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- PDB-4ilv: Structure of the dioxygenase domain of SACTE_2871, a novel dioxyg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ilv
タイトルStructure of the dioxygenase domain of SACTE_2871, a novel dioxygenase carbohydrate-binding protein fusion from the cellulolytic bacterium Streptomyces sp. SirexAA-E
要素Intradiol ring-cleavage dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / iron center / intradiol dioxygenase / carbohydrate binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / ferric iron binding / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding module family 5/12 / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 ...Carbohydrate-binding module family 5/12 / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Intradiol ring-cleavage dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. SirexAA-E (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Bergeman, L.F. / Harmann, C.H. / Fox, B.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Fusion of Dioxygenase and Lignin-binding Domains in a Novel Secreted Enzyme from Cellulolytic Streptomyces sp. SirexAA-E.
著者: Bianchetti, C.M. / Harmann, C.H. / Takasuka, T.E. / Hura, G.L. / Dyer, K. / Fox, B.G.
履歴
登録2013年1月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22013年7月10日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intradiol ring-cleavage dioxygenase
B: Intradiol ring-cleavage dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1087
ポリマ－51,8102
非ポリマー2985
水3,567198
1
A: Intradiol ring-cleavage dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0854
ポリマ－25,9051
非ポリマー1803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Intradiol ring-cleavage dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0233
ポリマ－25,9051
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.463, 62.463, 195.997
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Intradiol ring-cleavage dioxygenase


分子量: 25904.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. SirexAA-E (バクテリア)
遺伝子: SACTE_2871 / プラスミド: PVP68K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2NEL6
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein Solution (10 mg/ml protein, 0.05 M NaCl, 0.010 M MOPS pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (16% Polyethylene glycol 3350, 200mM Sodium Malonate, 100mM Bis-Tris pH 5.5). ...詳細: Protein Solution (10 mg/ml protein, 0.05 M NaCl, 0.010 M MOPS pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (16% Polyethylene glycol 3350, 200mM Sodium Malonate, 100mM Bis-Tris pH 5.5). Cryoprotected with 16% Polyethylene glycol 3350, 200mM Sodium Malonate, 15% ethylene glycol, 100mM Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月17日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→100 Å / Num. obs: 24673 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 0.705 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.06-2.18.20.73611710.617195.7
2.1-2.139.10.6711770.629197.4
2.13-2.179.40.66111930.64197.7
2.17-2.229.80.55812150.665198.1
2.22-2.279.90.45811640.662197.3
2.27-2.329.90.38912290.664198.2
2.32-2.389.90.31711830.658198.3
2.38-2.449.90.31312180.675198.5
2.44-2.519.80.26212290.712198.3
2.51-2.69.80.23912170.736198.7
2.6-2.699.80.18612150.8198.5
2.69-2.89.70.15312270.854198.7
2.8-2.929.70.11512250.953198.8
2.92-3.089.70.08812340.892198.8
3.08-3.279.60.07212620.813199
3.27-3.529.60.05612480.806199
3.52-3.889.60.04912680.751198.8
3.88-4.449.40.04512750.732199
4.44-5.599.30.03313060.485198.9
5.59-1008.40.03114170.315198.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→32.807 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2371 1232 5.01 %
Rwork0.1833 --
obs0.1859 24608 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.81 Å2 / Biso mean: 39.4823 Å2 / Biso min: 15.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→32.807 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2373 0 14 198 2585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0943405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006453
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.665899
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.06-2.14110.29941340.23292481261597
2.1411-2.23850.30541320.21852513264597
2.2385-2.35650.26031330.19862522265598
2.3565-2.5040.26221370.20252574271198
2.504-2.69730.27851340.21192560269499
2.6973-2.96860.24581370.20172604274199
2.9686-3.39780.23881360.19282625276199
3.3978-4.27930.23021390.16622656279599
4.2793-32.81110.19711500.16042841299199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.80491.2659-0.62088.55170.97057.06210.2211-0.2128-0.52290.3658-0.41390.20340.8404-0.7340.14790.2161-0.0041-0.07980.4003-0.01170.366575.79982.759628.416
25.0352-2.1368-0.47282.3162-2.90747.274-0.0796-0.40030.63290.39070.1147-0.1921-0.76630.3903-0.05030.1817-0.0159-0.03670.208-0.05170.254390.641712.665130.959
32.8389-0.40661.93021.4618-0.66873.68760.1560.655-0.3512-0.3129-0.22770.3746-0.0833-0.74780.04220.20140.0744-0.07520.4849-0.03590.313677.02047.663813.923
42.1943-0.37710.66252.45230.08183.64520.1950.0794-0.0862-0.0126-0.12620.1990.2733-0.2114-0.10930.13560.0186-0.02880.2158-0.03730.178282.39334.332228.6753
52.0898-0.01770.23453.5091-0.74830.69940.15350.15340.0083-0.05930.1192-0.23260.46330.3633-0.05530.40280.0765-0.15890.2397-0.12220.270690.2041-4.182623.5527
68.94653.50686.61343.9242.39657.12160.2095-0.2516-0.3857-0.1358-0.02580.0551-0.0064-0.1062-0.22860.23550.1014-0.03230.4935-0.03020.212585.92085.073318.0788
75.38460.80854.07482.36130.1453.26350.41441.49340.4115-0.4109-0.0517-0.07480.46841.2021-0.34470.53280.171-0.11420.5820.06170.4113106.9656-6.602438.1771
80.54330.22580.60460.09830.2540.67040.4898-0.2215-0.5930.14940.0073-0.17360.787-0.21120.26140.6288-0.1644-0.22470.24440.12140.429194.3295-14.416256.2516
91.1451-0.07950.56570.81360.0130.28210.5610.0459-0.5774-0.0694-0.08740.03970.8153-0.1169-0.08470.7118-0.0296-0.2670.2397-0.00040.405697.3497-13.308750.7877
102.78110.7340.72632.7324-0.22940.25880.51620.4997-0.8854-0.5594-0.1497-0.36640.6070.24080.34080.67350.1636-0.19280.2058-0.09980.4411104.7115-14.008247.0085
110.56280.44980.7031.9432.15164.49930.21720.0398-0.208-0.0566-0.0902-0.1482-0.1532-0.0587-0.12320.3979-0.0394-0.03620.20090.03570.246398.89212.147549.9523
128.7629-3.8834-3.96986.42463.54577.28260.70840.087-0.2526-0.1553-0.4214-0.0340.315-0.3075-0.19580.47460.0283-0.20730.2890.02450.35194.9022-8.149942.8884
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 77:96 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 97:113 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 114:130 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 131:198 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 199:215 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 216:231 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 74:83 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 84:113 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 114:172 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 173:191 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 192:215 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 216:230 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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