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- PDB-4ilo: 2.12A resolution structure of CT398 from Chlamydia trachomatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ilo
タイトル2.12A resolution structure of CT398 from Chlamydia trachomatis
要素CT398
キーワードUNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / DNA/RNA binding / coiled-coil / Zn ribbon domain / structural proteomics
機能・相同性
機能・相同性情報


C4-type zinc ribbon domain / : / : / C4-type zinc ribbon domain / CT398-like coiled coil hairpin domain / Helix Hairpins - #1490 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / zf-RING_7 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Hefty, P.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.12A resolution structure of CT398 from Chlamydia trachomatis
著者: Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Hefty, P.S.
履歴
登録2012年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CT398
B: CT398
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9435
ポリマ－59,7502
非ポリマー1933
水3,549197
1
A: CT398
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0033
ポリマ－29,8751
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CT398
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9402
ポリマ－29,8751
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: CT398
B: CT398
ヘテロ分子

A: CT398
B: CT398
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,88610
ポリマ－119,5004
非ポリマー3866
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area9120 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area52490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.345, 92.634, 82.652
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

HOH

21A-503-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CT398


分子量: 29875.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
株: 434/Bu / ATCC VR-902B / 遺伝子: CTL0655 / プラスミド: pTBSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0B7W8, UniProt: A0A0H3MH91*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.0, 15% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.283 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→82.255 Å / Num. all: 37617 / Num. obs: 36767 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 30.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2973 / Rsym value: 0.595 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1112精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JDirectorデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.12→41.128 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.7934 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1829 5.01 %RANDOM
Rwork0.2012 ---
obs0.2032 36746 93.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.9 Å2 / Biso mean: 31.4771 Å2 / Biso min: 4.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→41.128 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3755 0 6 197 3958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123805
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1135100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006674
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1641495
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.12-2.14910.35361270.31282684281195
2.1491-2.17980.33921680.30092589275794
2.1798-2.21230.34411280.29592721284995
2.2123-2.24690.31811270.29492608273593
2.2469-2.28370.33331360.28782572270892
2.2837-2.32310.32561170.27292463258089
2.3231-2.36530.30581250.25132419254485
2.3653-2.41080.30991490.25042559270893
2.4108-2.460.28331410.24452733287494
2.46-2.51350.25381370.22632459259690
2.5135-2.5720.23961200.21642676279694
2.572-2.63630.32341310.22132688281995
2.6363-2.70760.25621040.21822683278795
2.7076-2.78720.25651360.22082723285995
2.7872-2.87720.24321390.21172659279896
2.8772-2.980.25071540.21732691284596
2.98-3.09920.24631620.22352683284596
3.0992-3.24020.26591600.22122600276094
3.2402-3.4110.25051360.20732534267090
3.411-3.62460.22641350.1872735287097
3.6246-3.90420.24861580.16552639279794
3.9042-4.29680.18811700.16062737290798
4.2968-4.91760.20521320.14362738287096
4.9176-6.19230.1991320.18832575270792
6.1923-41.13540.15751480.14662694284295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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