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- PDB-4ipi: Crystal Structure of R314A N-acetyl Neuraminic Acid Synthase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ipi
タイトルCrystal Structure of R314A N-acetyl Neuraminic Acid Synthase from Neiserria meningitidis with Malate bound
要素Polysialic acid capsule biosynthesis protein SiaC
キーワードTRANSFERASE / Antifreeze Protein Fold / NANA / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / Neisseria meningitidis
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acylneuraminate-9-phosphate synthase activity / glycosylation / carbohydrate biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-acetylneuraminic acid synthase, N-terminal / NeuB family / SAF domain / SAF domain / SAF / Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily ...N-acetylneuraminic acid synthase, N-terminal / NeuB family / SAF domain / SAF domain / SAF / Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / : / Capsule biosynthesis protein / Polysialic acid capsule biosynthesis protein SiaC
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Joseph, D.D.A. / Jiao, W. / Parker, E.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Arg314 Is Essential for Catalysis by N-Acetyl Neuraminic Acid Synthase from Neisseria meningitidis.
著者: Joseph, D.D. / Jiao, W. / Parker, E.J.
履歴
登録2013年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polysialic acid capsule biosynthesis protein SiaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7614
ポリマ－38,4381
非ポリマー3233
水6,395355
1
A: Polysialic acid capsule biosynthesis protein SiaC
ヘテロ分子

A: Polysialic acid capsule biosynthesis protein SiaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5228
ポリマ－76,8752
非ポリマー6466
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_855-x+3,-y,z1
Buried area7460 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area26370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.000, 75.800, 77.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Polysialic acid capsule biosynthesis protein SiaC / N-Acetyl Neuraminic Acid Synthase


分子量: 38437.742 Da / 分子数: 1 / 変異: R314A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: siaC, NMB0068 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7DDU0, UniProt: Q57265*PLUS, N-acetylneuraminate synthase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 1.7 M malic acid, 10 mM magnesium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→27.16 Å / Num. all: 35170 / Num. obs: 35169 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Rsym value: 0.508 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceGUIデータ収集
CCP4モデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XUZ

1xuz


解像度: 1.75→27.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.451 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1972 3541 10.1 %RANDOM
Rwork0.16132 ---
obs0.16491 31594 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.119 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→27.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2692 0 19 355 3066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.111.9823948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8134868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4495380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5225.476126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.5515526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0221512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02541
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4091.51834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0991.5748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80222968
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4931078
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5174.5980
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 246 -
Rwork0.216 2296 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1780.04290.17650.72180.07360.1934-0.0031-0.0124-0.0006-0.0574-0.0061-0.10910.00580.01670.00910.02460.00150.01230.04780.00070.056101.3983-17.476249.6795
20.1559-0.1724-0.06820.44830.03210.0392-0.0168-0.00890.0156-0.00840.0026-0.03890.00180.00160.01430.03830.0011-0.00060.05660.00140.045398.8446-14.276154.6721
30.908-0.4495-1.17941.03530.86651.41110.1222-0.0606-0.01510.029-0.0921-0.0133-0.07870.0285-0.03010.0556-0.01720.01980.0441-0.02330.034774.810740.759866.5817
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2A80 - 282
3X-RAY DIFFRACTION3A283 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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