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万見
- PDB-4iik: Legionella pneumophila effector -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iik
タイトルLegionella pneumophila effector
要素Adenosine monophosphate-protein hydrolase SidD
キーワードHYDROLASE / Beta sandwich / de-AMPylation / rab1 / legionella containing vacuole surface
機能・相同性
機能・相同性情報


protein deadenylylation / protein adenylylhydrolase activity / protein adenylylation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / regulation of GTPase activity / small GTPase binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphatase 2c; domain 1 - #20 / : / : / SidD, catalytic domain / SidD, C-terminal / Phosphatase 2c; domain 1 / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenosine monophosphate-protein hydrolase SidD
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Tascon, I. / Chen, Y. / Neunuebel, M.R. / Rojas, A.L. / Machner, M.P. / Hierro, A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Rab1 De-AMPylation by the Legionella pneumophila Effector SidD
著者: Chen, Y. / Tascon, I. / Neunuebel, M.R. / Pallara, C. / Brady, J. / Kinch, L.N. / Fernandez-Recio, J. / Rojas, A.L. / Machner, M.P. / Hierro, A.
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Data collection
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine monophosphate-protein hydrolase SidD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,95219
ポリマ－36,1661
非ポリマー78618
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.250, 71.520, 88.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Adenosine monophosphate-protein hydrolase SidD / De-AMPylase SidD / DeAMPylase SidD / Adenylyl-[Rab1] hydrolase


分子量: 36165.891 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 37-350 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: sidD, lpg2465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5ZSQ2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 1.6M NaCl, 0.1M Na Acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→55.54 Å / Num. obs: 50486 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27.135 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.6-1.70.7430.5752.145595615529149670.67196.4
1.7-1.820.4730.3773.375682314568145540.43899.9
1.82-1.960.2620.2115.825227313565135510.24599.9
1.96-2.150.1380.1210.054862512547125330.1499.9
2.15-2.40.0820.08154487311309112990.09299.9
2.4-2.760.0570.05620.0238150998599710.06699.9
2.76-3.360.0340.03829.7533024846584440.04499.8
3.36-4.690.020.02642.4124308659365670.0399.6
4.690.0180.02345.7514447387438110.02798.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→55.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.1598 / WRfactor Rwork: 0.1179 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8976 / SU B: 2.908 / SU ML: 0.045 / SU R Cruickshank DPI: 0.0696 / SU Rfree: 0.0663 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1677 2555 5.1 %RANDOM
Rwork0.1211 47744 --
obs0.1235 50299 98.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 106.7 Å2 / Biso mean: 26.5628 Å2 / Biso min: 8.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.73 Å2-0 Å20 Å2
2---1.51 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→55.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2405 0 33 269 2707
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.022570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0621.973490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.455338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94325.397126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.53815472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7441511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211938
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.21632570
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free41.6425100
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded19.87252694
LS精密化 シェル解像度: 1.601→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 140 -
Rwork0.226 2865 -
all-3005 -
obs--85.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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