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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4iqn | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of uncharacterized protein from Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. 14028s | |||||||||
![]() | (Putative cytoplasmic ...) x 3 | |||||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-BIOLOGY / MCSG / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / PROGRAM FOR THE CHARACTERIZATION OF SECRETED EFFECTOR PROTEINS / PCSEP / reductive METHYLATION | |||||||||
機能・相同性 | Domain of unknown function (DUF5066) / Protein of unknown function DUF5066 / Domain of unknown function (DUF5066) / SMI1/KNR4-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative cytoplasmic protein / Putative cytoplasmic protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Adkins, J.N. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP) | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein from salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. 14028s 著者: Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Adkins, J.N. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 310.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 266.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Putative cytoplasmic ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 26305.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 14028s / SGSC 2262 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 26359.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 14028s / SGSC 2262 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 26318.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 14028s / SGSC 2262 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 548分子 ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-PEG / |
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#5: 化合物 | ChemComp-PG4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月3日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 79623 / Num. obs: 76983 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 41.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / Num. unique all: 3773 / % possible all: 97.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.887 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→31.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20
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