850.1741-0.16250.05390.033-0.03060.0448-0.00030.2557-76.8069-6.67218.5776
29.2933-5.6878-3.5196.2684-2.63599.57210.49881.03730.1519-0.4124-1.3297-0.64560.05540.82990.83090.35920.0355-0.22590.4067-0.04020.8331-63.62334.4723211.2519
32.45710.2980.48881.28320.54960.9686-0.0018-0.08380.24520.1124-0.0364-0.1318-0.08760.0450.03820.0734-0.01350.04140.14290.0130.2144-81.11511.972220.1461
44.48481.25480.35942.67260.19782.25120.0369-0.0250.10890.16640.0626-0.1236-0.33390.0482-0.09960.0720.02330.00160.0901-0.00170.2378-75.59496.8098219.2738
51.7488-0.1912-0.05341.10630.12320.3507-0.01020.06540.0106-0.0832-0.0015-0.0069-0.01570.01660.01170.1419-0.0110.05410.16980.01410.1082-112.1770.3345211.4043
64.445-0.43021.76394.7793-1.85993.73190.01310.122-0.6089-0.5560.20190.14450.95380.2112-0.21490.54160.0894-0.17470.0968-0.0620.2308-53.134513.2001183.8894
70.59451.6794-0.66354.9856-2.27221.4761-0.47010.43770.1702-0.92910.84170.48240.38220.1869-0.37170.7899-0.0379-0.31891.0852-0.06860.145-57.476720.9292172.6257
82.7840.24041.95612.6516-0.54923.6395-0.10560.55290.1597-0.42850.01280.0679-0.05440.40120.09280.11460.0111-0.04720.20260.04770.0582-49.171631.6436184.7301
92.9801-0.05491.63213.4106-0.19664.74190.14160.61230.2131-0.4761-0.05170.21640.20590.1862-0.08990.15080.0278-0.0760.16470.03380.0815-52.950428.3728181.9497
101.22140.44490.36621.10570.19281.28930.00410.03320.0418-0.0559-0.01230.1106-0.0317-0.04490.00820.10870.01190.00320.15090.00280.1702-43.528321.8855217.6332
118.79881.84655.10887.11324.34948.9239-0.4384-0.1778-0.21410.1420.07290.06520.39880.44360.36550.26680.06990.15320.10250.06970.0992-88.801-26.8502188.1095
122.1117-0.0172-1.07141.7938-0.08443.1503-0.0517-0.1038-0.19060.13870.02480.3646-0.0082-0.26230.02690.21190.02750.09580.1736-0.00520.1191-94.2773-17.5143182.3166
132.3117-0.47930.35522.77410.09964.2310.1007-0.32320.20530.2583-0.12620.2815-0.7584-0.1350.02550.3177-0.00280.12650.1043-0.0350.1049-89.4989-5.0776180.5276
140.5930.0882-0.94520.27380.24572.6833-0.0179-0.08410.05760.05720.01980.1197-0.0432-0.0288-0.00190.19320.00490.04990.1621-0.01850.1117-83.6727-18.7073165.8598
151.0516-0.1882-0.42141.637-0.16872.17390.0332-0.0455-0.01340.03750.0161-0.1746-0.01820.1406-0.04920.14240.00360.04250.1555-0.01410.0951-68.7197-19.8765149.6696
1618.60247.07433.65472.85850.691626.22020.7813-2.2923-1.03740.2445-1.1384-0.75020.21063.17210.35710.26650.0063-0.06351.25910.35571.0995-50.0052-21.1705149.6308
174.29311.9751.692715.72310.5360.6879-0.29660.1576-0.16330.42170.4078-1.1687-0.16050.0189-0.11120.3080.02520.01280.3280.04040.4336-55.8006-19.8223139.4023
1817.98985.754711.012811.2843-3.472111.93890.907-2.94861.14360.76190.02322.51880.2747-2.5082-0.93020.3592-0.00170.18070.78490.14010.7171-56.048420.9909237.0576
1911.4655-11.9401-4.138323.95255.13571.55850.28870.135-0.73350.4562-0.66042.0824-0.0709-0.05420.37160.2242-0.049-0.00080.3223-0.02140.3635-44.838322.0849239.2825
2024.38525.239-17.622110.6183.732518.7132-1.12593.2076-0.5953-2.09911.5908-1.2007-0.6746-1.6514-0.4650.6373-0.36060.13160.7211-0.1840.4722-122.5323-0.9733191.3088
210.21361.7624-0.762521.9128-13.52339.8439-0.242-0.0550.028-2.1452-0.3165-0.50130.98640.10490.55850.41340.03540.06480.3063-0.02010.2589-130.38690.5442200.1734
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A863 - 918
2X-RAY DIFFRACTION2A919 - 935
3X-RAY DIFFRACTION3A936 - 1029
4X-RAY DIFFRACTION4A1030 - 1079
5X-RAY DIFFRACTION5A1080 - 1284
6X-RAY DIFFRACTION6B863 - 913
7X-RAY DIFFRACTION7B914 - 931
8X-RAY DIFFRACTION8B932 - 1020
9X-RAY DIFFRACTION9B1021 - 1077
10X-RAY DIFFRACTION10B1078 - 1284
11X-RAY DIFFRACTION11C863 - 896
12X-RAY DIFFRACTION12C897 - 969
13X-RAY DIFFRACTION13C970 - 1036
14X-RAY DIFFRACTION14C1037 - 1151
15X-RAY DIFFRACTION15C1152 - 1284
16X-RAY DIFFRACTION16D43 - 47
17X-RAY DIFFRACTION17D48 - 57
18X-RAY DIFFRACTION18E43 - 47
19X-RAY DIFFRACTION19E48 - 57
20X-RAY DIFFRACTION20F43 - 47
21X-RAY DIFFRACTION21F48 - 57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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