[日本語] English
万見
- PDB-4ino: The crystal structure of Helicobacter pylori Ceue (HP1561) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ino
タイトルThe crystal structure of Helicobacter pylori Ceue (HP1561)
要素Nickel (II) ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / heme-binding protein / Fe transport / ABC transporter substrate binding protein / periplasmic space (ペリプラズム)
機能・相同性ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / cellular response to iron ion / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Iron (III) ABC transporter, periplasmic iron-bindin gprotein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Shaik, M.M. / Cendron, L. / Zanotti, G.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: Helicobacter pylori periplasmic receptor CeuE (HP1561) modulates its nickel affinity via organic metallophores.
著者: Shaik, M.M. / Cendron, L. / Salamina, M. / Ruzzene, M. / Zanotti, G.
履歴
登録2013年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22014年2月26日Group: Database references
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nickel (II) ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein
B: Nickel (II) ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0592
ポリマ－75,0592
非ポリマー00
水8,881493
1
A: Nickel (II) ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5291
ポリマ－37,5291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nickel (II) ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5291
ポリマ－37,5291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.370, 87.020, 105.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 34 - 335 / Label seq-ID: 1 - 302

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Nickel (II) ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein / CEUE


分子量: 37529.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-333 / 変異: V102A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: G27 / 遺伝子: HPG27_1499 / プラスミド: pET101-HP1561 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5Z9J2
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.52 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8
詳細: 0.1 M SPG buffer, 25% w/v PEG1500, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 393K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF BM1410.97627
シンクロトロンESRF ID2920.9792
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2011年8月31日
PSI PILATUS 6M2PIXEL2011年5月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.976271
20.97921
反射解像度: 1.65→47.59 Å / Num. obs: 73090 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→45.234 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.46 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE BINDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2246 3661 5.01 %
Rwork0.1932 --
obs0.1948 73002 96.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å20 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.234 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4796 0 0 493 5289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1496620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7541840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005832
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1208medium positional0.20.5
1190loose positional0.445
1208medium thermal2.352
1190loose thermal2.2710
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 263 -
Rwork0.289 5064 -
obs--96.4 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る