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万見
- PDB-4ine: Crystal structure of N-methyl transferase (PMT-2) from Caenorhabd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ine
タイトルCrystal structure of N-methyl transferase (PMT-2) from Caenorhabditis elegant complexed with S-adenosyl homocysteine and phosphoethanolamine
要素Protein PMT-2
キーワードTRANSFERASE / methyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidyl-N-methylethanolamine N-methyltransferase activity / phosphoethanolamine N-methyltransferase activity / phosphoethanolamine N-methyltransferase / N-methyltransferase activity / phosphatidylcholine biosynthetic process / methylation
類似検索 - 分子機能
Phosphoethanolamine N-methyltransferase 2, N-terminal / Phosphoethanolamine N-methyltransferase 2 N-terminal / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Phosphoethanolamine N-methyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Lukk, T. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of N-methyl transferase (PMT-2) from Caenorhabditis elegant complexed with S-adenosyl homocysteine and phosphoethanolamine
著者: Lukk, T. / Nair, S.K.
履歴
登録2013年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein PMT-2
B: Protein PMT-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6298
ポリマ－103,4222
非ポリマー1,2076
水19,5641086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area33350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.131, 68.011, 74.742
Angle α, β, γ (deg.)107.18, 96.30, 106.51
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Protein PMT-2


分子量: 51710.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: pmt-2 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q22993
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-OPE / PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / COLAMINE PHOSPHORIC ACID


分子量: 141.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H8NO4P
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1086 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SPECIFIC CLONE IS AN ISOFORM OF THE SEQUENCE OF UNP ENTRY Q22993. RESIDUES LYS 89 AND ASN 93 ...THE SPECIFIC CLONE IS AN ISOFORM OF THE SEQUENCE OF UNP ENTRY Q22993. RESIDUES LYS 89 AND ASN 93 ARE LINKED TOGETHER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution was at 15 mg/mL containing 20 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 10 mM EDTA and 10 mM bME, 5 mM SAH, 5 mM phosphoethanolamine. Mother liqueur contained 0.04 M potassium phosphate ...詳細: Protein solution was at 15 mg/mL containing 20 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 10 mM EDTA and 10 mM bME, 5 mM SAH, 5 mM phosphoethanolamine. Mother liqueur contained 0.04 M potassium phosphate (monobasic), 16% PEG 8,000 and 20% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 282K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月3日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 172409 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3UJB

3ujb


解像度: 1.45→29.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU B: 1.059 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.0713 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 7671 5 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.172 152982 85.7 %-
all-178550 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20.01 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6914 0 76 1086 8076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.027239
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2871.9529802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7465878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.60224.578367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.391151242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4551540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 186 -
Rwork0.221 3471 -
obs--27.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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