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- PDB-4ijk: Crystal structure of a putative 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein]r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ijk
タイトルCrystal structure of a putative 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein]reductase from Helicobacter pylori 26695
要素3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (FabG)
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / short chain dehydrogenase / FabG / beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Hou, J. / Osinski, T. / Zheng, H. / Shumilin, I. / Shabalin, I.G. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein]reductase from Helicobacter pylori 26695
著者: Hou, J. / Osinski, T. / Zheng, H. / Shumilin, I. / Shabalin, I.G. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (FabG)
B: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (FabG)
C: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (FabG)
D: 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (FabG)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,7975
ポリマ－117,7744
非ポリマー231
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12270 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area31540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.168, 114.642, 69.501
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETTYRTYRAA1 - 24625 - 270
21METMETTYRTYRBB1 - 24625 - 270
12METMETMETMETAA1 - 24725 - 271
22METMETMETMETCC1 - 24725 - 271
13ALAALATYRTYRAA0 - 24624 - 270
23ALAALATYRTYRDD0 - 24624 - 270
14METMETTYRTYRBB1 - 24625 - 270
24METMETTYRTYRCC1 - 24625 - 270
15METMETTYRTYRBB1 - 24625 - 270
25METMETTYRTYRDD1 - 24625 - 270
16METMETTYRTYRCC1 - 24625 - 270
26METMETTYRTYRDD1 - 24625 - 270

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (FabG)


分子量: 29443.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: HP0561, HP_0561 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: O25286, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M sodium fluoride, 22.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 33838 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.54→2.58 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1632 / % possible all: 97.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OSU

3osu


解像度: 2.54→46.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 21.697 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.056 / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2723 1606 5.1 %RANDOM
Rwork0.2347 ---
obs0.2366 31612 92.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.8 Å2 / Biso mean: 27.2763 Å2 / Biso min: 6.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.71 Å2-0 Å20 Å2
2--3.02 Å20 Å2
3----1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→46.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6787 0 1 94 6882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196888
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.026648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.9519283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.184315206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9635921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.45324.943261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.59151163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0091526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21091
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021529
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A126450.08
12B126450.08
21A133120.07
22C133120.07
31A125940.07
32D125940.07
41B127770.09
42C127770.09
51B125590.08
52D125590.08
61C127490.09
62D127490.09
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.608 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 70 -
Rwork0.26 1337 -
all-1407 -
obs--57.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.08031.7597-3.51112.4864-0.05769.19150.0747-0.18930.19940.18070.1198-0.0454-0.00130.6124-0.19450.0980.0215-0.05550.0529-0.04720.2025-10.96122.714-3.692
20.65210.026-0.21010.07230.15390.72040.0101-0.05110.0875-0.020.0385-0.02560.15140.1725-0.04860.17850.0324-0.02460.0416-0.0160.1879-10.83615.308-14.378
30.2565-0.2408-0.02092.8912-0.64480.91320.08380.0161-0.021-0.06160.09730.09650.00930.044-0.18110.1702-0.0147-0.0060.0168-0.00950.1487-22.1925.387-11.533
41.1818-0.57050.15081.4230.28540.3553-0.0648-0.06470.0503-0.11910.0290.12170.12130.07610.03590.25470.0513-0.01550.043-0.03050.1223-32.6745.539-46.769
50.3485-0.35551.3971.7042-3.14768.25950.1150.0565-0.0186-0.07170.03160.01720.58410.0064-0.14670.25030.0026-0.02730.04370.00210.1521-21.9496.132-29.209
60.2697-0.11510.21091.1097-0.19660.1785-0.01320.0518-0.02190.02510.03130.0534-0.03760.0336-0.01810.21190.0113-0.00180.0136-0.00840.1539-35.22315.984-33.057
70.63420.06870.45370.0596-0.09021.2146-0.0334-0.04390.0535-0.0411-0.02180.0735-0.0656-0.01640.05520.16760.0352-0.03850.0112-0.02470.2161-57.51635.233-30.993
80.0056-0.0167-0.02070.8444-0.06010.16550.01760.00610.00470.0497-0.01250.1399-0.0434-0.0188-0.00510.1723-0.0008-0.01570.0345-0.0170.1845-46.78529.152-25.225
91.0587-0.0863-0.6910.9949-0.34410.68-0.01930.0085-0.0689-0.12760.0073-0.0465-0.0262-0.00910.0120.23930.0079-0.02350.0012-0.01170.1471-40.69327.225-34.913
101.3331-0.76340.56261.32821.03793.29030.04-0.1374-0.0880.1797-0.00370.12070.0972-0.0544-0.03640.2421-0.01310.04950.06080.02730.133-34.44738.1479.856
110.68970.19330.46260.07370.20860.8803-0.078-0.0479-0.0072-0.0153-0.010.0108-0.08-0.10560.08810.1964-0.00120.01650.0313-0.0050.1653-41.07738.282-6.125
121.81630.6538-1.14532.2392-0.78880.8556-0.0345-0.07740.01240.10280.14490.1508-0.06260.0243-0.11040.2115-0.0206-0.02820.02330.02140.1863-30.6425.571-3.404
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2A30 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3A165 - 247
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 90
5X-RAY DIFFRACTION5B91 - 129
6X-RAY DIFFRACTION6B130 - 246
7X-RAY DIFFRACTION7C1 - 130
8X-RAY DIFFRACTION8C131 - 205
9X-RAY DIFFRACTION9C206 - 247
10X-RAY DIFFRACTION10D0 - 58
11X-RAY DIFFRACTION11D59 - 207
12X-RAY DIFFRACTION12D208 - 246

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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