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- PDB-4ijz: Crystal structure of diaminopimelate epimerase from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ijz
タイトルCrystal structure of diaminopimelate epimerase from Escherichia coli
要素Diaminopimelate epimerase
キーワードISOMERASE / DAP epimerase-like
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate epimerase / diaminopimelate epimerase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / enzyme activator activity / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate epimerase, active site / Diaminopimelate epimerase signature. / Diaminopimelate epimerase, DapF / Diaminopimelate epimerase / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Diaminopimelate epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hor, L. / Dobson, R.C.J. / Hutton, C.A. / Perugini, M.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Dimerization of bacterial diaminopimelate epimerase is essential for catalysis
著者: Hor, L. / Dobson, R.C.J. / Downton, M.T. / Wagner, J. / Hutton, C.A. / Perugini, M.A.
履歴
登録2012年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22013年4月17日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diaminopimelate epimerase
B: Diaminopimelate epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3355
ポリマ－62,1492
非ポリマー1863
水9,296516
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area24010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.380, 89.380, 179.618
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Diaminopimelate epimerase / DAP epimerase


分子量: 31074.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dapF / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6K1, diaminopimelate epimerase
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.38 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Sodium nitrate, PEG 3350, Bis-Tris propane, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→179.618 Å / Num. all: 47663 / Num. obs: 47663 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.114.30.3850.3392.22901266830.1780.3850.3394.293.7
2.11-2.244.60.2730.2423.13042766210.1230.2730.2425.997.6
2.24-2.394.60.1960.1744.32843261860.0880.1960.1747.897.1
2.39-2.584.60.1480.1315.62658857990.0660.1480.1319.997.4
2.58-2.834.60.1160.1037.12445853590.0520.1160.10312.397.6
2.83-3.164.50.0810.0729.72207848570.0360.0810.07216.597.4
3.16-3.654.50.0590.05211.91933042860.0260.0590.0522297
3.65-4.474.50.0540.04812.61623636050.0240.0540.04825.395.3
4.47-6.324.40.0490.04312.61196627260.0220.0490.04326.992.5
6.32-44.694.70.0460.04112.1723315410.020.0460.04128.789.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→43.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.1989 / WRfactor Rwork: 0.1598 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8826 / SU B: 5.897 / SU ML: 0.085 / SU R Cruickshank DPI: 0.1434 / SU Rfree: 0.1358 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2029 1949 4.1 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.1646 47638 95.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.29 Å2 / Biso mean: 25.5703 Å2 / Biso min: 10.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.16 Å2-0 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4244 0 12 516 4772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.641.955960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5185561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.11823.196219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.09615711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6011544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213446
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 145 -
Rwork0.215 2889 -
all-3034 -
obs--88.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6149-0.3876-0.22811.06570.71010.7388-0.0521-0.05820.02940.05090.0669-0.03950.08040.029-0.01480.050.0273-0.00480.05030.00020.05279.028-9.653310.153
21.8036-1.31820.61981.8121-0.79340.4084-0.0935-0.0968-0.074-0.04830.04840.0485-0.0023-0.0180.04510.02870.0184-0.01510.06310.00590.077634.1466-15.706316.2901
32.4766-1.62022.30452.8168-2.43452.6354-0.2073-0.04370.2443-0.23370.17820.22090.0017-0.1030.02910.1098-0.0075-0.09620.10660.00770.12148.2921-6.796-1.0399
40.7209-0.0724-0.00960.38160.40420.4652-0.01020.0122-0.0658-0.08310.015-0.0199-0.08-0.0138-0.00470.08410.01050.01370.0462-0.00930.04847.2161-9.4398-21.4323
51.366-1.2535-1.04411.60060.92410.8691-0.0673-0.11570.14780.17410.1408-0.17290.10220.1066-0.07360.07910.03020.00840.0515-0.03270.062115.8216-34.5036-27.5011
60.4406-0.1943-0.05981.63891.42931.2974-0.01390.0126-0.04630.067-0.07460.09270.0484-0.06860.08850.05750.00560.02190.0329-0.01580.03663.8611-24.7342-24.1872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2A112 - 261
3X-RAY DIFFRACTION3A262 - 274
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5B113 - 228
6X-RAY DIFFRACTION6B229 - 275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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