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- PDB-4ihf: Chasing Acyl Carrier Protein Through a Catalytic Cycle of Lipid A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ihf
タイトルChasing Acyl Carrier Protein Through a Catalytic Cycle of Lipid A Production
要素
  • Acyl carrier protein
  • UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE/LIPID BINDING PROTEIN / Acyl Carrier Protein / Left Handed Beta Helix / LpxD / acyltransferase / Lipid A / Protein-Protein complex / ACP Recognition Domain / ACP mediated product release / TRANSFERASE-LIPID BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-(R-3-hydroxymyristoyl)-glucosamine N-acyltransferase activity / UDP-3-O-(3-hydroxyacyl)glucosamine N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / response to antibiotic / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase LpxD / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, non-repeat region / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, LpxD / MurE/MurF, N-terminal domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat ...UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase LpxD / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, non-repeat region / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, LpxD / MurE/MurF, N-terminal domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1F7 / : / UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Masoudi, A. / Raetz, C.R.H. / Pemble, C.W.
引用ジャーナル: Nature / : 2014
タイトル: Chasing acyl carrier protein through a catalytic cycle of lipid A production.
著者: Masoudi, A. / Raetz, C.R. / Zhou, P. / Pemble, C.W.
履歴
登録2012年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32014年1月29日Group: Database references
改定 1.42017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
B: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
C: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
D: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
E: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
F: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
G: Acyl carrier protein
H: Acyl carrier protein
I: Acyl carrier protein
J: Acyl carrier protein
K: Acyl carrier protein
L: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,98820
ポリマ-274,40912
非ポリマー3,5798
16,574920
1
D: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
E: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
F: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
G: Acyl carrier protein
H: Acyl carrier protein
K: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,99410
ポリマ-137,2056
非ポリマー1,7904
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24620 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area48700 Å2
手法PISA
2
A: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
B: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
C: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
I: Acyl carrier protein
J: Acyl carrier protein
L: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,99410
ポリマ-137,2056
非ポリマー1,7904
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24650 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area47830 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50840 Å2
ΔGint-348 kcal/mol
Surface area94950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.299, 89.441, 112.251
Angle α, β, γ (deg.)104.06, 92.40, 118.47
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase / UDP-3-O-(3-OHC14)-GlcN N-acyltransferase / Protein FirA / Rifampicin resistance protein


分子量: 36864.207 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : K12 / 遺伝子: lpxD, firA, omsA, b0179, JW0174 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: P21645, UDP-3-O-(3-hydroxyacyl)glucosamine N-acyltransferase
#2: タンパク質
Acyl carrier protein / ACP


分子量: 8870.685 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : 'clone D i14' / 遺伝子: acpP, i14_1248 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: G7RM21
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 化合物
ChemComp-1F7 / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] (3R)-3-hydroxytetradecanethioate


分子量: 584.703 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C25H49N2O9PS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 920 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 20% PEG 8000, vapor diffusion, temperature 288K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 157708 / Num. obs: 154031 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.143.10.402194.9
2.14-2.183.20.376196.2
2.18-2.223.30.354196.9
2.22-2.263.40.327197.1
2.26-2.313.40.288197.3
2.31-2.373.50.25197.5
2.37-2.423.60.234197.5
2.42-2.493.60.23197.7
2.49-2.563.70.208197.8
2.56-2.653.80.186198
2.65-2.743.80.169198
2.74-2.853.90.151198.2
2.85-2.983.90.128198.1
2.98-3.143.90.115198.4
3.14-3.333.90.103198.7
3.33-3.593.90.087198.6
3.59-3.953.80.077198.6
3.95-4.523.70.069197.8
4.52-5.73.80.068197.8
5.7-503.80.078198.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→43.38 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 22.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 1809 1.24 %
Rwork0.168 --
obs0.168 145543 91.2 %
all-147352 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.16 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.661 Å2-10.237 Å21.448 Å2
2--0.027 Å2-0.5609 Å2
3----4.6881 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18268 0 224 920 19412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00718712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0525342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6556914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0683012
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1036-2.16040.2558970.18948589X-RAY DIFFRACTION71
2.1604-2.2240.2451360.186110351X-RAY DIFFRACTION85
2.224-2.29580.24181440.182810603X-RAY DIFFRACTION88
2.2958-2.37780.22181340.173810784X-RAY DIFFRACTION89
2.3778-2.4730.22791220.171610986X-RAY DIFFRACTION90
2.473-2.58560.24521430.176811009X-RAY DIFFRACTION91
2.5856-2.72190.25751360.174511252X-RAY DIFFRACTION92
2.7219-2.89240.25461510.175911349X-RAY DIFFRACTION94
2.8924-3.11560.19441430.176611542X-RAY DIFFRACTION95
3.1156-3.42910.24561490.17511724X-RAY DIFFRACTION97
3.4291-3.9250.19431480.161211844X-RAY DIFFRACTION98
3.925-4.94390.17871500.137311822X-RAY DIFFRACTION97
4.9439-43.38550.21131560.173711879X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85620.45550.42761.7109-0.03081.53060.0584-0.03520.0260.0786-0.03790.0006-0.86040.2657-0.03140.5459-0.15740.02690.249-0.00870.178530.989414.5254-15.6579
20.52340.3627-0.0070.7056-0.10721.0801-0.0769-0.00740.0884-0.06710.05280.1062-0.1071-0.142-0.00280.11930.0323-0.02040.1871-0.00580.201114.3704-3.2502-42.1677
31.39920.43230.55011.4276-0.73682.0453-0.26270.22070.1386-0.5860.31070.3624-0.1639-0.2314-0.02040.5463-0.1235-0.13250.30120.04340.2965.3756-5.3606-71.9611
40.19540.33880.21410.8733-0.07420.8227-0.02060.04080.008-0.06750.02620.10420.1758-0.23680.01690.1554-0.0302-0.00770.237-0.01290.2069.1165-21.3081-39.8682
51.31480.7308-0.42042.02430.17031.92990.0674-0.2338-0.13250.3382-0.15620.03970.2859-0.12180.07670.4234-0.1406-0.01380.25240.02040.23637.8947-46.2667-21.4196
60.18460.18390.09540.8334-0.00330.9160.0469-0.039-0.02080.1954-0.06010.03960.0368-0.10390.00240.16890.00170.01490.2057-0.00940.194616.8147-11.7676-25.4781
71.72680.44580.23781.8261-0.30691.21240.04240.15050.49990.0764-0.04830.0663-0.4560.092-0.01160.5192-0.25670.06940.3061-0.0030.344345.10523.49378.1364
80.29440.17240.14620.6237-0.09881.1575-0.0720.06660.0137-0.0860.0692-0.01880.11160.00610.0070.16210.02150.0060.15520.00120.157127.3431-6.623414.5183
90.2730.51040.00040.9501-0.02971.40.06270.0327-0.2217-0.04720.15160.12340.826-0.60350.07920.6775-0.4707-0.04840.14110.03470.215313.7934-33.00224.6288
100.53970.28180.12350.5082-0.1771.2140.0686-0.0055-0.03680.0553-0.0542-0.02570.2348-0.0959-0.00640.15750.02890.0030.11170.00220.1524.8016-12.984132.0686
111.40240.2607-0.20192.1032-0.07892.1850.0713-0.1717-0.02430.3091-0.0872-0.0114-0.0720.12220.01830.2863-0.07-0.02330.21320.02580.166630.6284-9.497662.345
120.43450.3014-0.07070.5179-0.06971.1548-0.006-0.05980.03660.0693-0.0093-0.0057-0.17310.13070.02150.16440.008-0.00840.15120.00120.183533.76563.371729.201
137.6228-3.4784-2.94212.2310.79912.8717-0.09550.2152-0.6205-0.1914-0.0623-0.05580.3562-0.18390.05890.46340.04520.15150.3122-0.12280.4144-8.64231.317651.0725
141.3575-0.2261-1.68710.6875-0.38822.8792-0.0979-0.5954-0.52190.2668-0.01670.00980.5638-0.04180.03890.5880.13370.14890.57250.09350.44182.5907-2.573453.9261
159.3642-1.8851-2.29881.98130.26692.08350.11140.2827-0.04620.1122-0.22890.0749-0.0465-0.26850.05710.43410.10560.10610.4185-0.06090.3857-0.7436.74243.5111
160.4039-0.4876-0.66610.6320.86071.17150.0871-0.05810.4761-0.00810.2855-0.225-0.46940.3517-0.15640.4615-0.05580.16180.6141-0.1360.5798-1.890412.74252.3218
173.0531-3.1599-1.29714.49642.21361.1694-0.0489-0.1105-0.00030.17190.11620.0109-0.2862-0.22540.0380.77670.2493-0.03840.6894-0.15440.73412.569836.712725.3507
182.508-0.93971.86653.0646-2.89793.28570.0158-0.01850.10790.0689-0.1171-0.2168-0.13280.32570.10210.9236-0.02190.05320.6233-0.22731.242922.34935.917721.6311
192.02611.73260.14697.201-1.5521.28460.00720.26250.5207-0.28490.0348-0.4629-0.31780.13160.00940.60250.01610.14080.4163-0.0690.826419.863425.444716.8737
207.7567-3.7861-2.13717.59431.47474.19210.0268-0.29610.39030.38370.16520.2403-0.3239-0.1324-0.03760.54240.27530.05030.3999-0.020.66558.004726.10223.041
213.08240.1932-0.78371.8726-0.13251.3804-0.07150.3566-0.2845-0.18980.05420.35640.3738-0.16550.05430.89480.2421-0.0370.35340.05390.85565.918531.487315.2217
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resseq 2:89)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resseq 90:337)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 2:89)
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6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 90:338)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resseq 3:89)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resseq 90:338)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resseq 3:89)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resseq 90:338)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resseq 0:89)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resseq 90:338)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resseq 0:15)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resseq 16:35)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resseq 36:49)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resseq 50:75)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resseq 0:15)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resseq 16:25)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resseq 26:37)
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21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resseq 50:74)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'I' and (resseq 2:14)
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'I' and (resseq 15:27)
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'I' and (resseq 28:37)
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'I' and (resseq 38:49)
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'I' and (resseq 50:64)
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'I' and (resseq 65:74)
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'J' and (resseq 3:24)
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'J' and (resseq 25:37)
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'J' and (resseq 38:49)
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'J' and (resseq 50:72)
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'K' and (resseq 1:15)
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'K' and (resseq 16:25)
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'K' and (resseq 26:37)
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'K' and (resseq 38:55)
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'K' and (resseq 56:64)
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'K' and (resseq 65:76)
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'L' and (resseq 3:27)
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'L' and (resseq 28:49)
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'L' and (resseq 50:74)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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