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万見
- PDB-4ih3: 2.5 Angstroms X-ray crystal structure of of human 2-amino-3-carbo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ih3
タイトル2.5 Angstroms X-ray crystal structure of of human 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase in complex with dipicolinic acid
要素2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
キーワードLYASE / TIM-Barrel / Decarboxylation / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase / aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase activity / negative regulation of quinolinate biosynthetic process / picolinic acid biosynthetic process / regulation of 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / secondary metabolic process / tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / hydrolase activity / zinc ion binding ...aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase / aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase activity / negative regulation of quinolinate biosynthetic process / picolinic acid biosynthetic process / regulation of 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / secondary metabolic process / tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / hydrolase activity / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.493 Å
データ登録者Huo, L. / Liu, A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Human alpha-amino-beta-carboxymuconate-epsilon-semialdehyde decarboxylase (ACMSD): A structural and mechanistic unveiling.
著者: Huo, L. / Liu, F. / Iwaki, H. / Li, T. / Hasegawa, Y. / Liu, A.
履歴
登録2012年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22014年12月31日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
B: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
C: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
D: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
E: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
F: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,69918
ポリマ－225,3046
非ポリマー1,39512
水5,152286
1
A: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
F: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5666
ポリマ－75,1012
非ポリマー4654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area25290 Å2
手法PISA
2
B: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
C: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5666
ポリマ－75,1012
非ポリマー4654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area25080 Å2
手法PISA
3
D: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
E: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5666
ポリマ－75,1012
非ポリマー4654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area25260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.368, 100.655, 233.117
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Picolinate carboxylase


分子量: 37550.629 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACMSD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8TDX5, aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PDC / PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / DIPICOLINIC ACID / ジピコリン酸


分子量: 167.119 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Lithium Sulfate Monohydrate, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.493→45 Å / Num. all: 73312 / Num. obs: 55277 / % possible obs: 75.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 1.667 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.548.50.29324730.804167.7
2.54-2.598.80.28824870.832169.2
2.59-2.649.20.27925480.851170.8
2.64-2.699.40.28925970.973171
2.69-2.759.80.25825980.916172.5
2.75-2.82100.22926270.958172.7
2.82-2.8910.10.21326690.987173.6
2.89-2.9610.30.18627011.044173.7
2.96-3.0510.30.18226501.057173.1
3.05-3.1510.40.15126621.108173.7
3.15-3.2610.30.12626681.3173.2
3.26-3.3910.30.10626371.512172.4
3.39-3.5510.10.126441.696172.3
3.55-3.7310.10.09326721.976172.4
3.73-3.979.90.08326362.299172.5
3.97-4.279.40.07327652.428175.1
4.27-4.78.90.06228692.486177.5
4.7-5.388.80.05930172.48181
5.38-6.789.30.06634532.483191.7
6.78-4510.20.06339043.622198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2WM1

2wm1


解像度: 2.493→35.209 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.757 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2828 2809 5.09 %Random
Rwork0.1976 ---
all0.202 73394 --
obs0.202 55192 75.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.772 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.95 Å2 / Biso mean: 33.2594 Å2 / Biso min: 11.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4051 Å20 Å2-0 Å2
2--3.1542 Å2-0 Å2
3----8.5593 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.493→35.209 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15810 0 78 286 16174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02916336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26222120
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0752352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052832
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.876114
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4925-2.53550.33971150.20522160227563
2.5355-2.58160.36011120.22212402251469
2.5816-2.63120.35131420.23232416255871
2.6312-2.68490.36461350.22572430256571
2.6849-2.74320.33251240.2242508263273
2.7432-2.8070.32891350.22772511264673
2.807-2.87720.3421390.2312527266674
2.8772-2.9550.39861540.2282538269274
2.955-3.04190.34451330.23192528266173
3.0419-3.140.36991290.22652553268274
3.14-3.25210.29581300.21792539266973
3.2521-3.38220.29171470.20962493264072
3.3822-3.5360.30521500.20312514266473
3.536-3.72230.26591180.18312535265372
3.7223-3.95520.26621260.17672531265773
3.9552-4.26010.22941340.16052632276675
4.2601-4.68790.23481260.14812741286778
4.6879-5.36420.23161780.17692856303481
5.3642-6.75060.30561560.2163299345592
6.7506-35.21260.21722260.19543670389699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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