PDB-4ir8: 1.85 Angstrom Crystal Structure of Putative Sedoheptulose-1,7 bis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ir8

タイトル

1.85 Angstrom Crystal Structure of Putative Sedoheptulose-1,7 bisphosphatase from Toxoplasma gondii

要素

Sedoheptulose-1,7 bisphosphatase, putative

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / FBPase/IMPase/glpX-like domain / Fructose-1 / 6-bisphospatase / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

sedoheptulose-bisphosphatase / sedoheptulose-bisphosphatase activity / sucrose biosynthetic process / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / gluconeogenesis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Minasov, G. / Ruan, J. / Wawrzak, Z. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Harb, O.S. / Ngo, H. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.85 Angstrom Crystal Structure of Putative Sedoheptulose-1,7 bisphosphatase from Toxoplasma gondii.
著者: Minasov, G. / Ruan, J. / Wawrzak, Z. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Harb, O.S. / Ngo, H. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2013年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年1月23日	ID: 3UKS
改定 1.0	2013年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ir8.cif.gz	287.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ir8.ent.gz	237.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ir8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/4ir8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/4ir8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kbzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5nuf-2 2o1f-2 1zi5-2 2o57-1 4asj-1 2z4q-d 1ig8-d 5tjl-2 5tjn-2 5wl1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP90286

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sedoheptulose-1,7 bisphosphatase, putative

B: Sedoheptulose-1,7 bisphosphatase, putative

ヘテロ分子

76.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.400, 64.400, 591.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Sedoheptulose-1,7 bisphosphatase, putative 分子量: 37854.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 株: ME49 / 遺伝子: TGGT1_070070, TGME49_035700, TGVEG_061570 / プラスミド: pCCK-N' / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 Magic / 参照: UniProt: B9PW60, sedoheptulose-bisphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Protein: 20.0mG/mL, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCl (pH 8.3); Screen: PEG's (A2), 0.1M Sodium acetate (pH 4.6), 30% (v/v) PEG 300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97903 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月6日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si {1,1,1} / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 64336 / Num. obs: 64336 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.3 % / B_iso Wilson estimate: 23.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 29.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 15 % / R_merge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 3115 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KBZ

3kbz

解像度: 1.85→29.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.354 / SU ML: 0.047
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18465	3242	5 %	RANDOM
R_work	0.15425	-	-	-
all	0.1558	61040	-	-
obs	0.1558	61040	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.557 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.59 Å²	0.29 Å²	-0 Å²
2-	-	0.59 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4828	0	32	540	5400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5392
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.323	1.961	7342
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.83	3	8947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.278	5	721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.954	24.936	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.449	15	950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.809	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	822
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.966	1.5	3431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.304	1.5	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.676	2	5550
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.715	3	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.359	4.5	1792

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	229	-
R_work	0.191	4335	-
obs	-	4335	98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0103	0.3791	-0.1019	1.4347	0.1097	1.2753	-0.0093	0.1083	0.0497	-0.0886	-0.0292	0.1665	-0.007	-0.1252	0.0385	0.0827	-0.0168	-0.0294	0.0437	-0.031	0.0944	35.0487	18.363	19.0412
2	0.9463	0.5068	-0.2641	1.1609	0.0102	0.97	-0.0436	-0.0576	-0.0101	0.0852	-0.0012	0.1471	0.1362	-0.0675	0.0448	0.0859	-0.0194	0.0047	0.0318	-0.018	0.0788	38.1597	17.9597	29.2132
3	0.83	0.247	0.3206	0.8684	0.5146	1.7325	0.0219	-0.054	-0.0736	0.086	-0.0003	-0.0416	0.0477	0.1833	-0.0215	0.0664	-0.0082	-0.0141	0.0374	-0.0007	0.0256	54.9917	22.6832	34.4454
4	1.3506	0.2619	0.3587	0.7797	0.2982	1.3224	-0.0082	-0.221	0.045	0.1734	-0.0527	0.125	0.0141	-0.0978	0.0609	0.1307	-0.0225	0.0155	0.0504	-0.02	0.0483	44.0246	23.8798	41.5726
5	1.4997	0.0598	-0.4346	1.0454	0.2869	1.5207	-0.0264	0.0579	-0.1438	-0.0177	-0.0331	-0.0489	0.2488	0.0225	0.0595	0.122	-0.0062	0.0188	0.0273	-0.0362	0.0694	71.4875	29.8562	7.7832
6	0.8932	0.2401	-0.345	0.6711	-0.3255	0.9187	-0.0059	-0.0227	0.0414	-0.0997	0.0132	-0.1085	0.0246	0.0847	-0.0073	0.0738	-0.0105	0.0128	0.0347	-0.0427	0.0789	73.3176	38.7851	13.1699
7	0.7041	0.0256	-0.3381	0.831	0.1309	1.8633	-0.0047	-0.0991	0.0184	0.0923	-0.0353	0.0356	-0.0263	0.0093	0.04	0.0922	-0.0355	-0.008	0.0544	-0.0411	0.0717	60.5822	40.7778	26.3013
8	0.7987	0.0279	-0.7346	0.546	0.1968	1.2684	0.0031	-0.2547	-0.0459	0.1129	0.0155	-0.1666	0.0336	0.2983	-0.0187	0.1156	-0.0293	-0.0372	0.1195	-0.0219	0.1002	73.5286	42.2489	27.6161

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	111 - 178
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	179 - 252
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	253 - 330
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 110
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	111 - 178
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	179 - 252
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	253 - 329

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