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- PDB-4igy: Crystal structure of kirola (Act d 11) - triclinic form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4igy
タイトルCrystal structure of kirola (Act d 11) - triclinic form
要素Kirola
キーワードALLERGEN / MLP/RRP family / PR-10 related
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of immune response / defense response
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related protein Bet v I family / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Kirola
類似検索 - 構成要素
生物種Actinidia deliciosa (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Chruszcz, M. / Ciardiello, M.A. / Giangrieco, I. / Osinski, T. / Minor, W.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2013
タイトル: Structural and bioinformatic analysis of the kiwifruit allergen Act d 11, a member of the family of ripening-related proteins.
著者: Chruszcz, M. / Ciardiello, M.A. / Osinski, T. / Majorek, K.A. / Giangrieco, I. / Font, J. / Breiteneder, H. / Thalassinos, K. / Minor, W.
履歴
登録2012年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kirola
B: Kirola
C: Kirola
D: Kirola
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,72715
ポリマ－69,6924
非ポリマー3511
水57632
1
A: Kirola


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4233
ポリマ－17,4231
非ポリマー02
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kirola


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4233
ポリマ－17,4231
非ポリマー02
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Kirola
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4585
ポリマ－17,4231
非ポリマー354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Kirola


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4234
ポリマ－17,4231
非ポリマー03
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.144, 56.094, 64.949
Angle α, β, γ (deg.)66.34, 85.37, 65.24
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 150
2111B1 - 150
3111C1 - 150
4111D1 - 150

-
要素

#1: タンパク質
Kirola / Act d 11


分子量: 17422.963 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Actinidia deliciosa (植物) / 参照: UniProt: P85524
#2: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.15 M citric acid, 0.35 M magnesium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月14日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→50 Å / Num. all: 14019 / Num. obs: 14019 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.92→2.97 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 688 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IGV

4igv


解像度: 2.92→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.466 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25833 695 5 %RANDOM
Rwork0.20951 ---
all0.21186 13275 --
obs0.21186 13275 98.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.208 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.75 Å20.73 Å22.36 Å2
2---1.26 Å2-1.1 Å2
3---3.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4796 0 11 32 4839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224888
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.9566607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.13637957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.845585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.68925.789228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.39815918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.347158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02945
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9531.52913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.51202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8224774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8531975
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4364.51833
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1997 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Atight positional0.140.05
Btight positional0.150.05
Ctight positional0.140.05
Dtight positional0.150.05
Atight thermal0.070.5
Btight thermal0.060.5
Ctight thermal0.060.5
Dtight thermal0.060.5
LS精密化 シェル解像度: 2.92→2.996 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 44 -
Rwork0.324 937 -
obs--94.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7254-0.024-0.35542.9999-0.29752.25950.0076-0.1290.05760.21630.0195-0.11830.01480.062-0.02720.35160.1108-0.16580.2461-0.01380.0882-0.62-0.0360.271
22.41380.391-0.51533.0674-0.40961.94560.0439-0.01830.00170.21110.0428-0.1807-0.0247-0.0336-0.08660.34130.1245-0.12840.1897-0.04160.1621-32.155-22.717-3.867
33.2027-0.2119-0.41842.68280.15032.14160.04850.276-0.0651-0.044-0.05490.0072-0.0952-0.04790.00640.35430.1241-0.16690.2347-0.00650.0984-50.706-34.581-26.506
43.06360.3328-0.29232.0334-0.12272.16090.01470.3992-0.0199-0.2446-0.01040.01250.18930.0002-0.00420.42780.147-0.14020.2809-0.01030.1317-28.534-53.735-30.985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 148
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 148
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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