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万見
- PDB-4ip9: Structure of native human serum amyloid A1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ip9
タイトルStructure of native human serum amyloid A1
要素Serum amyloid A-1 protein
キーワードPROTEIN BINDING / double layer hexameric structure / secondary amyloid / High density lipoprotein / human serum
機能・相同性
機能・相同性情報


Scavenging by Class B Receptors / lymphocyte chemotaxis / positive regulation of interleukin-1 production / high-density lipoprotein particle / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / macrophage chemotaxis / regulation of protein secretion / cytoplasmic microtubule / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling ...Scavenging by Class B Receptors / lymphocyte chemotaxis / positive regulation of interleukin-1 production / high-density lipoprotein particle / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / macrophage chemotaxis / regulation of protein secretion / cytoplasmic microtubule / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / endocytic vesicle lumen / neutrophil chemotaxis / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / G protein-coupled receptor binding / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / platelet activation / negative regulation of inflammatory response / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / G alpha (q) signalling events / Amyloid fiber formation / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serum amyloid A protein / Serum amyloid A protein / Serum amyloid A protein / Serum amyloid A proteins signature. / Serum amyloid A proteins / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / Serum amyloid A-1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lu, J. / Sun, P.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural mechanism of serum amyloid A-mediated inflammatory amyloidosis.
著者: Lu, J. / Yu, Y. / Zhu, I. / Cheng, Y. / Sun, P.D.
履歴
登録2013年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum amyloid A-1 protein
B: Serum amyloid A-1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2668
ポリマ－25,3202
非ポリマー1,9466
水1086
1
A: Serum amyloid A-1 protein
B: Serum amyloid A-1 protein
ヘテロ分子

A: Serum amyloid A-1 protein
B: Serum amyloid A-1 protein
ヘテロ分子

A: Serum amyloid A-1 protein
B: Serum amyloid A-1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,79724
ポリマ－75,9596
非ポリマー5,83918
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area8340 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area31100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.850, 93.850, 130.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Serum amyloid A-1 protein / SAA / Amyloid protein A / Amyloid fibril protein AA / Serum amyloid protein A(2-104) / Serum ...SAA / Amyloid protein A / Amyloid fibril protein AA / Serum amyloid protein A(2-104) / Serum amyloid protein A(3-104) / Serum amyloid protein A(2-103) / Serum amyloid protein A(2-102) / Serum amyloid protein A(4-101)


分子量: 12659.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DJI8
#2: 化合物
ChemComp-P4C / O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE 400 / 20-ヒドロキシ-3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オン


分子量: 324.367 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG2000 MME, 0.1M Tris (pH8.5) and 0.2 M Trimethylamine N-oxide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 7804 / Num. obs: 7791 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 71.11 Å2 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 376 / Rsym value: 0.511 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→18.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9323 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2584 752 9.68 %RANDOM
Rwork0.2491 ---
obs0.25 7768 --
原子変位パラメータBiso mean: 82.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7458 Å20 Å20 Å2
2--0.7458 Å20 Å2
3----1.4915 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.595 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→18.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1658 0 80 6 1744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081782HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.862366HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d638SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes48HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes264HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1782HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.58
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion190SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1974SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.79 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3079 206 9.41 %
Rwork0.2597 1984 -
all0.2641 2190 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5296-0.6011.29794.0044-0.93645.68890.5102-0.8481-1.18960.249-0.0541-0.03130.7172-0.3381-0.4561-0.0356-0.213-0.183-0.2420.2453-0.0094-5.5135-16.256743.3841
24.932-0.10081.78984.72810.63685.01210.56130.7741-0.3763-0.3764-0.33710.6718-0.0931-0.4843-0.2242-0.09130.0528-0.2246-0.101-0.1064-0.0928-10.9944-13.075517.6809
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|104 }A1 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|104 }B1 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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