PDB-4ilt: Structure of the dioxygenase domain of SACTE_2871, a novel dioxyg...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ilt

タイトル

Structure of the dioxygenase domain of SACTE_2871, a novel dioxygenase carbohydrate-binding protein fusion from the cellulolytic bacterium Streptomyces sp. SirexAA-E

要素

Intradiol ring-cleavage dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / iron center / intradiol dioxygenase / carbohydrate binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / ferric iron binding / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. SirexAA-E (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Bergeman, L.F. / Harmann, C.H. / Fox, B.G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Fusion of Dioxygenase and Lignin-binding Domains in a Novel Secreted Enzyme from Cellulolytic Streptomyces sp. SirexAA-E.
著者: Bianchetti, C.M. / Harmann, C.H. / Takasuka, T.E. / Hura, G.L. / Dyer, K. / Fox, B.G.

履歴

登録	2012年12月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ilt.cif.gz	127.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ilt.ent.gz	104.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ilt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ilt_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ilt_full_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示
XML形式データ	4ilt_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	4ilt_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4ilt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4ilt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ilvC 4ily 4im1 PDB 未公開エントリ 4im4 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ilv-1 2pd8-1 1z0a-1 2sfa-d 4ilv-2 2pdr-2 2qz2-d 1eyd-d 2eyl-d 4igx-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Intradiol ring-cleavage dioxygenase

B: Intradiol ring-cleavage dioxygenase

C: Intradiol ring-cleavage dioxygenase

D: Intradiol ring-cleavage dioxygenase

ヘテロ分子

67.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Intradiol ring-cleavage dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Intradiol ring-cleavage dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Intradiol ring-cleavage dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Intradiol ring-cleavage dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.192, 85.125, 70.264
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.530, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Intradiol ring-cleavage dioxygenase 分子量: 16694.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. SirexAA-E (バクテリア) 遺伝子: SACTE_2871 / プラスミド: PVP68K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2NEL6
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 18% Polyethylene glycol 3350, 5mM CoCl2, 5mM NiCl2, 5mM CdCl2, 5mM MnCl2, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月8日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 8.92 / 数: 69135 / R_merge(I) obs: 0.155 / Χ²: 1.02 / D res high: 2.55 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 18549 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.92	50	99.8	1	0.066	1.135	3.6
5.49	6.92	100	1	0.088	1.038	3.8
4.8	5.49	100	1	0.097	1.286	3.8
4.36	4.8	100	1	0.096	1.2	3.8
4.05	4.36	100	1	0.099	1.185	3.8
3.81	4.05	100	1	0.116	1.23	3.8
3.62	3.81	100	1	0.134	1.176	3.8
3.46	3.62	100	1	0.156	1.203	3.8
3.33	3.46	100	1	0.171	1.174	3.8
3.21	3.33	100	1	0.196	1.194	3.7
3.11	3.21	100	1	0.217	1.05	3.7
3.02	3.11	100	1	0.263	1.025	3.7
2.94	3.02	100	1	0.315	0.956	3.7
2.87	2.94	99.8	1	0.319	0.94	3.7
2.81	2.87	100	1	0.358	0.814	3.7
2.75	2.81	100	1	0.496	0.806	3.7
2.69	2.75	100	1	0.504	0.794	3.7
2.64	2.69	100	1	0.552	0.733	3.7
2.59	2.64	100	1	0.646	0.745	3.7
2.55	2.59	99.2	1	0.651	0.738	3.6

反射

解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 18549 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.155 / Χ²: 1.025 / Net I/σ(I): 4.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.55-2.59	3.6	0.651	909	0.738	1	99.2
2.59-2.64	3.7	0.646	914	0.745	1	100
2.64-2.69	3.7	0.552	927	0.733	1	100
2.69-2.75	3.7	0.504	907	0.794	1	100
2.75-2.81	3.7	0.496	949	0.806	1	100
2.81-2.87	3.7	0.358	930	0.814	1	100
2.87-2.94	3.7	0.319	903	0.94	1	99.8
2.94-3.02	3.7	0.315	928	0.956	1	100
3.02-3.11	3.7	0.263	916	1.025	1	100
3.11-3.21	3.7	0.217	923	1.05	1	100
3.21-3.33	3.7	0.196	933	1.194	1	100
3.33-3.46	3.8	0.171	924	1.174	1	100
3.46-3.62	3.8	0.156	913	1.203	1	100
3.62-3.81	3.8	0.134	944	1.176	1	100
3.81-4.05	3.8	0.116	933	1.23	1	100
4.05-4.36	3.8	0.099	919	1.185	1	100
4.36-4.8	3.8	0.096	935	1.2	1	100
4.8-5.49	3.8	0.097	936	1.286	1	100
5.49-6.92	3.8	0.088	946	1.038	1	100
6.92-50	3.6	0.066	960	1.135	1	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.55 Å	42.56 Å
Translation	2.55 Å	42.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→42.562 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2681	930	5.02 %
R_work	0.2033	-	-
obs	0.2066	18519	98.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.4 Å² / B_iso mean: 36.7184 Å² / B_iso min: 16.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→42.562 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4695	0	6	198	4899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4845
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.301	6621
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	717
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	885
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.893	1747

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.55-2.6895	0.3396	124	0.2557	2278	2402	90
2.6895-2.858	0.3753	132	0.257	2524	2656	100
2.858-3.0786	0.3213	136	0.2443	2560	2696	100
3.0786-3.3883	0.2815	132	0.2224	2527	2659	100
3.3883-3.8783	0.2828	135	0.1951	2550	2685	100
3.8783-4.8851	0.2263	134	0.1689	2554	2688	100
4.8851-42.5684	0.2054	137	0.1809	2596	2733	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)