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万見
- PDB-4irg: Uninhibited DNA-binding domain of the Ets transcription factor ERG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4irg
タイトルUninhibited DNA-binding domain of the Ets transcription factor ERG
要素Transcriptional regulator ERG
キーワードDNA BINDING PROTEIN / winged Helix-Turn-Helix / Ets domain
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / ribonucleoprotein complex / protein phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction ...sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / ribonucleoprotein complex / protein phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator ERG
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Regan, M.C. / Horanyi, P.S. / Pryor, E.E. / Sarver, J.L. / Cafiso, D.S. / Bushweller, J.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural and dynamic studies of the transcription factor ERG reveal DNA binding is allosterically autoinhibited.
著者: Regan, M.C. / Horanyi, P.S. / Pryor, E.E. / Sarver, J.L. / Cafiso, D.S. / Bushweller, J.H.
履歴
登録2013年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22013年8月28日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator ERG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5621
ポリマ－12,5621
非ポリマー00
水82946
1
A: Transcriptional regulator ERG

A: Transcriptional regulator ERG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1242
ポリマ－25,1242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
Buried area1930 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.699, 44.699, 175.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

HOH

21A-410-

HOH

31A-411-

HOH

41A-426-

HOH

51A-446-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator ERG / Transforming protein ERG


分子量: 12562.145 Da / 分子数: 1 / 断片: Ets Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11308
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.81 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.4M Sodium Citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年12月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35.43 Å / Num. all: 12118 / Num. obs: 11537
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→35.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.229 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22756 580 4.8 %RANDOM
Rwork0.18809 ---
obs0.1899 11537 99.25 %-
all-12118 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.615 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20.26 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数807 0 0 46 853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.019827
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0011.9321113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99731743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.27597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.96623.40944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.73615146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.365157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02214
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.747 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 50 -
Rwork0.23 784 -
obs--96.42 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.2028 Å / Origin y: 12.9128 Å / Origin z: -6.1583 Å
111213212223313233
T0.0133 Å2-0.0023 Å2-0.0123 Å2-0.0195 Å20.0176 Å2--0.0257 Å2
L1.5693 °2-0.4856 °2-0.2954 °2-1.7385 °20.5814 °2--2.1591 °2
S-0.0137 Å °0.1367 Å °0.1453 Å °-0.1254 Å °0.0079 Å °0.0944 Å °-0.0959 Å °-0.1184 Å °0.0058 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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