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- PDB-4is1: Crystal structure of ZNF217 bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4is1
タイトルCrystal structure of ZNF217 bound to DNA
要素
  • 5'-D(*AP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'
  • Zinc finger protein 217
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/DNA / ZINC FINGER / TRANSCRIPTION FACTOR / METAL BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription ...histone deacetylase complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger protein 217
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Vandevenne, M.S. / Jacques, D.A. / Guss, J.M. / Mackay, J.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: New insights into DNA recognition by zinc fingers revealed by structural analysis of the oncoprotein ZNF217.
著者: Vandevenne, M. / Jacques, D.A. / Artuz, C. / Nguyen, C.D. / Kwan, A.H. / Segal, D.J. / Matthews, J.M. / Crossley, M. / Guss, J.M. / Mackay, J.P.
履歴
登録2013年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Data collection
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entity_src_syn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'
B: 5'-D(*AP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'
C: Zinc finger protein 217
D: Zinc finger protein 217
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,52213
ポリマ－25,9634
非ポリマー5599
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.670, 40.980, 52.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'


分子量: 6123.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'


分子量: 6142.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Zinc finger protein 217 / transcription factor ZnF217


分子量: 6848.725 Da / 分子数: 2 / Fragment: Zinc fingers 6 and 7 (UNP RESIDUES 469-523) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNF217, ZABC1 / プラスミド: pMal / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: O75362

-
非ポリマー , 3種, 66分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.01M ZINC CHLORIDE, 0.1M MES, 20% PEG 6000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年10月7日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→61.84 Å / Num. all: 15360 / Num. obs: 15360 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.898 / Num. unique all: 741 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F2J

4f2j


解像度: 2.1→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 16.982 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26214 769 5 %RANDOM
Rwork0.23741 ---
all0.23873 15360 --
obs0.23873 14519 98.32 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.91 Å2-0 Å20.33 Å2
2--0.92 Å2-0 Å2
3---6.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数909 814 9 57 1789
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0151858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.5252673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.53433005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3645106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.58221.09155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.75215160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6461510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02467
LS精密化 シェル解像度: 2.098→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.567 60 -
Rwork0.435 970 -
obs--89.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.30623.54750.19063.30650.97091.3073-0.03170.266-0.64130.05550.0052-0.2822-0.031-0.01160.02650.5738-0.00530.01470.3196-0.0030.136519.2549-1.651641.9305
25.473.72210.78672.82710.44470.25250.0682-0.04640.09260.0787-0.0649-0.1133-0.01840.0959-0.00330.5923-0.03110.02750.40160.00940.160226.65230.657241.9564
36.58160.78452.13657.13033.94437.34950.10340.63520.1695-0.1792-0.4025-0.2161-0.1606-0.65580.29910.6185-0.01760.05980.56220.00810.048334.89728.540333.5797
44.13010.14030.4655.9675-0.05553.1234-0.14450.3910.7191-0.1532-0.0370.2462-0.2634-0.07980.18140.5988-0.01610.00020.28010.10060.19078.0054-1.812832.2973
516.62112.6835-1.719116.497-0.63693.5789-0.01950.23820.07470.1399-0.0903-0.58570.00950.0510.10970.3497-0.00050.02430.40190.19850.580522.0628-0.48436.8457
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3C471 - 522
4X-RAY DIFFRACTION3C601 - 602
5X-RAY DIFFRACTION4D470 - 523
6X-RAY DIFFRACTION4D601 - 602
7X-RAY DIFFRACTION5B101
8X-RAY DIFFRACTION5C603

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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