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- PDB-4ir0: Crystal Structure of Metallothiol Transferase FosB 2 from Bacillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ir0
タイトルCrystal Structure of Metallothiol Transferase FosB 2 from Bacillus anthracis str. Ames
要素Metallothiol transferase FosB 2
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / response to antibiotic / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Metallothiol transferase FosB / : / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FOSFOMYCIN / Metallothiol transferase FosB 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Zhang, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Metallothiol Transferase FosB 2 from Bacillus anthracis str. Ames
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Zhang, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2013年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年1月23日ID: 3UH9
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.22024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallothiol transferase FosB 2
B: Metallothiol transferase FosB 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,23610
ポリマ－35,5812
非ポリマー6558
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area15360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.241, 48.241, 147.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Metallothiol transferase FosB 2 / Fosfomycin resistance protein 2


分子量: 17790.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BAS3818, BA_4109, fosB-2, fosB2, GBAA_4109 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: Q81W73, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FCN / FOSFOMYCIN / 1,2-EPOXYPROPYLPHOSPHONIC ACID / ホスホマイシン


分子量: 138.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O4P / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 10.7% PEG 3000, 50mM Tris pH7.6, 8.6% PEG2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 43924 / Num. obs: 43924 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2059 / Rsym value: 0.543 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXモデル構築
RESOLVEモデル構築
BUCCANEERモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1227)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE位相決定
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→34.449 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.81 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 2229 5.08 %random
Rwork0.184 ---
all0.187 43857 --
obs0.187 43857 99.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.449 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2351 0 34 197 2582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042555
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9493454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.739984
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003450
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.6007-1.63550.28811540.29162445259989
1.6355-1.67350.31071410.29112586272793
1.6735-1.71530.31221350.27552627276295
1.7153-1.76170.27931490.2782544269394
1.7617-1.81350.27431380.26652639277795
1.8135-1.8720.25671520.25512582273494
1.872-1.93880.2631640.23722597276194
1.9388-2.01640.23451150.22792648276396
2.0164-2.10810.20691320.21532631276395
2.1081-2.21910.2121430.20552590273395
2.2191-2.35790.2231360.21372651278795
2.3579-2.53960.21791370.21882649278695
2.5396-2.79460.18851430.19512591273495
2.7946-3.19750.22251280.17322644277295
3.1975-4.02310.16151280.14492652278095
4.0231-19.95690.16061200.13952540266091
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4901-0.3223-0.80431.53211.30094.0651-0.0941-0.2708-0.1725-0.0196-0.0097-0.32160.47020.30580.07690.18420.03120.04950.18020.05120.291610.261919.4315110.6153
23.0540.25340.31552.17640.75893.5164-0.1165-0.1955-0.3363-0.0041-0.1943-0.01290.6132-0.14770.27690.2292-0.00440.09790.1692-0.00770.26183.234117.4537109.4556
31.6962-0.5323-0.0133.3516-0.51290.2611-0.04540.1664-0.0455-0.6526-0.0313-0.42170.0301-0.02080.06910.3962-0.01370.12010.1135-0.00990.32369.720923.40192.7113
45.5762-4.6927-0.2297.06640.74331.06630.09160.6179-0.4562-0.4677-0.37450.53370.5488-0.52370.24240.3647-0.01810.05470.1962-0.080.3365-0.307621.046191.3348
53.1085-0.4772-0.66474.3136-0.20573.9415-0.04750.2180.0355-0.4737-0.2133-0.01420.0025-0.10240.24790.21450.00890.04060.1245-0.03520.24362.71425.55894.8696
69.3552-0.86745.39684.8439-4.45126.35970.34991.1620.5421-0.4456-0.1086-0.30970.1559-0.6043-0.0780.45780.156-0.09040.58870.1230.3454-4.801444.30591.1239
76.7186-0.55241.42055.59971.00935.9769-0.1999-0.81860.65840.2820.3992-0.6404-0.57680.6422-0.04050.1998-0.0648-0.06260.3513-0.07720.3617-11.857763.874185.0417
83.3850.1107-0.65712.84670.44763.01590.0529-0.0710.2523-0.2615-0.25920.2022-0.2137-0.54140.16240.17360.0736-0.05080.2455-0.06690.2987-6.323433.6414106.511
92.6855-0.9506-0.79142.33340.49272.0551-0.1761-0.58470.07680.3422-0.0609-0.05870.41060.05590.20940.18440.00520.0250.3082-0.01030.23943.481525.93123.3364
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 65 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 66 through 85 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 97 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 98 through 120 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 121 through 135 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 136 through 146 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 58 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 59 through 135 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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