PDB-4ihg: Chasing Acyl Carrier Protein Through a Catalytic Cycle of Lipid A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ihg

タイトル

Chasing Acyl Carrier Protein Through a Catalytic Cycle of Lipid A Production

要素

Acyl carrier protein
UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/LIPID BINDING PROTEIN / Left Handed Beta Helix / LpxD / acyltransferase / Lipid A / Protein-Protein complex / ACP Recognition Domain / ACP mediated product release / TRANSFERASE-LIPID BINDING PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-3-O-(R-3-hydroxymyristoyl)-glucosamine N-acyltransferase activity / UDP-3-O-(3-hydroxyacyl)glucosamine N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / response to antibiotic / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Masoudi, A. / Raetz, C.R.H. / Pemble, C.W.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Chasing acyl carrier protein through a catalytic cycle of lipid A production.
著者: Masoudi, A. / Raetz, C.R. / Zhou, P. / Pemble, C.W.

履歴

登録	2012年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月20日	Group: Database references
改定 1.2	2014年1月22日	Group: Database references
改定 1.3	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

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類似構造データ	4ihf-2 4ihf-1 4ihh-2 4ihh-1 3ojy-d 6vk3-d 2fen-3 5e3v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase

B: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase

C: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase

D: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase

E: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase

F: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase

G: Acyl carrier protein

H: Acyl carrier protein

I: Acyl carrier protein

J: Acyl carrier protein

K: Acyl carrier protein

L: Acyl carrier protein

ヘテロ分子

279 kDa, 12 ポリマー
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1

A: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase

B: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase

C: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase

G: Acyl carrier protein

H: Acyl carrier protein

I: Acyl carrier protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
139 kDa, 6 ポリマー
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2

D: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase

E: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase

F: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase

J: Acyl carrier protein

K: Acyl carrier protein

L: Acyl carrier protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
139 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.180, 89.310, 111.933
Angle α, β, γ (deg.)	104.09, 92.58, 118.64
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase / UDP-3-O-(3-OHC14)-GlcN N-acyltransferase / Protein FirA / Rifampicin resistance protein 分子量: 36931.277 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lpxD, firA, omsA, b0179, JW0174 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)/pLysS 参照: UniProt: P21645, UDP-3-O-(3-hydroxyacyl)glucosamine N-acyltransferase
#2: タンパク質	Acyl carrier protein / ACP 分子量: 8870.685 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 'clone D i14' / 遺伝子: acpP, i14_1248 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: G7RM21
#3: 化合物	ChemComp-FTT / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / 3-HYDROXY-MYRISTIC ACID / (R)-3-ヒドロキシテトラデカン酸分子量: 244.370 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸分子量: 358.348 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₃N₂O₇PS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 20% PEG 8000, vapor diffusion, temperature 288K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.89→50 Å / Num. all: 60756 / Num. obs: 59734 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Χ²: 0.773 / Net I/σ(I): 6.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.9-2.95	3.7	0.19	2771	0.749	1	91.1
2.95-3	3.7	0.186	2868	0.733	1	94.5
3-3.06	3.8	0.182	2952	0.761	1	96.9
3.06-3.12	3.9	0.162	2970	0.737	1	98.1
3.12-3.19	3.9	0.162	3030	0.758	1	98.8
3.19-3.27	4	0.155	2975	0.766	1	98.8
3.27-3.35	4	0.137	2980	0.794	1	99
3.35-3.44	4	0.115	3017	0.764	1	99
3.44-3.54	4	0.109	3021	0.819	1	98.9
3.54-3.65	4	0.105	3005	0.836	1	99.2
3.65-3.78	4	0.094	2986	0.836	1	99
3.78-3.94	4	0.086	3010	0.865	1	99.2
3.94-4.11	4	0.078	3018	0.885	1	99.4
4.11-4.33	4	0.074	3023	0.862	1	99.3
4.33-4.6	4	0.063	3027	0.779	1	99.4
4.6-4.96	4	0.062	3039	0.772	1	99.5
4.96-5.46	4	0.072	3000	0.757	1	99.5
5.46-6.24	4	0.064	3056	0.708	1	99.7
6.24-7.86	4	0.049	3008	0.653	1	99.7
7.86-50	4	0.031	2978	0.611	1	97.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_1232	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.89→28.433 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.09 / FOM work R set: 0.8064 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 26.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2529	1899	3.3 %	Random automatically determined by Phenix
R_work	0.2042	-	-	-
obs	0.2059	57571	94.51 %	-
all	-	59470	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.31 Å² / B_iso mean: 49.4668 Å² / B_iso min: 17.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.89→28.433 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17319	0	262	143	17724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	17782
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.97	24070
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	2862
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3124
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.433	6542

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.89-2.9632	0.2834	110	0.2324	3327	3437	79
2.9632-3.0432	0.3009	143	0.2351	3707	3850	88
3.0432-3.1326	0.3397	113	0.2321	3858	3971	92
3.1326-3.2336	0.3079	146	0.2439	3923	4069	93
3.2336-3.349	0.3035	131	0.2345	3951	4082	94
3.349-3.4829	0.2537	135	0.2192	4036	4171	95
3.4829-3.6411	0.2697	138	0.2188	4045	4183	96
3.6411-3.8326	0.2736	136	0.2069	4109	4245	97
3.8326-4.0721	0.2235	145	0.1943	4073	4218	97
4.0721-4.3855	0.22	138	0.1773	4115	4253	98
4.3855-4.8249	0.217	138	0.1623	4101	4239	98
4.8249-5.5186	0.2426	141	0.1887	4161	4302	98
5.5186-6.9361	0.2396	144	0.2092	4135	4279	98
6.9361-28.4344	0.204	141	0.1862	4131	4272	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2337	1.7775	-0.0992	2.7878	0.1522	3.0116	0.0697	-0.1482	0.0748	-0.0751	-0.0664	-0.0055	-0.0967	-0.0224	0.0001	0.4283	-0.0553	-0.0326	0.2713	-0.0007	0.2728	-18.4152	4.2282	85.3402
2	0.4638	0.4179	-0.1044	0.5507	-0.0701	2.5265	0.0262	-0.0024	0.0145	0.1216	-0.07	0.0067	-0.2834	0.1828	0.0051	0.2349	0.008	0.0016	0.1955	0.0034	0.2803	-14.4075	17.5147	54.8766
3	0.3959	0.7906	0.4665	1.1044	0.4422	3.3958	0.1004	0.0138	-0.2118	-0.1031	0.0865	-0.0403	1.0282	-0.2857	0.0238	0.6581	-0.0006	-0.0146	0.2382	0.0075	0.3571	-22.3817	-14.7825	38.6122
4	1.3454	-0.0486	0.2454	0.7648	-0.2346	2.2175	-0.0205	-0.0014	0.0496	0.1075	-0.0824	0.0937	0.1115	-0.4924	-0.0083	0.2127	0.0018	0.0297	0.2777	-0.0193	0.2567	-29.9632	7.9846	55.9171
5	1.3434	0.7732	-0.4199	2.2776	-0.7722	2.5829	-0.0363	0.0707	0.2851	-0.1765	0.0553	-0.0481	-0.5121	0.4302	0.0017	0.308	-0.1086	0.0203	0.4739	-0.035	0.312	-1.9047	24.5228	31.7537
6	0.6927	-0.2615	0.3174	1.333	0.1016	2.0033	-0.0994	0.0046	0.0115	-0.0627	0.013	0.1683	0.0831	-0.2387	-0.0091	0.1937	-0.0139	-0.031	0.2476	-0.0017	0.2482	-26.7202	10.3097	38.0803
7	0.3991	0.2569	0.4645	1.5491	-0.0012	1.2452	-0.3408	0.5139	0.1593	-1.0181	0.2582	0.8708	-0.3584	-0.6129	0.1216	1.3163	-0.3155	-0.3534	0.7058	0.1046	0.5421	-43.6591	10.5158	-48.8387
8	0.5305	0.7939	0.003	1.7174	-0.7118	1.3097	-0.0692	0.169	-0.1393	-0.3354	0.1077	-0.1049	0.4247	-0.1415	0.0006	0.5157	-0.0955	-0.0054	0.3127	-0.0102	0.3191	-30.0966	-10.728	-21.2362
9	0.119	-0.0389	0.1452	0.1015	-0.082	0.3625	0.2921	-0.2191	-0.0009	-0.276	0.0716	0.3312	0.7169	-0.1947	0.0042	0.5293	-0.2243	-0.0874	0.5503	0.0158	0.5202	-48.5465	-6.3175	-17.484
10	0.1815	0.1661	0.1182	1.1287	-0.8699	0.7504	-0.0246	-0.1789	0.1638	0.0444	0.0353	0.5574	0.1527	-1.013	-0.0035	0.3558	-0.0967	-0.0066	0.9792	0.0481	0.5826	-58.1457	6.8128	-7.6461
11	0.1962	0.7059	-0.0317	1.414	-0.0376	3.194	0.1	-0.0177	0.0268	-0.0358	-0.0878	-0.1511	-0.8052	0.1904	-0.0018	0.3179	-0.0191	-0.015	0.3163	0.0257	0.3667	-15.2617	22.283	-4.7779
12	0.6656	0.2203	-0.0509	1.4608	-0.1274	1.4057	-0.0925	0.0254	0.1246	-0.2136	0.1259	0.3404	0.0303	-0.5578	0.0244	0.2769	-0.0129	-0.0609	0.4426	0.0494	0.3669	-41.1875	13.2243	-17.922
13	0.6652	1.5177	-0.2029	2.4679	-0.6969	0.865	0.1198	-0.23	-0.0829	0.1622	-0.0792	-0.1597	0.3957	-0.0715	0	0.6544	-0.0831	-0.0383	0.3698	-0.0015	0.3682	-35.7228	-27.4226	-0.6985
14	0.1387	0.4772	-0.2998	1.4097	-0.23	1.5596	0.0619	-0.074	-0.0455	0.1149	-0.0772	-0.1245	0.2166	-0.0227	-0	0.2893	-0.0114	-0.0379	0.2876	-0.003	0.2752	-23.3452	2.6623	-2.6984
15	0.7626	0.8541	-0.338	1.1627	-0.0701	0.9599	-0.0719	-0.1836	0.3433	0.2094	0.0113	0.6284	-0.1562	-1.0814	-0.0032	0.268	0.0986	0.0346	0.8258	-0.0054	0.5676	-54.7366	10.475	-1.367
16	0.0668	0.1141	-0.0999	0.2557	-0.3268	0.5951	-0.8656	0.3289	-0.9116	0.0724	-0.3347	0.3911	0.4013	0.1812	-0.0199	1.235	0.0549	0.2239	0.6773	-0.162	0.792	-58.3641	17.194	73.5259
17	0.5183	0.3134	-0.3304	0.2789	-0.1253	0.2014	-0.7523	-0.112	0.7208	0.4232	0.4055	-0.8437	0.1987	0.2744	-0.0068	0.8232	0.2502	0.1069	0.8904	-0.1691	0.8265	-48.4617	21.7223	68.8163
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19	0.0148	-0.0024	-0.0333	0.0079	0.0248	0.0727	0.3553	0.1451	-0.1414	-0.343	-0.101	0.4168	-0.2772	-0.0481	-0.0002	0.9471	-0.1474	-0.1971	1.3885	0.1286	0.9075	-59.5434	12.9594	27.5567
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25	0.0413	0.055	-0.0036	0.0501	0.002	0.016	0.6739	0.0811	0.3899	-0.4694	-0.5096	0.3114	-0.3463	-0.4808	0.0001	0.7459	0.0355	-0.0649	1.0681	-0.2457	1.2576	-71.9957	28.852	-25.6046
26	0.4518	-0.1356	0.0608	0.248	0.2837	0.3947	0.2819	-0.0504	0.2312	-0.3555	-0.3198	0.5352	-0.2327	-0.3893	0.0003	0.6595	0.1187	-0.0788	1.2006	-0.0545	0.9387	-68.8071	18.7691	-24.7655
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29	0.0361	-0.0114	-0.0122	0.0522	0.0334	0.0184	-0.5078	-0.6804	0.2098	0.6478	-0.2758	-0.0063	-0.1688	0.1037	0.0001	1.4035	0.0868	0.0669	0.9983	-0.193	0.9328	-45.374	30.1784	16.4919
30	0.0896	0.1312	-0.0081	0.1965	0.135	0.1319	-0.2903	0.099	0.1197	0.3542	0.0078	0.5494	-1.1689	-0.328	-0.0003	0.9859	0.2657	0.122	1.1536	-0.0496	0.9833	-57.3751	27.8534	7.3933
31	0.023	-0.0084	0.0243	0.005	-0.0126	0.0227	-0.1854	-0.0868	-0.1078	0.0652	-0.211	-0.0182	-0.3139	0.2015	-0	1.4809	0.1377	0.2007	0.8849	-0.1163	1.3666	-56.2329	36.5976	13.1313
32	-0.0009	0.002	-0.0051	-0.0013	-0.0032	-0.0025	0.3406	0.1616	-0.522	0.2945	0.1784	0.0829	-0.1114	-0.7334	0.0006	0.7398	-0.3811	0.0623	1.2935	0.029	0.8545	-64.0343	-3.615	0.64

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 65 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 334 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 169 )	B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 170 through 334 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 3 through 149 )	C
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 150 through 334 )	C
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 3 through 89 )	D
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 90 through 255 )	D
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 256 through 275 )	D
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 276 through 333 )	D
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 2 through 149 )	E
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 150 through 338 )	E
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'F' and (resid 3 through 109 )	F
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 110 through 275 )	F
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 276 through 333 )	F
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'G' and (resid 0 through 14 )	G
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'G' and (resid 15 through 55 )	G
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'G' and (resid 56 through 73 )	G
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'H' and (resid 3 through 15 )	H
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'H' and (resid 16 through 31 )	H
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'H' and (resid 32 through 55 )	H
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'H' and (resid 56 through 74 )	H
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'I' and (resid 6 through 14 )	I
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'I' and (resid 15 through 73 )	I
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'J' and (resid 0 through 15 )	J
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'J' and (resid 16 through 64 )	J
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'J' and (resid 65 through 74 )	J
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'K' and (resid 3 through 15 )	K
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'K' and (resid 16 through 31 )	K
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'K' and (resid 32 through 64 )	K
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'K' and (resid 65 through 71 )	K
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'L' and (resid 35 through 44 )	L

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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