PDB-4irb: Crystal Structure of Vaccinia Virus Uracil DNA Glycosylase Mutant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4irb

タイトル

Crystal Structure of Vaccinia Virus Uracil DNA Glycosylase Mutant del171-172D4

要素

Uracil-DNA glycosylase

キーワード

HYDROLASE / Viral protein / URACIL-DNA GLYCOSYLASE FOLD IN THE CORE: 3 LAYERS (A/B/A) / PARALLEL BETA-SHEET OF 4 STRANDS IN THE ORDER 2134 / BETA- SHEETS AT N- AND C-TERMINUS / DIMERIC ASSEMBLY / COMPONENT OF PROCESSIVITY FACTOR / BINDING PARTNERS A20 AND DNA / DNA REPAIR HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Schormann, N. / Zhukovskaya, N. / Sartmatova, D. / Nuth, M. / Ricciardi, R.P. / Chattopadhyay, D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Mutations at the dimer interface affect both function and structure of the Vaccinia virus uracil DNA glycosylase
著者: Schormann, N. / Zhukovskaya, N. / Sartmatova, D. / Nuth, M. / Ricciardi, R.P. / Chattopadhyay, D.

履歴

登録	2013年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4irb.cif.gz	366.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4irb.ent.gz	303.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4irb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4irb_validation.pdf.gz	482.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4irb_full_validation.pdf.gz	488.2 KB	表示
XML形式データ	4irb_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	4irb_validation.cif.gz	43.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/4irb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/4irb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2owqS 5jx3 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3nt7-2 2owq-1 3nt7-1 4dog-1 5uq2-d 4oyv-d 5rxx-d 5rxs-d 1jow-d 5wse-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uracil-DNA glycosylase

B: Uracil-DNA glycosylase

C: Uracil-DNA glycosylase

D: Uracil-DNA glycosylase

ヘテロ分子

109 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Uracil-DNA glycosylase

B: Uracil-DNA glycosylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Uracil-DNA glycosylase

D: Uracil-DNA glycosylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.900, 130.510, 86.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	1 - 217
2	1	B	1 - 217
1	2	A	1 - 217
2	2	C	1 - 217
1	3	A	0 - 218
2	3	D	0 - 218
1	4	B	1 - 218
2	4	C	1 - 218
1	5	B	1 - 218
2	5	D	1 - 218
1	6	C	1 - 218
2	6	D	1 - 218

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Uracil-DNA glycosylase / UDG 分子量: 27036.926 Da / 分子数: 4 / 変異: N17D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス) 遺伝子: D4R, VACWR109 / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q91UM2, UniProt: P04303*PLUS, uracil-DNA glycosylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.9M ammonium sulfate, 0.1M Hepes, 10% glycerol; microseeding, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月24日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→19.87 Å / Num. all: 51531 / Num. obs: 51531 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 39.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / R_sym value: 0.476 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
StructureStudio		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OWQ

2owq

解像度: 2.3→19.643 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU ML: 0.38 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.8 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2584	2615	5.08 %
R_work	0.2112	-	-
obs	0.2136	51439	99.43 %
all	-	48837	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.283 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.643 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6942	0	27	118	7087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7152
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.016	9732
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.154	2597
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1081
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1214

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13220	0.1
1	2	B	13220	0.1
2	1	A	13290	0.09
2	2	C	13290	0.09
3	1	A	13334	0.09
3	2	D	13334	0.09
4	1	B	13488	0.08
4	2	C	13488	0.08
5	1	B	13422	0.08
5	2	D	13422	0.08
6	1	C	13325	0.09
6	2	D	13325	0.09

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3418	0.4008	117	0.3642	2537	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3418-2.3867	0.3819	159	0.3484	2488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3867-2.4354	0.3667	137	0.3366	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4354-2.4882	0.3781	134	0.3242	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4882-2.546	0.3644	161	0.317	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.546-2.6095	0.3553	150	0.3072	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6095-2.6799	0.3486	155	0.2961	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6799-2.7585	0.3442	135	0.2846	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7585-2.8473	0.2943	150	0.2688	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8473-2.9488	0.2798	136	0.2617	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9488-3.0664	0.3023	115	0.2516	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0664-3.2054	0.3388	139	0.2438	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2054-3.3736	0.2511	146	0.2244	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3736-3.5838	0.2493	120	0.2143	2584	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5838-3.8585	0.2247	131	0.1752	2588	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8585-4.2433	0.1872	124	0.1561	2608	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2433-4.8492	0.1886	114	0.1349	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8492-6.0793	0.224	143	0.161	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0793-19.6435	0.1908	149	0.1516	2688	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6979	-4.331	-0.3581	6.9538	-2.7997	4.0766	-0.3048	0.0535	-1.251	1.0304	0.5879	1.0282	0.4539	-2.4059	-0.4301	0.5173	-0.3591	-0.1575	0.8135	0.0561	0.8885	8.9107	13.0285	41.6981
2	8.1972	-0.8713	0.355	5.0062	1.6282	6.7476	-0.1704	0.485	0.1947	-0.6912	-0.1234	0.5445	-0.4604	-0.3591	0.3619	0.4142	-0.0255	-0.1687	0.4407	-0.0207	0.4888	17.4	16.1782	35.5595
3	4.1775	0.3041	1.2812	4.0511	-1.1123	5.2197	0.3197	0.6838	-0.6382	-0.0739	-0.2799	0.0555	0.5436	0.928	0.057	0.4587	0.0364	-0.0886	0.2524	-0.0743	0.4565	28.5719	10.2419	35.9193
4	2.7193	0.3061	-1.43	9.6722	5.4413	4.1039	-0.5259	-0.1131	-0.176	0.2808	0.0647	0.8292	-0.01	-1.4645	0.213	0.5671	0.1297	-0.1034	0.4693	-0.0267	0.5079	14.0805	18.5694	49.2555
5	1.7126	0.3736	-1.1927	0.9275	0.4043	5.5669	-0.1783	-0.1389	-0.2882	0.4669	0.0587	-0.1529	0.6825	0.2448	0.095	0.5145	0.0681	-0.0278	0.1987	0.0343	0.4653	30.1166	13.1322	58.529
6	2.3475	0.0187	-0.4042	1.5303	1.0374	9.1137	-0.1804	0.2457	0.1284	-0.1756	-0.0648	0.1262	-0.4268	0.0084	0.2297	0.3593	-0.0241	-0.0502	0.1705	0.0464	0.4215	27.5358	20.8095	44.4614
7	2.9705	0.652	1.3954	7.6262	4.1258	8.1103	0.7213	0.5879	1.1925	-0.0463	-0.0307	-0.4898	0.2901	1.0271	-0.6345	0.5067	-0.0654	-0.0798	0.4003	0.0728	0.6118	36.9612	25.4461	50.0799
8	0.538	1.2719	-2.0676	3.0098	-4.8945	7.9499	1.2008	-0.609	1.2439	-0.5647	-0.5096	0.4838	-0.9791	0.8764	-0.8732	0.7712	0.0131	-0.2162	0.6783	-0.3088	1.1133	28.7174	32.976	44.3577
9	8.1116	-6.5376	1.8311	6.0787	0.8907	7.3587	-0.1105	-1.2174	2.137	-0.0877	0.0633	-0.8688	0.4254	-0.2206	0.1034	0.6153	-0.265	-0.2879	0.3486	-0.0422	0.5954	29.3111	31.3201	54.2378
10	8.6776	-1.3452	-4.6959	6.7893	3.1049	3.4159	-0.062	-1.1859	-0.6505	0.8203	0.0319	-0.0664	-0.6382	1.2091	-0.1257	0.7594	-0.1536	-0.2008	0.5828	0.0969	0.4397	39.3367	23.0728	62.3463
11	5.5784	3.0292	-2.4455	3.6646	0.0378	3.1858	-0.1297	-0.1901	0.6271	1.1111	0.1382	0.5318	-1.4736	-0.8635	0.0894	0.9034	0.1397	-0.0543	0.3558	-0.0957	0.5046	22.0449	28.2456	63.6763
12	5.5639	3.7902	-2.4656	3.007	-0.9412	5.2585	-0.0326	-0.4956	-1.0162	0.7713	0.4103	-0.2232	-0.1498	-0.2631	-0.3244	0.6883	-0.0334	0.0566	0.2029	0.0149	0.4464	23.2368	9.9722	65.9658
13	6.4446	-0.9583	-0.3662	4.4896	-1.6756	4.6435	-0.6333	1.1514	-0.1284	-0.6114	0.3887	-1.0389	-0.0902	1.3006	0.1475	0.5164	-0.2203	0.2197	0.9184	-0.1757	0.6801	41.993	54.8022	37.5552
14	8.3786	-0.4956	4.1249	2.0175	-3.9445	5.8824	-0.688	2.4705	-0.1574	-1.0682	0.4677	1.3317	0.3782	1.022	0.0539	0.8365	-0.4036	0.0064	0.8791	-0.0313	0.4963	29.7074	55.8649	31.1915
15	5.2939	-1.4873	5.1329	7.576	0.2346	6.6067	-0.4444	1.5212	0.4066	-0.476	0.6907	-0.3993	-1.5254	1.4662	-0.2083	0.7246	-0.2203	0.097	0.318	0.0628	0.4344	31.6607	60.3068	42.7335
16	1.0226	0.1226	1.3853	4.2115	-0.1341	8.1148	-0.0158	-0.0421	0.0147	0.295	0.1316	-0.1054	-0.5274	0.0434	-0.1443	0.3981	-0.0605	-0.0202	0.2261	0.0054	0.4214	28.9195	54.5664	56.6576
17	2.9326	0.0139	0.9992	1.2928	0.6147	8.5163	-0.0427	-0.0748	-0.0312	0.256	0.156	-0.259	-0.2174	0.2289	-0.1874	0.3978	-0.0512	-0.0508	0.1804	0.0029	0.3921	30.6221	54.3566	57.1319
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42	4.9484	-2.2079	-2.4149	6.4419	0.4629	3.9428	-0.4061	-0.5283	-0.3165	0.1261	0.5637	0.1738	0.7839	-0.1224	-0.1871	0.398	0.0525	-0.0154	0.6426	0.1062	0.2951	38.683	16.8714	19.2848
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID -1:4 )	A	-1 - 4
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4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 53:59 )	A	53 - 59
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8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 165:170 )	A	165 - 170
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 174:179 )	A	174 - 179
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 180:194 )	A	180 - 194
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 195:213 )	A	195 - 213
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN A AND RESID 214:218 )	A	214 - 218
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 1:28 )	B	1 - 28
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18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN B AND RESID 129:162 )	B	129 - 162
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20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN B AND RESID 173:179 )	B	173 - 179
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23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN B AND RESID 197:213 )	B	197 - 213
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN B AND RESID 214:218 )	B	214 - 218
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN C AND RESID 1:14 )	C	1 - 14
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN C AND RESID 15:33 )	C	15 - 33
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28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN C AND RESID 62:98 )	C	62 - 98
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN C AND RESID 99:140 )	C	99 - 140
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN C AND RESID 141:159 )	C	141 - 159
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN C AND RESID 160:164 )	C	160 - 164
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN C AND RESID 165:170 )	C	165 - 170
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN C AND RESID 174:189 )	C	174 - 189
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38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN D AND RESID 14:38 )	D	14 - 38
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41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN D AND RESID 71:119 )	D	71 - 119
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN D AND RESID 120:137 )	D	120 - 137
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN D AND RESID 138:162 )	D	138 - 162
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN D AND RESID 163:169 )	D	163 - 169
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN D AND RESID 174:186 )	D	174 - 186
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN D AND RESID 187:199 )	D	187 - 199
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN D AND RESID 200:213 )	D	200 - 213
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN D AND RESID 214:218 )	D	214 - 218

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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