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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ioh | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Tll1086 protein from Thermosynechococcus elongatus, Northeast Structural Genomics Consortium Target TeR258 | ||||||
要素 | Tll1086 protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF2237 / Protein of unknown function DUF2237 / Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2237) / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Tll1086 protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.53 Å | ||||||
データ登録者 | Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, X. / Kohan, E. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, X. / Kohan, E. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Tll1086 protein from Thermosynechococcus elongatus. 著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, X. / Kohan, E. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ioh.cif.gz | 55.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ioh.ent.gz | 44.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ioh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ioh_validation.pdf.gz | 425.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ioh_full_validation.pdf.gz | 428.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ioh_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ioh_validation.cif.gz | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/4ioh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/4ioh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | dimer,35.35 kD,91.5%, heptamer,109.8 kD,4.5% |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14908.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: tll1086 / プラスミド: TeR258-21.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q8DJY4 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.64 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 8 詳細: 1.11M sodium phosphate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, Microbatch crystallization under oil, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97923 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97923 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.53→50 Å / Num. all: 10991 / Num. obs: 10905 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 30.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.53→2.65 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.0127 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1422 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.53→33.999 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / SU ML: 0.69 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: Cys15 makes a disulfide bond with Cys42 form symmetry-related mate (x,x-y,-z+1/6 + (0 0 0))
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.871 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 155.41 Å2 / Biso mean: 91.813 Å2 / Biso min: 39.61 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.53→33.999 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3
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