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万見
- PDB-4ija: Structure of S. aureus methicillin resistance factor MecR2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ija
タイトルStructure of S. aureus methicillin resistance factor MecR2
要素XylR protein
キーワードPROTEIN BINDING / ROK family protein
機能・相同性
機能・相同性情報


D-xylose metabolic process / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
ROK family signature. / ROK family / ROK family / MarR family / MarR-type HTH domain / ATPase, nucleotide binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A ...ROK family signature. / ROK family / ROK family / MarR family / MarR-type HTH domain / ATPase, nucleotide binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / XylR protein / XylR protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Arede, P. / Botelho, T. / Guevara, T. / Uson, I. / Oliveira, D.C. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure-Function Studies of the Staphylococcal Methicillin Resistance Antirepressor MecR2.
著者: Arede, P. / Botelho, T. / Guevara, T. / Uson, I. / Oliveira, D.C. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2012年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XylR protein
B: XylR protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,99213
ポリマ－90,1882
非ポリマー80411
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area32020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.470, 73.220, 157.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 XylR protein


分子量: 45094.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: HU25 / 遺伝子: mecR2, SA0041, xylR / プラスミド: pCri8a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99XE2, UniProt: A0A0H3JS71*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Crystals suitable for structure analysis were obtained at 5.4mg/ml protein concentration in 20 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, pH7.4 by using 0.2M NaCl, 20% PEG 1000, 0.1M KH2PO4/Na2HPO4, pH6.2 as ...詳細: Crystals suitable for structure analysis were obtained at 5.4mg/ml protein concentration in 20 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, pH7.4 by using 0.2M NaCl, 20% PEG 1000, 0.1M KH2PO4/Na2HPO4, pH6.2 as reservoir solution. Crystals were cryo-protected with reservoir solution supplemented with 30% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.22 Å / Num. all: 45671 / Num. obs: 45488 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 32.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.716 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→49.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9461 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2294 762 1.68 %RANDOM
Rwork0.1904 ---
all0.191 46195 --
obs0.191 45433 --
原子変位パラメータBiso mean: 49.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.252 Å20 Å20 Å2
2--3.6788 Å20 Å2
3---3.5732 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.314 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5813 0 45 278 6136
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2835SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes191HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes814HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5939HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion802SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7174SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5939HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8019HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.07
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2634 56 1.71 %
Rwork0.2115 3228 -
all0.2124 3284 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20531.4599-0.15183.2698-0.49313.99290.03380.1450.2059-0.06180.16870.0584-0.54510.0691-0.20240.1926-0.00540.0242-0.11430.02530.072527.915874.769127.4258
21.81110.26310.0742.0335-0.1122.30950.0668-0.32960.11020.496-0.08630.3902-0.064-0.18730.01950.17060.01420.124-0.0685-0.01780.050715.099354.852945.8083
31.3791-0.13740.23161.4999-0.10561.282-0.04030.0139-0.11510.13910.07290.07450.216-0.0993-0.03270.0738-0.01620.0409-0.12730.0316-0.013818.010133.559428.0105
41.86160.376-1.31343.00880.22511.68650.01820.08520.19050.0176-0.01480.18320.0531-0.1389-0.00340.0365-0.0051-0.0047-0.11250.007-0.015821.738956.253533.7564
53.1113-2.3948-0.7229.33673.49672.9540.0556-0.04370.510.2520.1638-0.0432-0.2797-0.16-0.21940.1503-0.0478-0.2237-0.22360.09450.37811.858175.32662.4487
62.2527-0.66051.91651.6669-0.96112.38390.06610.55330.2078-0.2265-0.2069-0.09420.18360.54460.14080.0480.0229-0.01910.13010.11950.02319.606949.1328-10.1819
72.5169-0.85231.32081.7388-1.19882.5150.2163-0.2065-0.4589-0.26340.17610.57460.5782-0.5536-0.39240.1572-0.1563-0.1070.08250.12860.2118-0.922435.043210.9355
82.4845-1.4463-1.36724.5938-3.08081.8736-0.0783-0.15870.25740.38280.0234-0.1038-0.1824-0.08070.05490.0774-0.0005-0.12470.05130.07860.07152.722555.91580.5159
90.5607-0.01740.06540.7443-0.23960.88480.02770.07230.10680.04350.03130.1330.0488-0.0176-0.05910.09490.00170.0441-0.04440.03220.121817.604348.602122.7248
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|-1 - 51 A|59 - 68}A-1 - 51
2X-RAY DIFFRACTION1{A|-1 - 51 A|59 - 68}A59 - 68
3X-RAY DIFFRACTION2{A|69 - 151 A|159 - 177}A69 - 151
4X-RAY DIFFRACTION2{A|69 - 151 A|159 - 177}A159 - 177
5X-RAY DIFFRACTION3{A|178 - 345}A178 - 345
6X-RAY DIFFRACTION4{A|346 - 376}A346 - 376
7X-RAY DIFFRACTION5{B|3 - 50 B|64 - 68}B3 - 50
8X-RAY DIFFRACTION5{B|3 - 50 B|64 - 68}B64 - 68
9X-RAY DIFFRACTION6{B|69 - 177}B69 - 177
10X-RAY DIFFRACTION7{B|178 - 345}B178 - 345
11X-RAY DIFFRACTION8{B|346 - 376}B346 - 376
12X-RAY DIFFRACTION9{A|501 - 793 B|401 - 585}A501 - 793
13X-RAY DIFFRACTION9{A|501 - 793 B|401 - 585}B401 - 585

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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