PDB-4isk: Crystal structure of E.coli thymidylate synthase with dUMP and th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4isk

タイトル

Crystal structure of E.coli thymidylate synthase with dUMP and the BGC 945 inhibitor

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / alpha/beta protein / methylase / METHYLTRANSFERASE / dUMP subtrate / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.752 Å

データ登録者

Tochowicz, A. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Development and Binding Mode Assessment of N-[4-[2-Propyn-1-yl[(6S)-4,6,7,8-tetrahydro-2-(hydroxymethyl)-4-oxo-3H-cyclopenta[g]quinazolin-6-yl]amino]benzoyl]-l-gamma-glutamyl-d-glutamic ...
著者: Tochowicz, A. / Dalziel, S. / Eidam, O. / O'Connell, J.D. / Griner, S. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M.

履歴

登録	2013年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4isk.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4isk.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4isk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4isk_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4isk_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	4isk_validation.xml.gz	109.6 KB	表示
CIF形式データ	4isk_validation.cif.gz	136 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/4isk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/4isk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1an5 1axw 1hvy 2kce
類似構造データ	3bhl-d 4fox-3 3bgx-1 1nce-d 4gev-d 2kce-d 1kce-d 2a9w-1 4fox-4 1tls-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

E: Thymidylate synthase

F: Thymidylate synthase

G: Thymidylate synthase

H: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

252 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Thymidylate synthase

E: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

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3

C: Thymidylate synthase

F: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

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4

G: Thymidylate synthase

H: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.900, 85.500, 134.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / TS / TSase 分子量: 30559.666 Da / 分子数: 8 / 断片: Transferase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: thyA, b2827, JW2795 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A884, thymidylate synthase

-
非ポリマー , 5種, 1023分子

#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-1JY / N-(4-{[(6S)-2-(hydroxymethyl)-4-oxo-4,6,7,8-tetrahydro-1H-cyclopenta[g]quinazolin-6-yl](prop-2-yn-1-yl)amino}benzoyl)-L-gamma-glutamyl-D-glutamic acid / BGC-945 分子量: 647.632 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₃N₅O₁₀
#5: 化合物	ChemComp-UMC / 2'-deoxy-5'-uridylic acid 分子量: 310.198 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₂O₈P
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1000 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.9 詳細: 20-21% PEG 8000, 0.1 M TRIS, 0.2 M MgCl2, 5 mM DDT, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 273 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 202076 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.98 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.752→29.812 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.5 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES WITH ZERO OCCUPANCY COULD NOT BE FIT TO THE DENSITY AND WERE ONLY INCLUDED AS PLACE HOLDERS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2326	4014	2 %
R_work	0.1836	-	-
obs	0.1846	200689	97.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.1841 Å²	0 Å²	0.6051 Å²
2-	-	7.3384 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.5225 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.752→29.812 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17223	0	543	1000	18766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	18294
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.544	24880
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.98	6735
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	2578
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3213

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.752-1.7726	0.323	135	0.2683	6626	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7726-1.7942	0.3001	141	0.2631	6883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7942-1.8169	0.3263	141	0.2566	6893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8169-1.8408	0.2987	140	0.2512	6890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8408-1.8661	0.3481	139	0.2705	6797	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8661-1.8927	0.3233	136	0.2761	6719	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8927-1.921	0.3397	133	0.2598	6443	X-RAY DIFFRACTION	93
1.921-1.951	0.2312	137	0.225	6706	X-RAY DIFFRACTION	98
1.951-1.9829	0.2591	142	0.2124	6943	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9829-2.0171	0.2705	140	0.2089	6857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0171-2.0538	0.306	132	0.223	6451	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0538-2.0933	0.2712	136	0.2066	6670	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0933-2.136	0.2399	141	0.1855	6915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.136-2.1824	0.2378	141	0.1792	6875	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1824-2.2332	0.2358	135	0.1835	6580	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2332-2.289	0.2396	137	0.1798	6726	X-RAY DIFFRACTION	97
2.289-2.3509	0.2257	140	0.1743	6868	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3509-2.42	0.2281	139	0.1729	6893	X-RAY DIFFRACTION	99
2.42-2.4981	0.2499	141	0.1706	6893	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4981-2.5873	0.238	142	0.175	6932	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5873-2.6909	0.2563	133	0.1837	6585	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6909-2.8133	0.2409	139	0.1805	6829	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8133-2.9615	0.2267	141	0.1798	6866	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9615-3.1468	0.2564	140	0.1787	6860	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1468-3.3895	0.2051	138	0.1725	6750	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3895-3.73	0.1946	135	0.163	6630	X-RAY DIFFRACTION	95
3.73-4.2684	0.1954	137	0.1561	6725	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2684-5.3726	0.171	141	0.1497	6938	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3726-29.8167	0.2218	142	0.1806	6932	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9359	0.2622	0.2208	2.1783	1.1783	2.1101	-0.1022	-0.0538	0.3	0.086	0.2638	-0.1483	-0.5154	-0.0113	0.008	0.2782	0.0561	0.0152	0.2199	0.0095	0.3162	6.8838	28.5836	-50.1517
2	0.9199	-0.1842	-0.1713	0.6051	0.0387	1.6467	0.0515	0.1714	0.0944	-0.0442	-0.0393	-0.0086	-0.124	0.0443	-0.0099	0.1562	-0.0109	0.0214	0.1467	0.023	0.2203	20.6457	18.4913	-60.2947
3	1.9638	0.4287	0.3987	2.1007	0.6149	2.0581	0.2284	-0.4735	0.0391	0.1404	-0.0885	-0.3227	-0.3145	1.1055	0.02	0.1433	0.0209	0.0023	0.4911	0.0295	0.2542	36.2522	13.2861	-48.9271
4	0.8561	0.1184	-0.9536	0.9098	0.2901	1.2987	-0.225	-0.2409	-0.3874	0.3008	-0.0887	0.0273	0.6761	0.368	-0.0117	0.2583	0.1406	0.0931	0.2122	0.0911	0.3378	26.4487	0.9548	-45.1689
5	1.4807	0.8728	-0.4025	2.4521	-0.3516	1.6823	0.1444	-0.1603	0.0711	0.1893	-0.1515	0.028	-0.2018	0.6573	-0.0063	0.163	-0.0473	0.0145	0.217	0.0089	0.1731	26.4199	16.8717	-46.994
6	1.0207	-0.1033	-0.3249	1.2593	0.3224	1.5128	-0.0704	0.0368	-0.0424	0.0135	-0.0661	0.0233	0.0779	0.0708	0.0031	0.1745	0.0124	0.0367	0.0971	0.0187	0.1943	16.4069	12.1314	-53.5427
7	0.965	-0.0215	-0.1848	0.3081	-0.265	1.9822	0.0072	0.1235	0.0503	-0.003	0.0121	0.0136	-0.0701	-0.2017	0.0111	0.1495	-0.0081	0.0156	0.1595	0.0253	0.2097	8.1697	17.6265	-56.847
8	2.5483	-0.2249	0.4974	1.4153	0.0147	2.0931	-0.0525	0.244	-0.3527	-0.2722	0.0719	-0.0256	0.2896	0.2447	0.0116	0.3329	0.0519	0.0614	0.2221	0.0056	0.286	22.9248	2.836	-66.1809
9	1.8918	0.9983	0.1073	4.5094	0.6234	2.8967	-0.1451	0.1686	0.0512	-0.1365	0.2048	-0.0216	-0.3781	-0.0262	-0.0549	0.1661	0.0038	-0.0038	0.2422	0.0624	0.2133	9.0551	23.4028	-65.9777
10	1.7319	0.3205	0.1081	3.971	-1.1612	2.6834	-0.0655	-0.1317	0.0394	-0.3006	0.0367	-0.1899	-0.3319	0.7029	0.0086	0.1573	-0.0805	-0.0146	0.3455	-0.0242	0.2323	65.9327	23.2249	-94.9142
11	1.0598	0.5677	-0.037	0.5895	-0.1001	2.2104	0.0335	-0.2143	0.0842	0.024	0.0325	0.0265	-0.3244	0.3535	-0.0338	0.1998	-0.0231	0.0054	0.2468	-0.0136	0.2075	57.8235	22.0385	-92.6031
12	1.1743	0.1067	-0.0787	1.2357	-0.2158	1.7733	-0.0212	-0.238	0.0553	0.1797	0.1714	0.1733	-0.4267	-0.1077	-0.006	0.2301	0.0576	0.0456	0.1683	0.0393	0.1938	39.4014	21.0913	-82.3639
13	1.2789	-0.6707	0.2594	0.6761	-0.481	1.0357	0.0097	0.3688	-0.1617	-0.0909	0.0339	0.2344	-0.0712	-0.9223	-0.0158	0.1649	-0.0235	-0.0066	0.4201	0.027	0.2253	30.9441	15.0018	-97.4105
14	1.0432	-0.1253	-0.7338	1.2661	-0.422	2.1203	-0.0169	0.0253	-0.0496	-0.0369	0.0696	0.0712	0.1315	-0.2648	0.031	0.1573	-0.0173	-0.0086	0.1353	0.0227	0.1742	40.8921	11.7127	-100.2697
15	0.9862	0.8994	0.1089	0.8493	-0.1688	1.6575	-0.0359	-0.0902	-0.0179	0.0559	0.0589	-0.1804	0.1081	0.2063	-0.0139	0.1638	0.0191	-0.0116	0.1221	-0.0056	0.1709	52.5644	15.9127	-96.196
16	1.1057	0.5863	-0.7215	1.5091	-0.2753	1.4558	-0.0612	-0.1201	-0.0992	0.0339	-0.02	-0.0155	0.3782	0.1931	0.0168	0.1899	0.0213	-0.02	0.1232	0.0337	0.1858	50.6158	8.8831	-91.8931
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57	1.433	0.4524	0.188	1.232	0.5811	1.5182	-0.0317	-0.2271	0.2603	0.0644	-0.0401	0.1136	-0.51	-0.0376	-0.0655	0.4419	-0.0582	-0.0451	0.3793	-0.0006	0.2526	66.2665	22.5517	-30.2454
58	1.145	-0.1319	-0.798	1.0681	-0.1433	1.6456	0.0477	-0.531	-0.0059	0.0162	-0.2262	0.0111	-0.2934	-0.5017	-0.0376	0.4425	-0.084	-0.0576	0.6093	0.0123	0.2193	57.1177	17.2189	-28.06
59	1.1522	0.3052	-0.1696	0.6733	-0.1089	1.016	0.1276	-0.1881	0.0085	0.0948	-0.0783	-0.1178	-0.7574	0.1438	-0.0451	0.6083	-0.1164	-0.0209	0.6218	-0.0846	0.3297	65.7748	26.1163	-18.5413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 93 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 94 through 110 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 111 through 128 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 129 through 155 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 191 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 192 through 232 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 233 through 250 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 251 through 264 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 2 through 14 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 15 through 51 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 52 through 93 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 94 through 110 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 111 through 155 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 156 through 172 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 173 through 204 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 205 through 232 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 233 through 250 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 251 through 264 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 2 through 25 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 26 through 93 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 94 through 154 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 155 through 204 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 205 through 264 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 2 through 25 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 26 through 93 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 94 through 110 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 111 through 128 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 129 through 155 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 156 through 173 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 174 through 232 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 233 through 250 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 251 through 264 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 2 through 25 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 26 through 84 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 85 through 155 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 156 through 232 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 233 through 264 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 2 through 25 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 26 through 64 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 65 through 155 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 156 through 232 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 233 through 264 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'G' and (resid 2 through 25 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 26 through 93 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 94 through 110 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 111 through 128 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 129 through 155 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 156 through 232 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 233 through 250 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 251 through 264 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 2 through 14 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 15 through 51 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 52 through 75 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 76 through 93 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 94 through 155 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 156 through 191 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'H' and (resid 192 through 221 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'H' and (resid 222 through 264 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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