PDB-4iiq: Crystal structure of a human MAIT TCR in complex with bovine MR1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iiq

タイトル

Crystal structure of a human MAIT TCR in complex with bovine MR1

要素

Beta-2-microglobulin, MHC class I-related protein
Human Mucosal Associated Invariant T cell receptor alpha chain
Human Mucosal Associated Invariant T cell receptor beta chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MHC-class I / Immunoglobulin domain / Antigen presentation / Antigen recognition / Cell Membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / alpha-beta T cell receptor complex / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.86 Å

データ登録者

Lopez-Sagaseta, J. / Adams, E.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: The molecular basis for Mucosal-Associated Invariant T cell recognition of MR1 proteins.
著者: Lopez-Sagaseta, J. / Dulberger, C.L. / Crooks, J.E. / Parks, C.D. / Luoma, A.M. / McFedries, A. / Van Rhijn, I. / Saghatelian, A. / Adams, E.J.

履歴

登録	2012年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月1日	Group: Database references
改定 1.2	2013年5月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月23日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iiq.cif.gz	329.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iiq.ent.gz	279.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iiq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4iiq_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4iiq_full_validation.pdf.gz	470.7 KB	表示
XML形式データ	4iiq_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	4iiq_validation.cif.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/4iiq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/4iiq	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6puk-1 6pui-2 6puj-1 5nht-d 7byd-1 3qdj-d 4pj8-d 4l3e-d 5jhd-2 6bj8-d 3vxu-2 6avf-d 2ian-1 6dkp-d 6pvd-1 5nmf-2 2ian-4 6p64-2 5nmf-1 6puc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (7) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (4) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (4) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (5) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (4) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (4) #204 - 2016年12月 PD-1 (PD-1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (7)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (4)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (4)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (5)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (4)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (4)
#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Human Mucosal Associated Invariant T cell receptor alpha chain

B: Human Mucosal Associated Invariant T cell receptor beta chain

C: Beta-2-microglobulin, MHC class I-related protein

ヘテロ分子

96.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.045, 87.410, 156.372
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Human Mucosal Associated Invariant T cell receptor alpha chain 分子量: 22851.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q6P4G7*PLUS
#2: タンパク質	Human Mucosal Associated Invariant T cell receptor beta chain 分子量: 28291.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: Pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)pLysS / 参照: UniProt: P01850*PLUS
#3: タンパク質	Beta-2-microglobulin, MHC class I-related protein 分子量: 45423.613 Da / 分子数: 1 Fragment: UNP C1ITJ8 residues 19-295, UNP P01888 residues 21-118 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fusion Protein / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: MR1, Bt.63045 / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C1ITJ8, UniProt: P01888
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Hepes, 1.5 M Ammonium Sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月9日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 26556 / Num. obs: 26556 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 69.38 Å² / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 14.63
反射シェル	解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / R_sym value: 0.681 / % possible all: 97.57

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.86→44.769 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2705	1336	5.03 %
R_work	0.2134	-	-
obs	0.2162	26550	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.9625 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.86→44.769 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6285	0	15	7	6307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6478
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.754	8812
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.058	2273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	931
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1147

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.86-2.9618	0.4055	113	0.3369	2414	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9618-3.0804	0.3357	134	0.2893	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0804-3.2205	0.3424	145	0.2676	2477	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2205-3.3903	0.3144	124	0.2382	2513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3903-3.6026	0.2918	132	0.2172	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6026-3.8806	0.2519	152	0.2093	2493	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8806-4.2708	0.2476	133	0.1908	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2708-4.8882	0.2191	135	0.1502	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8882-6.1561	0.2241	157	0.1829	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1561-44.769	0.2542	111	0.2064	2690	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5278	1.1372	0.8582	6.7177	-1.6855	4.4651	0.0608	-0.068	0.2817	0.2714	0.1857	0.2186	-0.2691	0.0477	-0.2142	0.3787	-0.0077	-0.1157	0.3511	0.0088	0.4004	28.3644	18.5894	33.9529
2	3.2137	1.6733	1.9758	5.136	0.0265	5.9945	-0.0833	0.1738	-0.0754	-0.1204	-0.1805	-0.1528	-1.2651	-0.1259	0.1962	0.6244	-0.0472	0.0399	0.63	-0.1104	0.4705	24.5659	46.5901	17.2691
3	0.3098	0.4179	0.7746	3.2129	1.2998	1.9001	0.3803	-0.8968	-0.5984	-0.0898	-0.0253	0.0227	0.5733	0.4476	-0.3081	0.5112	0.1475	-0.045	0.851	-0.0283	0.5719	25.4746	38.5206	16.6252
4	8.3731	6.1792	5.0519	7.667	4.4036	6.191	-0.411	-0.7666	1.0645	-0.6999	-0.4964	0.4338	-0.9652	-0.5695	0.9095	0.8241	0.0115	-0.0046	0.5626	-0.1063	0.6159	20.6433	54.1513	18.1795
5	4.7253	-0.8576	1.9428	4.4974	-0.7258	3.5743	0.3521	0.1267	-0.9854	0.0631	0.0665	0.528	0.3823	-0.4792	-0.327	0.4187	-0.0753	-0.2102	0.5581	0.0977	0.7503	12.2707	8.2934	19.1446
6	2.05	-3.2982	2.5507	9.4983	-1.5936	7.0681	-0.2403	-0.2832	-0.4043	-0.2003	0.0153	0.3047	1.0498	-0.2967	0.0912	0.5269	0.0052	-0.1304	0.3914	0.0528	0.6524	25.1602	5.3989	24.5651
7	2.5816	0.495	-0.2774	5.1628	-1.5305	5.6073	0.4139	-0.1061	0.2587	0.1165	0.058	0.5537	-0.4883	-0.1669	-0.3353	0.5166	0.1958	0.0026	0.51	-0.1057	0.262	15.1287	37.2705	8.5231
8	6.176	2.7876	-0.4733	5.4887	-0.0517	5.0309	0.1148	-0.0628	-0.2046	-0.0852	0.0568	0.0309	-0.0954	0.0382	-0.2334	0.4643	0.0788	-0.1537	0.5104	0.0145	0.2975	17.1003	34.5662	5.3463
9	1.1368	-0.6009	0.1789	0.9382	0.0289	1.3179	0.3273	-0.5645	-0.1442	0.5481	0.1289	0.3301	0.5202	-0.6252	-0.2679	1.2621	-0.2219	0.4548	0.5218	0.245	0.6364	19.2771	-36.0593	51.9331
10	1.9938	0.0381	-0.0032	2.4981	0.1595	1.1168	-0.2825	0.1056	-0.1062	-0.0585	0.3004	0.3887	1.0452	-0.8652	0.0187	0.8293	-0.2892	0.0036	0.6566	0.099	0.477	20.1919	-35.3578	42.8208
11	0.7875	0.0729	0.1981	1.1965	0.0795	0.0785	-0.3283	0.1225	0.1338	0.4237	0.134	0.3724	1.1384	-0.3362	0.0005	0.8718	-0.0898	0.1016	0.5164	0.134	0.4138	24.3218	-24.7369	46.7354
12	2.5718	-0.2522	0.01	3.0262	-0.3549	1.8327	-0.1745	-0.0241	-0.214	-0.5607	0.1705	0.5001	0.2161	-0.2193	0.0193	0.4579	-0.1432	-0.0896	0.4414	0.1311	0.4428	22.7238	-13.4345	36.1614
13	2.5085	1.2098	-0.115	3.2583	-0.9596	1.3437	-0.517	0.3398	0.2244	-0.6511	-0.0155	-0.5291	0.3001	0.2655	-0.0126	0.3761	-0.0267	-0.0307	0.5293	0.1135	0.5379	40.7985	-11.6827	36.6025
14	0.2397	-0.5337	-0.2006	2.3917	-0.3409	1.6464	-0.1228	0.1241	0.3672	0.0111	0.1652	0.0323	0.1075	-0.2207	0.0343	0.3167	-0.0802	-0.045	0.4573	0.0954	0.4551	28.6221	-5.3565	44.5933
15	2.5876	-2.0944	0.6211	3.3651	-1.0854	1.7449	0.2625	0.1963	-0.3064	-0.8893	-0.1838	-0.2277	0.5893	0.0633	0.0023	0.8603	0.1099	0.1325	0.5085	0.0592	0.4125	26.4609	-34.7705	64.7296
16	0.8099	0.1743	-0.1702	0.9523	0.1902	2.3197	0.1401	0.1901	0.063	-0.4173	-0.1899	-0.1686	0.549	0.3567	-0.0099	0.7246	0.2034	0.1859	0.5846	0.0328	0.4356	30.7368	-35.1557	66.3276

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 103 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 104 through 150 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 151 through 170 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 171 through 201 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 94 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 95 through 109 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 110 through 140 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 141 through 244 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 22 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 23 through 89 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 90 through 125 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 126 through 227 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 228 through 248 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 249 through 295 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 296 through 329 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 330 through 385 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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