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万見
- PDB-4igi: Crystal structure of the Collagen VI alpha3 N5 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4igi
タイトルCrystal structure of the Collagen VI alpha3 N5 domain
要素Collagen alpha3(VI)
キーワードCELL ADHESION / Collagen VI 3N5
機能・相同性
機能・相同性情報


NCAM1 interactions / Signaling by PDGF / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Collagen chain trimerization / Collagen degradation / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / collagen trimer / response to glucose ...NCAM1 interactions / Signaling by PDGF / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Collagen chain trimerization / Collagen degradation / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / collagen trimer / response to glucose / extracellular matrix / serine-type endopeptidase inhibitor activity / sarcolemma / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Collagen alpha-3(VI) chain, vWA domain / von Willebrand factor, type A domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain ...Collagen alpha-3(VI) chain, vWA domain / von Willebrand factor, type A domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen, type VI, alpha 3 / Collagen alpha3(VI)
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Mikolajek, H. / Becker, A.K.A. / Paulsson, M. / Wagener, R. / Werner, J.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: A structure of a collagen VI VWA domain displays N and C termini at opposite sides of the protein
著者: Becker, A.K. / Mikolajek, H. / Paulsson, M. / Wagener, R. / Werner, J.M.
履歴
登録2012年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen alpha3(VI)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7121
ポリマ－21,7121
非ポリマー00
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.730, 58.460, 39.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Collagen alpha3(VI)


分子量: 21711.709 Da / 分子数: 1 / 断片: Collagen VI Alpha3 N5, UNP residues 1022-1224 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57Bl6 / 遺伝子: Col6a3 / プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q9Z0I9, UniProt: E9PWQ3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.84 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate, 1M tri-sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月6日
放射モノクロメーター: ACCEL Fixed exit Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→36 Å / Num. all: 114428 / Num. obs: 47672 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 10.5 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 8.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 6693 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GXB

3gxb


解像度: 1.2→36 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1478 2413 5.07 %Random
Rwork0.1196 ---
obs0.121 47631 96.83 %-
all-47631 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 10.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1497 0 0 240 1737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111642
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4862254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.896628
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01304
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.2-1.22250.19811330.157248890
1.2225-1.2490.19831210.1223259395
1.249-1.27810.15071430.1172264397
1.2781-1.31010.16591280.1176267697
1.3101-1.34550.15421550.1106265097
1.3455-1.38510.16251360.1076265597
1.3851-1.42980.16861200.1132268097
1.4298-1.48090.14421570.1081266798
1.4809-1.54020.15311360.0988264897
1.5402-1.61030.12771420.0976267097
1.6103-1.69520.15181450.1065268397
1.6952-1.80140.15251570.1069268798
1.8014-1.94040.13811290.1077268898
1.9404-2.13570.1281700.1027267298
2.1357-2.44470.1341460.1085270398
2.4447-3.07980.1451430.1323269497
3.0798-36.07130.15551520.1473272197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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