PDB-4igg: Full-length human alpha-catenin crystal structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4igg

タイトル

Full-length human alpha-catenin crystal structure

要素

Catenin alpha-1

キーワード

CELL ADHESION / Asymmetric dimer / adherens junctions / F-actin binding

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of integrin-mediated signaling pathway / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / Regulation of CDH19 Expression and Function / Regulation of CDH11 function / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / gamma-catenin binding / gap junction assembly / cellular response to indole-3-methanol / vinculin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.66 Å

データ登録者

Izard, T. / Rangarajan, E.S.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Dimer asymmetry defines alpha-catenin interactions.
著者: Rangarajan, E.S. / Izard, T.

履歴

登録	2012年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4igg.cif.gz	299.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4igg.ent.gz	239.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4igg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/4igg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/4igg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ehp
類似構造データ	6t0n-d 6gtg-d 5m4y-d 21132 5xuu-d 0670 30284 6tz2-d 30283 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (2) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (2)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (2)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Catenin alpha-1

B: Catenin alpha-1

ヘテロ分子

185 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.629, 145.629, 139.081
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Catenin alpha-1 / Alpha E-catenin / Cadherin-associated protein / Renal carcinoma antigen NY-REN-13 分子量: 92207.984 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 82-906 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNA1 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P35221
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

#1: タンパク質

Catenin alpha-1 / Alpha E-catenin / Cadherin-associated protein / Renal carcinoma antigen NY-REN-13

分子量: 92207.984 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 82-906 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNA1 / プラスミド: pET24 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P35221

#2: 化合物

ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION

分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.36 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8 詳細: 0.9 M Na/K Phosphate, 0.3 M Na Malonate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月24日

放射

モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.2 % / Av σ(I) over netI: 17 / 数: 52879 / R_sym value: 0.036 / D res high: 5.583 Å / D res low: 46.687 Å / Num. obs: 10122 / % possible obs: 99.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
17.65	46.69	93.9	1	0.018	0.018	5.2
12.48	17.65	99.1	1	0.021	0.021	4.7
10.19	12.48	99.7	1	0.02	0.02	5.4
8.83	10.19	99.6	1	0.022	0.022	5.3
7.9	8.83	99	1	0.031	0.031	4.8
7.21	7.9	100	1	0.055	0.055	5.3
6.67	7.21	100	1	0.112	0.112	5.5
6.24	6.67	100	1	0.182	0.182	5.5
5.88	6.24	98.9	1	0.294	0.294	5.3
5.58	5.88	99.5	1	0.412	0.412	5

反射

解像度: 3.658→139.081 Å / Num. all: 36415 / Num. obs: 36415 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 81.83 Å² / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 15.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
3.66-3.86	5.8	0.491	1.5	30931	5322	0.491	100
3.86-4.09	5.8	0.282	2.6	29353	5036	0.282	100
4.09-4.37	5.8	0.164	4.5	27703	4738	0.164	100
4.37-4.72	5.8	0.111	6.6	25656	4387	0.111	100
4.72-5.17	5.8	0.086	8.6	23707	4062	0.086	100
5.17-5.78	5.8	0.104	7	21460	3677	0.104	100
5.78-6.68	5.8	0.085	8.8	18840	3225	0.085	100
6.68-8.18	5.7	0.043	15.7	15603	2722	0.043	100
8.18-11.57	5.6	0.029	21.4	11888	2106	0.029	99.6
11.57-139.081	5.3	0.029	20.8	6002	1140	0.029	98.2

-
位相決定

位相決定

手法:

単一同系置換・異常分散

Phasing MAD

D res high: 4.3 Å / D res low: 93.43 Å / FOM acentric: 0.155 / FOM centric: 0 / Reflection acentric: 22395 / Reflection centric: 0

Phasing MAD set

ID	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Power acentric	Reflection acentric
ISO_1	4.3	93.43	0	22353
ISO_2	4.3	93.43	0.919	9955
ANO_1	4.3	93.43	0	0
ANO_2	4.3	93.43	1.494	9884

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	Power acentric	Reflection acentric
ISO_1	18.86-93.43	0	233
ISO_1	13.47-18.86	0	456
ISO_1	11.04-13.47	0	587
ISO_1	9.58-11.04	0	700
ISO_1	8.57-9.58	0	800
ISO_1	7.83-8.57	0	881
ISO_1	7.25-7.83	0	963
ISO_1	6.79-7.25	0	1033
ISO_1	6.4-6.79	0	1087
ISO_1	6.07-6.4	0	1161
ISO_1	5.79-6.07	0	1205
ISO_1	5.55-5.79	0	1291
ISO_1	5.33-5.55	0	1311
ISO_1	5.14-5.33	0	1389
ISO_1	4.96-5.14	0	1427
ISO_1	4.81-4.96	0	1448
ISO_1	4.66-4.81	0	1545
ISO_1	4.53-4.66	0	1584
ISO_1	4.41-4.53	0	1609
ISO_1	4.3-4.41	0	1643
ANO_1	18.86-93.43	0	0
ANO_1	13.47-18.86	0	0
ANO_1	11.04-13.47	0	0
ANO_1	9.58-11.04	0	0
ANO_1	8.57-9.58	0	0
ANO_1	7.83-8.57	0	0
ANO_1	7.25-7.83	0	0
ANO_1	6.79-7.25	0	0
ANO_1	6.4-6.79	0	0
ANO_1	6.07-6.4	0	0
ANO_1	5.79-6.07	0	0
ANO_1	5.55-5.79	0	0
ANO_1	5.33-5.55	0	0
ANO_1	5.14-5.33	0	0
ANO_1	4.96-5.14	0	0
ANO_1	4.81-4.96	0	0
ANO_1	4.66-4.81	0	0
ANO_1	4.53-4.66	0	0
ANO_1	4.41-4.53	0	0
ANO_1	4.3-4.41	0	0
ISO_2	18.86-93.43	1.13	214
ISO_2	13.47-18.86	1.232	425
ISO_2	11.04-13.47	1.112	577
ISO_2	9.58-11.04	0.828	697
ISO_2	8.57-9.58	0.676	773
ISO_2	7.83-8.57	0.618	869
ISO_2	7.25-7.83	0.589	960
ISO_2	6.79-7.25	0.572	1030
ISO_2	6.4-6.79	0.521	1084
ISO_2	6.07-6.4	0.486	1159
ISO_2	5.79-6.07	0.437	1167
ISO_2	5.55-5.79	0.393	998
ISO_2	5.33-5.55	1.011	2
ISO_2	5.14-5.33	0	0
ISO_2	4.96-5.14	0	0
ISO_2	4.81-4.96	0	0
ISO_2	4.66-4.81	0	0
ISO_2	4.53-4.66	0	0
ISO_2	4.41-4.53	0	0
ISO_2	4.3-4.41	0	0
ANO_2	18.86-93.43	4.776	233
ANO_2	13.47-18.86	4.104	404
ANO_2	11.04-13.47	3.325	576
ANO_2	9.58-11.04	2.878	690
ANO_2	8.57-9.58	2.319	753
ANO_2	7.83-8.57	1.575	860
ANO_2	7.25-7.83	1.037	957
ANO_2	6.79-7.25	0.728	1028
ANO_2	6.4-6.79	0.482	1084
ANO_2	6.07-6.4	0.366	1156
ANO_2	5.79-6.07	0.268	1149
ANO_2	5.55-5.79	0.214	992
ANO_2	5.33-5.55	0.126	2
ANO_2	5.14-5.33	0	0
ANO_2	4.96-5.14	0	0
ANO_2	4.81-4.96	0	0
ANO_2	4.66-4.81	0	0
ANO_2	4.53-4.66	0	0
ANO_2	4.41-4.53	0	0
ANO_2	4.3-4.41	0	0

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	Reflection acentric
18.86-93.43	0.715	258
13.47-18.86	0.692	460
11.04-13.47	0.718	593
9.58-11.04	0.642	703
8.57-9.58	0.521	801
7.83-8.57	0.43	883
7.25-7.83	0.33	963
6.79-7.25	0.259	1033
6.4-6.79	0.218	1087
6.07-6.4	0.17	1161
5.79-6.07	0.132	1205
5.55-5.79	0.087	1292
5.33-5.55	0	1311
5.14-5.33	0	1389
4.96-5.14	0	1427
4.81-4.96	0	1448
4.66-4.81	0	1545
4.53-4.66	0	1584
4.41-4.53	0	1609
4.3-4.41	0	1643

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SERGUI		データ収集
XSCALE		データスケーリング
BUSTER	2.11.2	精密化

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.66→23.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9274 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9296 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2413	1821	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2175	-	-	-
obs	0.2187	36178	99.93 %	-
all	-	36368	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 270.94 Å² / B_iso mean: 126.5886 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	14.9444 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	14.9444 Å²	0 Å²
3-	-	-	-29.8887 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 1.07 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.66→23.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11704	0	10	0	11714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	5857	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	377	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	1680	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	11832	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1579	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	14475	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	11832	HARMONIC	2	0.008
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	15940	HARMONIC	2	0.99
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				1.96
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				3.45

LS精密化シェル

解像度: 3.66→3.77 Å / Total num. of bins used: 18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	157	5.32 %
R_work	0.2726	2795	-
all	0.2733	2952	-
obs	-	-	99.93 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)