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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4im9 | ||||||
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タイトル | Cystal structure of DnaG primase C-terminal domain from Vibrio cholerae | ||||||
![]() | DNA primase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / helicase-primase complex / DNA replication / Hair pin helix / helicase binding | ||||||
機能・相同性 | DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Abdul Rehman, S.A. / Tarique, K.F. / Gourinath, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cystal structure of DnaG primase C-terminal domain from Vibrio cholerae 著者: Abdul Rehman, S.A. / Tarique, K.F. / Gourinath, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17706.951 Da / 分子数: 3 / 断片: Primase C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: C3LX44, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.97 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), 0.2 M MgCl2, 30% W/v PEG 3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月21日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→66.326 Å / Num. all: 25083 / Num. obs: 25046 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1189 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.888 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3683 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.46→66.326 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.457→2.52 Å / Total num. of bins used: 20
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