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万見
- PDB-4ikm: X-ray structure of CARD8 CARD domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ikm
タイトルX-ray structure of CARD8 CARD domain
要素Maltose-binding periplasmic protein, Caspase recruitment domain-containing protein 8
キーワードSIGNALING PROTEIN / Death fold superfamily / six-helix bundle / inflammasome / apoptosis / innate immune system / signal transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


CARD8 inflammasome complex assembly / CARD8 inflammasome complex / NACHT domain binding / Formation of apoptosome / CARD domain binding / self proteolysis / NLRP3 inflammasome complex / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity ...CARD8 inflammasome complex assembly / CARD8 inflammasome complex / NACHT domain binding / Formation of apoptosome / CARD domain binding / self proteolysis / NLRP3 inflammasome complex / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / Regulation of the apoptosome activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / negative regulation of interleukin-1 beta production / pattern recognition receptor activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / activation of innate immune response / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / intrinsic apoptotic signaling pathway / antiviral innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell chemotaxis / molecular condensate scaffold activity / protein destabilization / positive regulation of inflammatory response / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of apoptotic process / defense response to virus / periplasmic space / inflammatory response / DNA damage response / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
FIIND domain / Function to find / UPA-FIIND domain / FIIND domain profile. / : / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain ...FIIND domain / Function to find / UPA-FIIND domain / FIIND domain profile. / : / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / IODIDE ION / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Caspase recruitment domain-containing protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4606 Å
データ登録者Jin, T. / Huang, M. / Smith, P. / Jiang, J. / Xiao, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: The structure of the CARD8 caspase-recruitment domain suggests its association with the FIIND domain and procaspases through adjacent surfaces.
著者: Jin, T. / Huang, M. / Smith, P. / Jiang, J. / Xiao, T.S.
履歴
登録2012年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein, Caspase recruitment domain-containing protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0886
ポリマ－53,3681
非ポリマー7205
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.877, 94.877, 219.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein, Caspase recruitment domain-containing protein 8 / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Apoptotic protein NDPP1 / CARD-inhibitor of NF-kappa-B- ...MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Apoptotic protein NDPP1 / CARD-inhibitor of NF-kappa-B-activating ligand / CARDINAL / DACAR / Tumor up-regulated CARD-containing antagonist of CASP9 / TUCAN


分子量: 53368.055 Da / 分子数: 1 / 断片: MBP tagged human CARD8 CARD domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K12
遺伝子: b4034, CARD8, TUCAN, CARDINAL, JW3994, malE, KIAA0955, NDPP1
プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q9Y2G2
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 16% PEG8000, 0.1 M NaI, 0.1 M NaAc, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 21995 / Num. obs: 21951 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 18.2 % / Rmerge(I) obs: 0.945 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1217)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VD8

3vd8


解像度: 2.4606→47.438 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 1121 5.12 %
Rwork0.2007 --
obs0.2032 21881 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4606→47.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3601 0 33 69 3703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043706
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8535033
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5861343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004649
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4606-2.57260.371440.28592443X-RAY DIFFRACTION96
2.5726-2.70820.33791410.26062543X-RAY DIFFRACTION100
2.7082-2.87790.29721410.24172548X-RAY DIFFRACTION100
2.8779-3.10010.28551400.24032555X-RAY DIFFRACTION100
3.1001-3.4120.27061420.21622582X-RAY DIFFRACTION100
3.412-3.90550.28091380.18862614X-RAY DIFFRACTION100
3.9055-4.91970.19911440.16762648X-RAY DIFFRACTION100
4.9197-47.44730.24081310.19822827X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8538-4.08791.48029.78680.0745.5406-0.1107-0.0562-1.175-0.80140.489-0.42470.7249-0.21-0.29910.557-0.13940.27360.62950.03020.92533.3915-54.1861-0.7869
23.2509-0.898-0.21515.39410.11232.8044-0.21670.609-0.0013-0.71460.3009-0.0615-0.1726-0.2153-0.08130.5223-0.1290.15080.60590.14090.5155-0.6181-32.6164-3.8111
33.4275-1.99991.27635.97740.68293.9627-0.61220.1362-0.0490.26320.32050.55430.3059-0.47210.28120.4260.00380.09430.5770.17150.6639-3.3901-27.01863.0953
43.2551-0.11341.5755.4574-5.60116.96990.338-0.24550.87550.5682-0.31-0.4824-0.6356-0.24890.02650.78370.14770.21240.61480.07160.8813-5.4126-30.795728.1006
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 315 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 316 through 357 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 358 through 463 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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