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- PDB-4irz: Crystal structure of A4b7 headpiece complexed with Fab Natalizumab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4irz
タイトルCrystal structure of A4b7 headpiece complexed with Fab Natalizumab
要素
  • (Fab Natalizumab ...) x 2
  • Integrin alpha4 subunit
キーワードIMMUNE SYSTEM / rolling and firm adhesion / MAdCAM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein homodimerization activity / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / cell-cell adhesion in response to extracellular stimulus / cell-cell adhesion mediated by integrin / C-X3-C chemokine binding / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation ...negative regulation of protein homodimerization activity / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / cell-cell adhesion in response to extracellular stimulus / cell-cell adhesion mediated by integrin / C-X3-C chemokine binding / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / endodermal cell differentiation / receptor clustering / cell adhesion molecule binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / integrin-mediated signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / cell surface / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Integrin domains. Chain A, domain 2 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). ...Integrin domains. Chain A, domain 2 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL DIMETHYL AMMONIO PROPANE SULFONATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Integrin subunit alpha 4
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Yu, Y. / Schurpf, T. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: How natalizumab binds and antagonizes alpha 4 integrins.
著者: Yu, Y. / Schurpf, T. / Springer, T.A.
履歴
登録2013年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22014年12月10日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha4 subunit
L: Fab Natalizumab light chain
H: Fab Natalizumab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,85214
ポリマ－112,9363
非ポリマー1,91611
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area44610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.610, 77.890, 217.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Integrin alpha4 subunit


分子量: 65644.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞株 (発現宿主): CHO Lec3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: G1TY34*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 Fab Natalizumab light chain


分子量: 23289.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: humanized antibody / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: humanized antibody
#3: 抗体 Fab Natalizumab heavy chain


分子量: 24001.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: humanized antibody / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: humanized antibody

-
糖 , 2種, 5分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 19分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-NDS / ETHYL DIMETHYL AMMONIO PROPANE SULFONATE


分子量: 195.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3S
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 6%PEG2000,0.1M Bicine pH9.0, 5%dioxane, 300mM NDSB-195, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月10日
放射モノクロメーター: double silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→12.7 Å / Num. all: 30383 / Num. obs: 30297 / % possible obs: 99.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.84→44.619 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2875 1537 5.07 %
Rwork0.2367 --
obs0.2392 30290 99.72 %
all-30290 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→44.619 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7837 0 118 13 7968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.611175
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3533008
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8404-2.93210.45161470.39672502X-RAY DIFFRACTION97
2.9321-3.03680.4451190.35912580X-RAY DIFFRACTION100
3.0368-3.15840.36221420.33072583X-RAY DIFFRACTION100
3.1584-3.30210.3761220.30682590X-RAY DIFFRACTION100
3.3021-3.47610.36641340.27052593X-RAY DIFFRACTION100
3.4761-3.69380.29191310.2572627X-RAY DIFFRACTION100
3.6938-3.97890.25641430.23792580X-RAY DIFFRACTION100
3.9789-4.37890.25161510.19842609X-RAY DIFFRACTION100
4.3789-5.01190.21481390.17042626X-RAY DIFFRACTION100
5.0119-6.31160.25471540.19072666X-RAY DIFFRACTION100
6.3116-44.6240.24541550.20282797X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.26921.263-0.61194.2239-1.95783.6088-0.11910.1234-0.1121-0.15890.151-0.17840.27010.4976-0.0520.17810.0569-0.00680.3152-0.04770.34939.519-25.723686.3934
21.3624-0.6689-0.39352.50381.09683.6745-0.04170.08410.0458-0.17870.01040.1766-0.33080.02010.04050.2527-0.02880.00190.28530.03390.2648-2.8099-11.433782.1848
32.5789-0.91351.58713.7184-3.36568.88970.36290.42010.1194-0.4084-0.08640.0524-0.33240.4487-0.21860.60730.10170.11680.3865-0.06250.442219.9846-2.383837.3583
41.7757-0.84290.41566.9505-7.23769.03060.2162-0.03770.1497-0.3706-0.3249-0.05690.33950.61490.02610.4438-0.00040.10610.4796-0.08290.353119.3071-4.395344.0978
53.20760.289-0.40144.02290.53731.8021-0.07830.33570.1895-0.00640.0794-0.4521-0.44620.1244-0.08040.5706-0.1646-0.16390.22710.02190.24784.94918.1155125.0245
66.70121.1619-1.62943.07550.85925.5484-0.19650.08320.3646-0.15970.0855-0.2522-0.56690.85190.10760.3205-0.13270.00310.48790.07650.34783.63229.7559113.4144
71.5205-0.15230.39962.45191.09252.8335-0.2379-0.44590.33660.0004-0.15070.1868-0.4330.03660.29790.2986-0.04620.00510.32580.02210.3496-1.454910.2095124.987
88.25773.2902-3.84969.1516-3.36646.58490.0734-0.86470.45330.3594-0.08390.1499-0.2469-0.54960.10410.45260.0042-0.0990.6002-0.05890.2968-6.89139.5478143.7358
93.61730.31981.29294.58070.46485.09620.2863-0.7975-0.83790.87480.19740.14440.7252-0.8878-0.29750.49370.1377-0.0830.93980.25430.5644-3.65720.9776149.1394
104.4692-1.2761-3.30223.65810.54782.72920.64470.29430.9634-0.995-0.08590.146-0.6899-0.3706-0.62050.48380.00020.01530.3984-0.04430.5058-22.548913.7303112.5106
113.3694-0.4106-0.85451.51281.07354.9412-0.09090.03780.1708-0.1016-0.01390.1105-0.3907-0.37780.07170.27640.03850.00190.1586-0.03080.365-17.09036.0674113.4937
121.63820.6791.54221.27061.10162.5848-0.0244-1.2190.6840.4432-0.1254-0.01250.4653-0.3430.23890.55530.182-0.01241.0223-0.24980.5775-17.506212.928144.9755
131.45751.0752-0.44283.57513.32494.9802-0.2709-0.61310.50460.34850.21540.1786-0.02110.12060.05780.61120.4333-0.07950.9599-0.31530.6657-18.785617.8922146.2278
141.03050.9742.35632.11661.3727.1903-0.1491-0.06880.47590.637-0.10910.2888-0.3818-0.49170.1710.91980.1514-0.05781.1936-0.44070.6901-18.803919.1369158.181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:81
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 82:430
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 431:515
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 516:592
5X-RAY DIFFRACTION5chain H and resid 1:16
6X-RAY DIFFRACTION6chain H and resid 17:81
7X-RAY DIFFRACTION7chain H and resid 82:138
8X-RAY DIFFRACTION8chain H and resid 144:193
9X-RAY DIFFRACTION9chain H and resid 194:222
10X-RAY DIFFRACTION10chain L and resid 3:30
11X-RAY DIFFRACTION11chain L and resid 31:98
12X-RAY DIFFRACTION12chain L and resid 99:141
13X-RAY DIFFRACTION13chain L and resid 142:179
14X-RAY DIFFRACTION14chain L and resid 180:210

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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