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- PDB-4im8: low resolution crystal structure of mouse RAGE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4im8
タイトルlow resolution crystal structure of mouse RAGE
要素Advanced glycation end-products receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / heparan sulfate
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of signaling / advanced glycation end-product binding / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of signaling / glucose mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of T cell mediated cytotoxicity ...positive regulation of signaling / advanced glycation end-product binding / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of signaling / glucose mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of DNA-templated DNA replication / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of dendritic cell differentiation / regulation of p38MAPK cascade / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / transcytosis / astrocyte development / induction of positive chemotaxis / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding / positive regulation of p38MAPK cascade / regulation of long-term synaptic potentiation / protein localization to membrane / regulation of spontaneous synaptic transmission / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of activated T cell proliferation / response to amyloid-beta / negative regulation of long-term synaptic potentiation / phagocytosis / phagocytic cup / transport across blood-brain barrier / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-12 production / astrocyte activation / negative regulation of cell migration / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interleukin-6 production / fibrillar center / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell junction / signaling receptor activity / heparin binding / amyloid-beta binding / regulation of inflammatory response / histone binding / learning or memory / response to hypoxia / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / inflammatory response / external side of plasma membrane / protein-containing complex binding / cell surface / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Advanced glycosylation end product-specific receptor / Advanced glycosylation end product-specific receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.503 Å
データ登録者Xu, D. / Young, J.H. / Krahn, J.M. / Song, D. / Corbett, K.D. / Chazin, W.J. / Pedersen, L.C. / Esko, J.D.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Stable RAGE-Heparan Sulfate Complexes Are Essential for Signal Transduction.
著者: Xu, D. / Young, J.H. / Krahn, J.M. / Song, D. / Corbett, K.D. / Chazin, W.J. / Pedersen, L.C. / Esko, J.D.
履歴
登録2013年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22014年2月26日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Advanced glycation end-products receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9261
ポリマ－22,9261
非ポリマー00
水00
1
A: Advanced glycation end-products receptor
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,5586
ポリマ－137,5586
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation14_444-y-1/4,-x-1/4,-z-1/41
crystal symmetry operation19_444-x-1/4,-z-1/4,-y-1/41
crystal symmetry operation24_444-z-1/4,-y-1/4,-x-1/41
2
A: Advanced glycation end-products receptor

A: Advanced glycation end-products receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8532
ポリマ－45,8532
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation24_444-z-1/4,-y-1/4,-x-1/41
3
A: Advanced glycation end-products receptor
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,5586
ポリマ－137,5586
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
crystal symmetry operation13_455y-1/4,x+1/4,-z+1/41
crystal symmetry operation18_445-x-3/4,z-1/4,y+1/41
crystal symmetry operation24_444-z-1/4,-y-1/4,-x-1/41
Buried area12580 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area60670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.810, 115.810, 115.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 Advanced glycation end-products receptor / Advanced glycosylation end product-specific receptor / Advanced glycosylation end product-specific ...Advanced glycosylation end product-specific receptor / Advanced glycosylation end product-specific receptor / isoform CRA_b / RAGE


分子量: 22926.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ager, RAGE, mCG_5497 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O35444, UniProt: Q62151*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 200mM MgCl2 and 22% PEG 400. Protein was purified on gel filtration in the presence of excess dodecasaccharide heparan sulfate that caused a shift in the elution profile ...詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 200mM MgCl2 and 22% PEG 400. Protein was purified on gel filtration in the presence of excess dodecasaccharide heparan sulfate that caused a shift in the elution profile from monomer to hexamer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月4日
放射モノクロメーター: Sagitally Focused Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 3672 / Num. obs: 3672 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 48106 / Observed criterion σ(I): 48106 / 冗長度: 13.1 % / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 12.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 348 / Rsym value: 0.702 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CJJ

3cjj


解像度: 3.503→23.162 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3361 183 5.02 %Random
Rwork0.2583 ---
all0.26 3672 --
obs0.2624 3645 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.503→23.162 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1357 0 0 0 1357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161398
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7561925
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.539462
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006251
精密化 TLS

S33: 0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0210.0255-0.02660.0090.00220.0064-0.14190.15840.11530.21430.1218-0.2786-0.26380.05640.64270.05210.09460.632-0.10440.7777-20.3967-9.33385.5377
20.0147-0.04010.01010.0278-0.0155-0.0459-0.6585-0.1030.15320.1024-0.3448-0.1986-0.14460.0282-1.46651.42830.7834-0.5211-0.3493-0.1114-23.9844-44.148822.2305
30.0010.0021-0.00310.00450.01050.0108-0.1022-0.0236-0.0290.0036-0.1865-0.0210.00240.06961.00280.2348-0.25631.12880.10821.1686-8.8986-20.603824.7423
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 22:117)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 118:214)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 215:228)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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