PDB-4iot: High-resolution Structure of Triosephosphate isomerase from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iot

タイトル

High-resolution Structure of Triosephosphate isomerase from E. coli

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / TIM Barrel / Conversion of dihydroxyacetone phosphate to D-glyceraldehyde-3-phosphate / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Vinaik, R. / Kozlov, G. / Gehring, K. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Triosephosphate isomerase is a common crystallization contaminant of soluble His-tagged proteins produced in Escherichia coli.
著者: Kozlov, G. / Vinaik, R. / Gehring, K.

履歴

登録	2013年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月5日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iot.cif.gz	207.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iot.ent.gz	168.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iot.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/4iot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/4iot	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1treS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2v0t-1 4jeq-5 2vfg-2 4mkn-1 4nvt-1 5i3h-d 4jeq-6 1aw2-2 5i3f-2 1tre-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

B: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

54.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.470, 67.452, 150.354
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase 分子量: 27003.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / DH10B / 参照: UniProt: B1XB85, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris and 20% PEG5000 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9767 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月18日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9767 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→75.16 Å / Num. all: 38988 / Num. obs: 38754 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 20.56
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique all: 2612 / R_sym value: 0.404 / % possible all: 93.06

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TRE

1tre

解像度: 1.85→75.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 5.195 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20633	2049	5 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
all	0.173	38988	-	-
obs	0.1737	38754	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.267 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→75.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3774	0	5	474	4253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3899
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.037	1.951	5286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.698	5	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.879	25.337	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.912	15	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.431	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2921
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	2686
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.161	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.131	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.426	1.5	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.656	2	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.273	3	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.056	4.5	1238

LS精密化シェル

解像度: 1.853→1.901 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2	135	-
R_work	0.202	2612	-
obs	-	-	93.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3937	-0.8764	0.3618	1.963	-0.1762	1.9693	-0.0311	-0.1268	-0.1497	0.1576	0.0845	0.0085	0.1143	0.0591	-0.0534	0.0854	-0.022	-0.0096	0.0287	0.0145	0.0428	-1.825	4.971	-6.524
2	3.4401	-2.5249	0.8123	4.4684	-0.7213	0.8076	-0.1369	-0.1673	0.1872	0.2051	0.1473	-0.0856	-0.0765	0.0291	-0.0105	0.0785	-0.0103	0.0116	0.0576	0.0039	0.0428	-1.043	14.264	-6.723
3	0.4416	-0.2873	-0.4151	3.311	-1.0503	0.9483	-0.0315	0.0283	0.0783	-0.0303	0.0724	-0.1152	0.0102	-0.0327	-0.0409	0.0338	-0.0147	0.002	0.0491	0.0081	0.0385	-0.704	20.768	-18.701
4	1.3404	-0.1347	0.1619	1.9347	0.521	1.5599	0.0213	0.1228	-0.1151	-0.1732	-0.0067	0.0769	0.0674	-0.1713	-0.0146	0.0987	-0.0088	0.0014	0.0695	0.0117	0.0375	-3.826	9.044	-28.439
5	1.9273	0.3619	-0.886	2.8141	-0.7511	1.8181	-0.0034	0.11	-0.0691	-0.1668	0.0191	0.0362	0.2425	-0.005	-0.0156	0.1354	-0.0102	-0.0098	0.0785	-0.03	0.0232	1.632	-0.099	-30.605
6	0.623	-0.123	0.1498	1.7173	-0.4322	3.4283	-0.0079	-0.0449	-0.1515	-0.0771	0.1059	0.0631	0.4769	-0.0056	-0.098	0.0938	-0.0101	-0.0323	0.0011	0.0041	0.0314	-0.478	-4.017	-18.24
7	8.114	-3.644	-4.4629	7.0935	1.736	8.8075	-0.2422	-0.4359	-0.282	0.3207	0.2349	-0.1002	0.5718	0.3743	0.0073	0.1369	-0.0124	-0.0514	0.0105	0.0176	0.0325	2.245	-5.964	-9.115
8	2.5838	-1.4903	0.2567	3.1413	0.6264	1.051	0.0213	-0.0933	0.0123	0.0673	0.0159	0.0721	-0.0646	-0.0608	-0.0373	0.0869	-0.0237	-0.0048	0.0698	0.0356	0.0904	-10.514	36.638	-11.942
9	2.5157	-1.1029	-0.3959	3.9841	0.6679	0.9751	-0.0721	-0.1595	0.1782	0.2514	0.1134	-0.2488	-0.0589	0.1417	-0.0413	0.029	-0.0108	-0.0206	0.0245	0.0066	0.0252	-5.535	35.392	-6.272
10	0.6533	-0.1421	-0.4312	3.1378	0.6597	0.7462	-0.0632	-0.0565	-0.0498	0.1694	0.1053	-0.0042	0.0335	0.0659	-0.042	0.018	-0.001	-0.0029	0.044	0.0137	0.0474	-13.489	23.368	-9.459
11	2.5416	0.0906	0.4086	1.8913	0.3891	2.5815	0.0097	0.2364	-0.0592	-0.0818	0.0242	0.033	0.0085	-0.0251	-0.0339	0.0329	-0.0058	-0.0145	0.068	0.0125	0.0683	-20.394	27.221	-19.704
12	2.7114	-1.0295	1.4384	4.9253	-5.5147	12.4296	-0.0204	0.405	0.2342	-0.4122	0.1024	-0.027	-0.0191	-0.1694	-0.082	0.0681	-0.0453	-0.014	0.1128	0.0827	0.046	-22.159	40.33	-33.999
13	1.8565	0.5001	0.3745	2.4022	0.4105	1.4932	-0.0593	0.1706	0.2442	-0.0958	0.0315	0.0492	-0.1309	0.045	0.0279	0.0287	0.0084	-0.004	0.083	0.0649	0.0788	-25.643	41.906	-20.982
14	3.6953	-1.2567	0.7265	4.7279	1.2722	3.0784	-0.1232	-0.0691	0.2575	0.1421	0.1203	-0.1575	-0.1786	-0.0243	0.0029	0.0899	-0.031	0.0172	0.0516	0.0398	0.1113	-11.009	46.372	-11.155

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	58 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	86 - 144
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	145 - 201
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	202 - 239
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	240 - 254
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 17
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	18 - 51
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	52 - 87
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	88 - 125
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	126 - 138
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	139 - 229
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	230 - 254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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