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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ils
タイトルCrystal structure of engineered protein. northeast structural genomics Consortium target or117
要素Engineered protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / MBH enzyme design
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Lew, S. / Nivon, L. / Baker, D. / Bjelic, S. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. ...Seetharaman, J. / Lew, S. / Nivon, L. / Baker, D. / Bjelic, S. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of engineered protein. northeast structural genomics Consortium target or117
著者: Seetharaman, J. / Lew, S. / Nivon, L. / Baker, D. / Bjelic, S. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2012年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Engineered protein
B: Engineered protein
C: Engineered protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,4553
ポリマ－131,4553
非ポリマー00
水4,882271
1
A: Engineered protein

A: Engineered protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6362
ポリマ－87,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area5450 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area28370 Å2
手法PISA
2
B: Engineered protein
C: Engineered protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6362
ポリマ－87,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area27640 Å2
手法PISA
3
A: Engineered protein

A: Engineered protein

B: Engineered protein
C: Engineered protein

B: Engineered protein
C: Engineered protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,9096
ポリマ－262,9096
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation7_456y-1,x,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_466y-1,x+1,-z+11
Buried area20650 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area79110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.852, 112.852, 232.186
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-476-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 381 / Label seq-ID: 2 - 381

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Engineered protein


分子量: 43818.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b+ / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10724*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6
詳細: 2.88M Potassium acetate (KC2H3O2), 0.1 M MES pH 6, Microbatch under oil method, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 52922 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3UW6

3uw6


解像度: 2.5→49.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 8.851 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.406 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26473 2674 5.1 %RANDOM
Rwork0.21817 ---
obs0.22057 49981 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.834 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.77 Å20 Å2-0 Å2
2---1.77 Å20 Å2
3---3.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8233 0 0 271 8504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0198439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.94911443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45551021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76522.558387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.848151394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8961574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A3610.13
12B3610.13
21A3570.14
22C3570.14
31B3580.1
32C3580.1
LS精密化 シェル解像度: 2.497→2.562 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 199 -
Rwork0.273 3554 -
obs--97.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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