PDB-4iqg: Crystal structure of BPRO0239 oxidoreductase from Polaromonas sp....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iqg

タイトル

Crystal structure of BPRO0239 oxidoreductase from Polaromonas sp. JS666 in NADP bound form

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / NADP-binding protein / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / NYSGRC / NAD-binding Rossmann fold / short-chain dehydrogenase/reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Polaromonas sp. JS666 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Niedzialkowska, E. / Majorek, K.A. / Porebski, P.J. / Al Obaidi, N. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of oxidoreductase from Polaromonas sp. in NADP bound form
著者: Niedzialkowska, E. / Majorek, K.A. / Porebski, P.J. / Al Obaidi, N. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

履歴

登録	2013年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iqg.cif.gz	375.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iqg.ent.gz	322.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iqg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4iqg_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4iqg_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	4iqg_validation.xml.gz	44.4 KB	表示
CIF形式データ	4iqg_validation.cif.gz	62.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/4iqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/4iqg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6t77-1 1q7c-1 2pd6-d 6t5x-1 2uvd-2 3wtc-1 4dry-d 3gk3-d 4u0j-1 1q7b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-014123

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

C: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

D: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.142, 97.710, 70.665
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.32, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	C
2	1	A
1	2	C
2	2	B
1	3	C
2	3	D
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	D
1	6	B
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	C	2 - 248
2	1	A	2 - 248
1	2	C	2 - 248
2	2	B	2 - 248
1	3	C	2 - 247
2	3	D	2 - 247
1	4	A	2 - 248
2	4	B	2 - 248
1	5	A	1 - 248
2	5	D	1 - 248
1	6	B	2 - 247
2	6	D	2 - 247

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 CABD

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 28729.428 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Polaromonas sp. JS666 (バクテリア) 株: JS666 / 遺伝子: Bpro_0239 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q12GY8

-
非ポリマー , 5種, 583分子

#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.42 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.15 M sodium formate, 20% PEG 3350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月10日 / 詳細: beryllium lens
放射	モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 78447 / Num. obs: 78447 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.082
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.683 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
Coot		モデル構築
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→40.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 4.812 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17304	3936	5 %	RANDOM
R_work	0.14845	-	-	-
all	0.14971	74288	-	-
obs	0.14971	74288	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.652 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.41 Å²	0 Å²	1.02 Å²
2-	-	-1.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→40.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7048	0	232	568	7848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	7454
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	7224
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.88	2.001	10156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.522	3	16450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.981	5	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.904	23.206	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.033	15	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.153	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	8657
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1701

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	C	13471	0.08
1	2	A	13471	0.08
2	1	C	14473	0.06
2	2	B	14473	0.06
3	1	C	14199	0.07
3	2	D	14199	0.07
4	1	A	13458	0.08
4	2	B	13458	0.08
5	1	A	13640	0.08
5	2	D	13640	0.08
6	1	B	14327	0.07
6	2	D	14327	0.07

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	274	-
R_work	0.216	5494	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5689	0.7029	-0.6247	4.5283	0.7037	2.1765	0.0815	0.0112	0.2433	-0.382	-0.01	-0.473	-0.2123	0.0821	-0.0715	0.1842	-0.0146	0.1383	0.2059	0.0387	0.1471	61.639	31.425	38.438
2	4.8254	3.5432	0.8613	7.4339	0.7539	5.231	0.0183	0.3073	0.3926	-0.4683	-0.0304	-0.3997	-0.6767	0.0116	0.0122	0.4373	-0.032	0.2162	0.3051	0.0654	0.2211	61.629	35.098	30.896
3	19.8534	7.7265	6.1526	3.8444	3.2654	6.4526	-0.1208	0.2641	0.3003	-0.543	0.1344	-0.1446	-0.095	0.0317	-0.0136	0.4967	-0.0383	0.2086	0.338	0.0143	0.1774	61.876	20.907	27.449
4	1.3461	0.2116	0.0879	1.1089	-0.0148	0.8192	0.0052	0.2434	0.1345	-0.3184	0.0383	-0.1209	-0.0556	0.0342	-0.0436	0.1296	-0.0042	0.0253	0.233	0.026	0.054	49.243	20.402	40.674
5	2.7785	-1.1895	-0.2884	2.7562	-0.285	0.6684	0.0105	-0.0712	0.2791	-0.09	0.0666	-0.1343	-0.177	-0.0061	-0.0771	0.07	0.0056	0.0111	0.201	-0.0013	0.0715	53.194	30.384	52.072
6	3.0996	1.2644	-0.1403	2.8065	0.9028	1.2419	0.1167	-0.3441	0.2363	0.2874	-0.1415	-0.0681	-0.0948	0.0159	0.0248	0.0831	-0.0384	-0.0573	0.2582	-0.0352	0.1361	62.928	32.7	77.589
7	1.0325	0.549	0.0043	1.3477	-0.0452	0.817	0.0694	-0.1874	0.0496	0.1519	-0.0981	-0.1612	0.0149	0.0779	0.0287	0.0216	-0.0116	-0.0291	0.2095	-0.0146	0.0761	50.051	22.254	72.311
8	2.8562	-1.0844	0.3526	3.139	0.032	1.4437	0.0494	-0.0615	-0.1577	-0.162	0.0188	-0.2983	0.1642	0.1481	-0.0682	0.0323	0.0026	0.0046	0.2035	0.0052	0.0804	59.186	20.406	60.603
9	5.0778	0.0749	-0.0233	3.9117	-0.5214	2.549	-0.012	0.4512	-0.399	-0.4326	-0.0738	0.3718	0.3326	-0.0134	0.0858	0.2092	0.0233	-0.0991	0.2835	-0.0911	0.1216	22.109	-3.511	39.347
10	14.3579	2.5849	-2.9791	1.187	0.6226	4.2548	-0.1535	0.7724	0.0726	-0.4327	0.1986	0.2319	-0.0515	0.1087	-0.045	0.4245	-0.0156	-0.2298	0.485	0.0141	0.1766	22.662	7.95	29.747
11	1.7234	0.4575	-0.2796	1.0312	-0.0119	0.8879	0.0034	0.2899	-0.0431	-0.327	0.0033	0.0229	0.051	-0.031	-0.0067	0.1486	0.0127	-0.0382	0.2368	0.0106	0.0276	35.192	10.72	41.745
12	11.0697	-3.2102	2.1382	1.537	2.6374	17.9618	0.171	-0.0661	-0.1096	-0.045	0.1582	-0.029	0.1142	0.633	-0.3292	0.5705	0.0782	0.0497	0.3899	-0.0699	0.5479	45.937	-6.659	46.332
13	2.4805	-1.2897	0.084	2.953	0.1921	0.3041	0.0075	-0.1371	-0.1183	-0.0213	0.0126	0.0178	0.105	0.0146	-0.02	0.0646	0.0051	-0.0258	0.2027	0.0071	0.0264	31.272	3.267	54.74
14	2.6549	0.1042	-0.2912	1.8803	-0.7308	2.037	0.0271	-0.2721	-0.1925	0.2212	-0.0448	0.2002	0.1371	-0.0466	0.0178	0.0688	-0.0441	0.0205	0.2489	-0.0017	0.0948	21.467	4.778	80.101
15	1.1716	0.4154	-0.1994	1.6574	-0.0123	1.084	0.0768	-0.1772	0.1069	0.1311	-0.0653	0.1537	-0.0111	-0.0118	-0.0114	0.0236	-0.0176	-0.0038	0.212	-0.0224	0.0509	34.512	14.458	73.109
16	2.7604	-1.461	-0.4718	3.5543	0.1266	1.9904	0.0592	-0.0004	0.2848	-0.2135	-0.0332	0.1979	-0.1245	-0.1571	-0.0261	0.0336	-0.0021	-0.0318	0.2067	-0.0116	0.0886	24.88	14.433	61.32

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	35 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	63 - 79
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	80 - 192
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	211 - 248
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 80
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	81 - 202
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	203 - 248
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 58
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	59 - 80
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	81 - 192
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	193 - 210
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	211 - 248
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	1 - 80
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	81 - 202
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	203 - 248

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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