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万見
- PDB-2wqp: Crystal structure of sialic acid synthase NeuB-inhibitor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wqp
タイトルCrystal structure of sialic acid synthase NeuB-inhibitor complex
要素POLYSIALIC ACID CAPSULE BIOSYNTHESIS PROTEIN SIAC
キーワードTRANSFERASE / NEUB / INHIBITOR / TIM BARREL / SIALIC ACID SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acylneuraminate-9-phosphate synthase activity / : / carbohydrate biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-acetylneuraminic acid synthase, N-terminal / : / NeuB family / SAF domain / SAF / SAF domain / Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. ...N-acetylneuraminic acid synthase, N-terminal / : / NeuB family / SAF domain / SAF / SAF domain / Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / : / Chem-WQP / Polysialic acid capsule biosynthesis protein SiaC
類似検索 - 構成要素
生物種NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Liu, F. / Lee, H.J. / Strynadka, N.C.J. / Tanner, M.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: The Inhibition of Neisseria Meningitidis Sialic Acid Synthase by a Tetrahedral Intermediate Analog.
著者: Liu, F. / Lee, H.J. / Strynadka, N.C.J. / Tanner, M.E.
履歴
登録2009年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年10月12日Group: Database references
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYSIALIC ACID CAPSULE BIOSYNTHESIS PROTEIN SIAC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7689
ポリマ－38,8811
非ポリマー8888
水5,801322
1
A: POLYSIALIC ACID CAPSULE BIOSYNTHESIS PROTEIN SIAC
ヘテロ分子

A: POLYSIALIC ACID CAPSULE BIOSYNTHESIS PROTEIN SIAC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,53718
ポリマ－77,7612
非ポリマー1,77516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_855-x+3,-y,z1
Buried area9950 Å2
ΔGint-39.78 kcal/mol
Surface area25830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.619, 75.744, 77.361
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 POLYSIALIC ACID CAPSULE BIOSYNTHESIS PROTEIN SIAC / SYNC PROTEIN / SIALIC ACID SYNTHASE


分子量: 38880.723 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
株: SEROGROUP B / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7DDU0

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非ポリマー , 6種, 330分子

#2: 化合物 ChemComp-WQP / 5-(ACETYLAMINO)-3,5-DIDEOXY-2-O-PHOSPHONO-D-ERYTHRO-L-MANNO-NONONIC ACID


分子量: 391.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22NO12P
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PRO 111 TO LEU
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.2 / 詳細: 1.50-1.55 M MALIC ACID, PH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.979
検出器タイプ: BMC / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月26日 / 詳細: HIGH-RESOLUTION DOUBLE- CRYSTAL SAGITTAL FOCUSING
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 35158 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.75→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.692 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 1754 5 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.165 33373 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å20 Å2
2---1.13 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2681 0 55 322 3058
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222782
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2021.9863747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.63735928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5635351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60225.246122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.2215495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7951513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02514
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4951.51733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1511.5715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91122784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94631049
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9434.5961
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 120 -
Rwork0.242 2371 -
obs--96.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.797-3.1692-0.459810.0820.21466.9934-0.3199-0.27710.24350.60350.0881-0.4144-0.24030.05220.23180.1074-0.0243-0.10540.08570.00730.1253107.0504-3.639561.8788
20.8157-0.11550.27961.66510.52630.8863-0.01960.03520.0845-0.0356-0.0137-0.2473-0.02530.09620.03330.0029-0.00510.00750.05390.02350.0807104.4516-12.801845.1371
31.71031.2011-0.39651.1281-0.31310.3942-0.01970.1029-0.171-0.058-0.0152-0.19910.10070.07850.03490.05210.02470.00550.07530.01270.0765102.0125-31.269846.6881
40.7687-0.1503-0.26340.8773-0.12270.819-0.0033-0.04830.02730.1391-0.0441-0.24650.03070.16420.04740.02770.0008-0.03840.04840.01180.0703106.9941-20.961957.599
51.1202-0.34060.25621.2722-0.23970.77340.0049-0.10430.05620.23580.0139-0.0210.00750.024-0.01880.063-0.0077-0.01130.0257-0.00590.011594.1146-12.159260.6852
60.4219-0.6912-0.22773.75831.46771.11770.02820.02090.0419-0.0792-0.0374-0.0884-0.0431-0.00330.00930.0047-0.0077-0.00090.04050.01890.037195.0608-5.003146.6249
72.7395-1.4653-1.82623.10781.60022.28070.1538-0.0190.12960.2761-0.16210.0985-0.1539-0.20950.00830.1151-0.01080.0410.0529-0.03030.030576.777937.850263.7216
82.3905-0.6366-1.70472.37291.37563.89010.1702-0.23660.19730.3301-0.14290.0852-0.17880.0143-0.02730.1422-0.03860.05290.0525-0.03650.0476.159341.281667.605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2A12 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3A57 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4A100 - 160
5X-RAY DIFFRACTION5A161 - 233
6X-RAY DIFFRACTION6A234 - 279
7X-RAY DIFFRACTION7A280 - 308
8X-RAY DIFFRACTION8A309 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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