PDB-4inh: Structural Basis of Substrate Specificity and Protease Inhibition...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4inh

タイトル

Structural Basis of Substrate Specificity and Protease Inhibition in Norwalk Virus

要素

Genome polyprotein
peptide inhibitor, syc59

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / protease / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/1968/US (ウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Prasad, B.V.V. / Muhaxhiri, Z. / Deng, L. / Shanker, S. / Sankaran, B. / Estes, M.K. / Palzkill, T. / Song, Y.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of substrate specificity and protease inhibition in norwalk virus.
著者: Muhaxhiri, Z. / Deng, L. / Shanker, S. / Sankaran, B. / Estes, M.K. / Palzkill, T. / Song, Y. / Prasad, B.V.

履歴

登録	2013年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4inh.cif.gz	547.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4inh.ent.gz	453.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4inh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4inh_validation.pdf.gz	518.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4inh_full_validation.pdf.gz	539.3 KB	表示
XML形式データ	4inh_validation.xml.gz	79.2 KB	表示
CIF形式データ	4inh_validation.cif.gz	107.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/4inh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/4inh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4imqC 4imzC 4in1C 4in2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lae-d 6bid-d 4hbo-4 5t6d-1 3fqf-d 4rdn-1 5tg2-d 3ql3-d 5wej-1 3sru-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Genome polyprotein

B: Genome polyprotein

C: Genome polyprotein

D: Genome polyprotein

E: Genome polyprotein

F: Genome polyprotein

G: Genome polyprotein

H: Genome polyprotein

J: peptide inhibitor, syc59

M: peptide inhibitor, syc59

S: peptide inhibitor, syc59

T: peptide inhibitor, syc59

N: peptide inhibitor, syc59

O: peptide inhibitor, syc59

P: peptide inhibitor, syc59

Q: peptide inhibitor, syc59

ヘテロ分子

161 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Genome polyprotein

M: peptide inhibitor, syc59

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.2 kDa, 2 ポリマー
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2

G: Genome polyprotein

P: peptide inhibitor, syc59

登録者が定義した集合体
20.1 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Genome polyprotein

J: peptide inhibitor, syc59

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.2 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Genome polyprotein

N: peptide inhibitor, syc59

登録者が定義した集合体
20.1 kDa, 2 ポリマー
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5

F: Genome polyprotein

O: peptide inhibitor, syc59

登録者が定義した集合体
20.1 kDa, 2 ポリマー
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6

H: Genome polyprotein

Q: peptide inhibitor, syc59

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.2 kDa, 2 ポリマー
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7

D: Genome polyprotein

T: peptide inhibitor, syc59

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.2 kDa, 2 ポリマー
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8

C: Genome polyprotein

S: peptide inhibitor, syc59

登録者が定義した集合体
20.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.335, 66.917, 100.459
Angle α, β, γ (deg.)	89.99, 90.09, 75.93
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Genome polyprotein / Protein p48 / NTPase / p41 / Protein p22 / Viral genome-linked protein / VPG / 3C-like protease / ...Protein p48 / NTPase / p41 / Protein p22 / Viral genome-linked protein / VPG / 3C-like protease / 3CLpro / Calicivirin / RNA-directed RNA polymerase / RdRp 分子量: 19640.494 Da / 分子数: 8 / 断片: norwalk virus protease (unp residues 1101-1281) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus Hu/1968/US (ウイルス) / 株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q83883, nucleoside-triphosphate phosphatase, calicivirin, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質・ペプチド	peptide inhibitor, syc59 タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 497.027 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: peptide inhibitor, syc59
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化	温度: 293.15 K / pH: 7 詳細: 0.1-0.3 M potassium thiocyanate and 25-30% polyethylene glycol monomethyl ether 2,000 , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9765
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月16日
放射	モノクロメーター: SI(220) ASYMMETRIC CUT SINGLE CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 78900 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→32.45 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	8365	5 %
R_work	0.176	-	-
obs	0.178	78900	96.1 %
all	-	78900	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.42 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.4376 Å²	-3.9868 Å²	-1.5183 Å²
2-	-	2.1092 Å²	1.044 Å²
3-	-	-	0.3284 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10297	0	16	1541	11854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	10549
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.64	14287
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.47	3775
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.151	1612
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1810

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6416-1.6602	0.3388	194	0.3088	3805	X-RAY DIFFRACTION	69
1.6602-1.6797	0.3181	288	0.2994	5251	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6797-1.7002	0.3299	300	0.2791	5215	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7002-1.7217	0.2868	246	0.259	5278	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7217-1.7444	0.2962	282	0.2517	5264	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7444-1.7683	0.292	272	0.2395	5332	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7683-1.7936	0.2679	302	0.2258	5205	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7936-1.8203	0.2645	301	0.2117	5331	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8203-1.8488	0.2638	268	0.2126	5266	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8488-1.8791	0.2573	262	0.1971	5323	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8791-1.9115	0.2373	285	0.1928	5315	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9115-1.9462	0.2585	295	0.1896	5307	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9462-1.9836	0.2201	264	0.1758	5253	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9836-2.0241	0.2315	312	0.1736	5378	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0241-2.0681	0.2144	247	0.1756	5320	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0681-2.1162	0.2182	310	0.1781	5289	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1162-2.1692	0.2055	266	0.1707	5414	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1692-2.2278	0.2124	292	0.1691	5326	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2278-2.2933	0.212	257	0.1806	5351	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2933-2.3673	0.1902	308	0.1712	5374	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3673-2.4519	0.2019	308	0.1712	5394	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4519-2.55	0.2014	281	0.1693	5371	X-RAY DIFFRACTION	98
2.55-2.666	0.2127	293	0.1726	5339	X-RAY DIFFRACTION	98
2.666-2.8065	0.2309	279	0.1783	5486	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8065-2.9823	0.1867	249	0.1674	5398	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9823-3.2123	0.2049	256	0.171	5458	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2123-3.5352	0.1837	298	0.1626	5429	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5352-4.046	0.1632	280	0.1495	5430	X-RAY DIFFRACTION	98
4.046-5.0943	0.1561	285	0.1333	5484	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0943-32.461	0.2105	285	0.1884	5402	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0816	0.8565	-0.7448	0.6927	-0.0788	2.1213	-0.0992	0.2281	0.3898	-0.0312	0.1692	0.0453	-0.1824	-0.1245	-0.0715	0.1524	0.0052	-0.0161	0.1578	-0.0001	0.1923	-10.764	48.153	67.4107
2	1.0534	0.2497	0.3219	0.8894	-0.5	0.4767	0.0424	-0.286	-0.1575	0.1933	0.0121	-0.0003	-0.039	0.0889	-0.0236	0.1389	0.0082	0.0065	0.1459	-0.0037	0.1535	-8.8801	43.8073	79.2284
3	0.1856	-0.0497	-0.1669	0.0105	0.0697	0.5812	-0.0772	-0.0126	-0.0358	-0.1	-0.0421	0.1666	0.0039	-0.0272	-0.2557	0.2213	-0.0151	0.0342	0.2646	0.0438	0.1443	-15.2366	36.1377	86.5905
4	1.4748	1.0575	-0.2383	3.5014	-0.5634	0.2757	0.279	-0.5334	-0.2675	0.7762	-0.4813	-0.2502	-0.0092	0.2329	-0.0858	0.2003	-0.0075	-0.0374	0.28	0.0742	0.1716	-4.797	38.55	85.5009
5	0.6724	1.0198	0.2054	2.3511	-0.0828	1.347	-0.1821	-0.0435	-0.6228	-0.0902	0.1166	-0.174	0.4056	0.366	0.0636	0.1682	0.0427	0.0464	0.1697	-0.0029	0.2086	-8.1856	33.2075	71.6083
6	0.3758	0.4564	0.1775	1.013	-0.2986	0.4042	-0.0525	-0.1316	-0.0964	0.0395	-0.001	-0.1832	-0.0326	0.077	-0.1412	0.1445	0.0168	-0.014	0.204	-0.0439	0.1704	-3.9725	52.9083	72.6982
7	0.3488	-0.6288	0.1199	1.1368	-0.0483	0.0779	0.0725	-0.6461	0.1008	0.3432	-0.0785	-0.0236	-0.0762	-0.1281	0.0378	0.2697	-0.1325	-0.0326	0.4417	-0.0042	0.1708	-2.6279	58.1657	81.3565
8	0.2337	-0.5073	0.6245	1.437	-1.2375	1.7533	0.0833	-0.4349	0.3506	0.4082	-0.4411	-0.2622	-0.4015	0.4285	0.0854	0.2221	-0.0826	-0.036	0.4036	0.0369	0.2459	0.3702	58.2367	82.5857
9	1.0942	0.0698	-0.3152	1.5553	-0.1651	0.7697	-0.0099	0.1963	0.1259	-0.0188	0.0196	-0.1792	-0.0924	0.104	-0.2142	0.099	-0.0144	0.0206	0.1885	-0.0135	0.1333	-4.4446	54.2151	73.0702
10	1.9091	0.4579	-0.506	1.4792	-0.3044	2.0377	0.2373	-0.1998	0.2454	0.5496	-0.1998	-0.2026	-0.2751	0.3106	-0.0074	0.1862	-0.0222	-0.0004	0.2009	-0.0011	0.1891	-2.8134	58.6975	81.9644
11	0.8307	0.6233	0.2033	1.0031	-0.3845	0.5709	0.0107	-0.0805	0.0281	0.0972	-0.0471	-0.0666	0.0523	-0.0368	-0.0108	0.0486	0.0203	-0.008	0.061	-0.0055	0.0571	16.036	36.8304	26.6095
12	0.3867	0.1155	0.1035	0.244	0.0854	0.0719	0.2202	-0.4469	0.335	0.518	-0.3691	0.3351	-0.0297	-0.2488	-0.0068	0.2257	-0.0017	0.0178	0.2797	-0.0529	0.2364	9.7031	41.7301	35.255
13	1.3443	1.0366	-0.4057	1.1426	-0.1761	0.2249	-0.2309	0.1312	0.621	-0.1867	0.2064	0.0544	-0.4586	-0.2973	-0.0895	0.1731	0.0477	-0.0588	0.1341	-0.0007	0.2043	13.1087	47.0716	21.3683
14	0.1713	0.3276	0.0049	0.4888	0.0464	-0.0185	-0.055	-0.1141	0.1221	-0.0394	0.0455	0.1379	0.0774	-0.1019	-0.0001	0.1503	0.0044	-0.0035	0.2192	0.0562	0.1865	8.8953	27.393	22.4556
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59	1.5208	0.2474	0.2471	0.7015	-0.1229	1.4056	-0.0589	0.3848	-0.2017	-0.1883	0.0928	0.1016	0.0556	0.1439	-0.0219	0.1758	-0.0077	-0.0347	0.1832	-0.0202	0.1541	27.6865	37.0077	55.0736
60	0.6047	-0.3171	0.615	0.4856	-0.0692	0.6331	0.0669	0.0014	-0.0604	0.0174	-0.0012	0.0929	0.0171	0.0096	0.0001	0.1233	0.0104	0.0006	0.0978	-0.0127	0.1384	6.72	79.2713	66.0853
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66	0.9448	0.327	-0.1017	0.9271	0.0596	0.9381	0.0632	0.4167	-0.1948	-0.164	-0.0067	0.1277	0.1689	0.2652	0.0604	0.1831	0.026	-0.0681	0.2002	-0.0377	0.1577	10.6598	69.4173	55.2779

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -3:12)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 13:31)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 32:43)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 44:60)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 61:70)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 71:93)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 94:112)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 113:121)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 122:160)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 161:174)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq -3:43)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 44:60)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 61:70)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 71:93)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 94:112)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 113:121)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 122:160)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 161:174)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 0:43)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 44:59)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 60:69)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resseq 70:93)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resseq 94:112)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resseq 113:121)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resseq 122:173)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq -1:31)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resseq 32:43)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 44:60)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resseq 61:70)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resseq 71:85)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resseq 86:96)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resseq 97:112)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resseq 113:121)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resseq 122:149)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resseq 150:160)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resseq 161:173)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resseq 0:41)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resseq 42:52)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resseq 53:69)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resseq 70:93)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resseq 94:111)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resseq 112:121)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resseq 122:149)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resseq 150:174)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resseq -2:12)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resseq 13:43)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resseq 44:60)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resseq 61:70)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resseq 71:85)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resseq 86:96)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resseq 97:112)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resseq 113:121)
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55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'F' and (resseq 161:173)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'G' and (resseq 0:43)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'G' and (resseq 44:69)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'G' and (resseq 70:111)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'G' and (resseq 112:174)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'H' and (resseq -1:43)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'H' and (resseq 44:59)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'H' and (resseq 60:69)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'H' and (resseq 70:93)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'H' and (resseq 94:111)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'H' and (resseq 112:121)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'H' and (resseq 122:173)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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