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- PDB-4ih4: Crystal structure of Arabidopsis DWARF14 orthologue, AtD14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ih4
タイトルCrystal structure of Arabidopsis DWARF14 orthologue, AtD14
要素AT3g03990/T11I18_10
キーワードHYDROLASE / strigolactone receptor / alpha/beta hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to strigolactone / strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Strigolactone esterase D14
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhou, X.E. / Zhao, L.-H. / Wu, Z.-S. / Yi, W. / Li, S. / Li, Y. / Xu, Y. / Xu, T.-H. / Liu, Y. / Chen, R.-Z. ...Zhou, X.E. / Zhao, L.-H. / Wu, Z.-S. / Yi, W. / Li, S. / Li, Y. / Xu, Y. / Xu, T.-H. / Liu, Y. / Chen, R.-Z. / Kovach, A. / Kang, Y. / Hou, L. / He, Y. / Zhang, C. / Melcher, K. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of two phytohormone signal-transducing alpha / beta hydrolases: karrikin-signaling KAI2 and strigolactone-signaling DWARF14.
著者: Zhao, L.H. / Zhou, X.E. / Wu, Z.S. / Yi, W. / Xu, Y. / Li, S. / Xu, T.H. / Liu, Y. / Chen, R.Z. / Kovach, A. / Kang, Y. / Hou, L. / He, Y. / Xie, C. / Song, W. / Zhong, D. / Xu, Y. / Wang, Y. ...著者: Zhao, L.H. / Zhou, X.E. / Wu, Z.S. / Yi, W. / Xu, Y. / Li, S. / Xu, T.H. / Liu, Y. / Chen, R.Z. / Kovach, A. / Kang, Y. / Hou, L. / He, Y. / Xie, C. / Song, W. / Zhong, D. / Xu, Y. / Wang, Y. / Li, J. / Zhang, C. / Melcher, K. / Xu, H.E.
履歴
登録2012年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AT3g03990/T11I18_10
B: AT3g03990/T11I18_10
C: AT3g03990/T11I18_10
D: AT3g03990/T11I18_10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,6154
ポリマ－118,6154
非ポリマー00
水00
1
A: AT3g03990/T11I18_10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6541
ポリマ－29,6541
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AT3g03990/T11I18_10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6541
ポリマ－29,6541
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: AT3g03990/T11I18_10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6541
ポリマ－29,6541
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: AT3g03990/T11I18_10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6541
ポリマ－29,6541
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.856, 44.629, 160.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
AT3g03990/T11I18_10 / Alpha/beta-hydrolase domain-containing protein / T11I18.10 protein


分子量: 29653.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At3g03990, AtD14, T11I18.10 / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9SQR3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, MgCl2, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 12471 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.5-3.6240.55712351.082185.6
3.62-3.774.10.49412640.897185.2
3.77-3.9440.38112490.985185.2
3.94-4.154.10.26912600.986185.5
4.15-4.414.10.20712571.11185.3
4.41-4.754.10.18212211.07183.9
4.75-5.224.20.17612721.061184.5
5.22-5.974.20.17212341.004182.5
5.97-7.54.30.14512501.046182.3
7.5-304.10.06512291.181178.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IH1

4ih1


解像度: 3.5→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 1984
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3363 686 4.7 %
Rwork0.2785 --
all-14681 -
obs-9439 64.3 %
溶媒の処理Bsol: -7.122 Å2
原子変位パラメータBiso max: 84.56 Å2 / Biso mean: 37.0413 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.644 Å20 Å214.486 Å2
2---1.045 Å20 Å2
3----6.599 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8160 0 0 0 8160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.9262
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.5332
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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